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- PDB-8d8w: Crystal structure of ChoE with Ser38 adopting alternative conform... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d8w
タイトルCrystal structure of ChoE with Ser38 adopting alternative conformations
要素ChoE
キーワードHYDROLASE / esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


cholinesterase activity
類似検索 - 分子機能
: / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Pham, V.D. / Shi, R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Fonds de Recherche du Quebec - Nature et Technologies (FRQNT)183530 カナダ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structures of bacterial acetylcholinesterase ChoE provide insights into the plasticity of catalytic Ser in regulating the active site geometry and the functional state of the SGNH hydrolases
著者: Pham, V.D. / Couture, M. / Lortie, L.-A. / Picard, M.-E. / Charette, S. / Levesque, R. / Shi, R.
履歴
登録2022年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ChoE
B: ChoE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,25418
ポリマ－63,0872
非ポリマー2,16716
水12,502694
1
A: ChoE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5008
ポリマ－31,5431
非ポリマー9577
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ChoE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,75410
ポリマ－31,5431
非ポリマー1,2109
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.717, 81.569, 81.489
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ChoE


分子量: 31543.293 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-307 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: choE, PA4921 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HUP2
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 % / Mosaicity: 0.11 °
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 8000, 0.1M MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→80.278 Å / Num. all: 109794 / Num. obs: 109794 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.074 / Net I/av σ(I): 7.4 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 385340
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.4-1.483.50.6291.255798158340.3920.7430.6292.294.1
1.48-1.573.40.3921.949500146260.2510.4670.3923.592
1.57-1.673.60.2772.651214143120.170.3260.2775.295.5
1.67-1.813.60.1963.447693133240.1210.2310.1967.295.9
1.81-1.983.40.1274.941133120420.0810.1520.12710.693.8
1.98-2.213.60.0788.141351113420.0470.0910.07815.897.8
2.21-2.563.50.05910.835344100090.0370.070.05919.897.5
2.56-3.133.40.04414.12812082170.0280.0520.04423.694.7
3.13-4.433.50.03616.22305265390.0230.0430.0363097.4
4.43-45.0383.40.03614.91213535490.0230.0430.0363094.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UQV

6uqv


解像度: 1.4→45.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.471 / SU ML: 0.047 / SU R Cruickshank DPI: 0.0616 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1972 5502 5 %RANDOM
Rwork0.1694 ---
obs0.1708 104256 94.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.63 Å2 / Biso mean: 17.761 Å2 / Biso min: 5.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.13 Å2-0 Å20.33 Å2
2---1 Å2-0 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→45.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4458 0 38 694 5190
Biso mean--32.43 28.46 -
残基数----574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0134665
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1691.6396366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6431.579694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7485596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.63320.28286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43815694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2721551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.025436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021109
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 377 -
Rwork0.313 7671 -
all-8048 -
obs--94.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3409-0.02380.09310.48970.47991.3623-0.03310.02230.0055-0.0373-0.06090.019-0.0285-0.09930.0940.05460.0030.01140.0112-0.00580.0108-7.998-29.195-0.131
20.3623-0.1074-0.05040.59050.07840.34360.0028-0.0116-0.0206-0.03250.01210.0096-0.0129-0.0289-0.01490.0056-0.00190.00460.0057-0.0050.0329-14.544-0.20737.555
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 307
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 407
3X-RAY DIFFRACTION2B21 - 307
4X-RAY DIFFRACTION2B401 - 407

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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