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- PDB-8d8x: Crystal structure of ChoE in complex with acetate and thiocholine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d8x
タイトルCrystal structure of ChoE in complex with acetate and thiocholine (crystal form 2)
要素ChoE
キーワードHYDROLASE / esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


cholinesterase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2-(TRIMETHYLAMMONIUM)ETHYL THIOL / ChoE
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Pham, V.D. / Shi, R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Fonds de Recherche du Quebec - Nature et Technologies (FRQNT)183530 カナダ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structures of bacterial acetylcholinesterase ChoE provide insights into the plasticity of catalytic Ser in regulating the active site geometry and the functional state of the SGNH hydrolases
著者: Pham, V.D. / Couture, M. / Lortie, L.-A. / Picard, M.-E. / Charette, S. / Levesque, R. / Shi, R.
履歴
登録2022年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ChoE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2537
ポリマ－31,5431
非ポリマー7096
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.339, 110.259, 84.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

CL

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ChoE


分子量: 31543.293 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-307 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: choE, PA4921 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HUP2

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非ポリマー , 6種, 411分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ETM / 2-(TRIMETHYLAMMONIUM)ETHYL THIOL / チオコリン


分子量: 120.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NS
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 % / Mosaicity: 0.11 °
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 8000, 0.1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→65.973 Å / Num. all: 82313 / Num. obs: 82313 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.08 / Net I/av σ(I): 6.8 / Net I/σ(I): 18.5 / Num. measured all: 1082293
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.36-1.4313.51.2540.6161039119240.351.3031.2542.399.9
1.43-1.5213.20.8111148186112300.230.8440.8113.799.9
1.52-1.6312.70.5031.5135266106570.1450.5240.5035.999.9
1.63-1.7613.70.3272.313602199010.0910.3390.3279.399.9
1.76-1.9213.40.181412189291070.0510.1880.18114.999.9
1.92-2.1513.20.17.310932282780.0280.1040.123.899.8
2.15-2.4813.50.06510.79901573260.0180.0680.06534.999.9
2.48-3.0412.30.04913.47658262300.0150.0510.04942.599.9
3.04-4.312.80.03816.36240048890.0110.0390.03858.399.9
4.3-46.15811.80.03416.83257027710.010.0360.03458.799.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UQV

6uqv


解像度: 1.36→46.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.896 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.0445 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1791 4177 5.1 %RANDOM
Rwork0.1588 ---
obs0.1599 78099 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.02 Å2 / Biso mean: 18.957 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å2-0 Å20 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.36→46.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 44 405 2678
Biso mean--34.83 34.21 -
残基数----287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0132407
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0841.6483282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5981.5875066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg15.5745.159315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.90320.268149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.94215355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3871527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02570
LS精密化 シェル解像度: 1.36→1.395 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 328 -
Rwork0.274 5678 -
all-6006 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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