PDB-8d8s: SufS from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d8s

タイトル

SufS from Staphylococcus aureus

要素

Cysteine desulfurase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / SufS / cysteine desulfurase / iron-sulfur cluster biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.388 Å

データ登録者

Morrison, C.N. / Boncella, A.E. / Lunin, V.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Staphylococcus aureus Cysteine Desulfurase Complex SufSU.
著者: Hudspeth, J.D. / Boncella, A.E. / Sabo, E.T. / Andrews, T. / Boyd, J.M. / Morrison, C.N.

履歴

登録	2022年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8d8s.cif.gz	113 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8d8s.ent.gz	79.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8d8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/8d8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/8d8s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j8qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine desulfurase

ヘテロ分子

46.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine desulfurase

ヘテロ分子

A: Cysteine desulfurase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
93.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.853, 93.853, 101.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Cysteine desulfurase 分子量: 46503.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: sufS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5E2K8, cysteine desulfurase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.35 / 詳細: Tris, ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.34 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月16日 / 詳細: Helios MX
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.34 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.388→31.737 Å / Num. obs: 104403 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.6 % / R_merge(I) obs: 0.015 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 1.388→1.41 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4995 / R_pim(I) all: 0.415 / R_rim(I) all: 0.587 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
APEX		データ削減
APEX		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5J8Q

5j8q

解像度: 1.388→31.737 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 0.863 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1911	2054	1.968 %
R_work	0.1679	102290	-
all	0.168	-	-
obs	-	104344	99.863 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.802 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.098 Å²	-0.049 Å²	0 Å²
2-	-	-0.098 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.317 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.388→31.737 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3272	0	12	369	3653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3218
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.054	1.64	4684
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.023	1.578	7423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.148	5	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.996	23.722	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.757	15	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.871	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	773
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	724
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1583
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.186	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.151	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.078	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.403	1.639	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.392	1.637	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.92	2.457	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.924	2.459	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.96	1.981	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.959	1.982	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.359	2.845	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.358	2.846	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.952	20.996	3992
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.85	20.556	3918

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.388-1.424	0.259	159	0.255	7403	X-RAY DIFFRACTION	98.4379
1.424-1.463	0.258	117	0.229	7321	X-RAY DIFFRACTION	100
1.463-1.505	0.226	143	0.206	7124	X-RAY DIFFRACTION	100
1.505-1.551	0.19	132	0.191	6892	X-RAY DIFFRACTION	100
1.551-1.602	0.235	152	0.193	6708	X-RAY DIFFRACTION	100
1.602-1.658	0.204	97	0.181	6509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.658-1.721	0.237	106	0.178	6311	X-RAY DIFFRACTION	100
1.721-1.791	0.184	139	0.181	6041	X-RAY DIFFRACTION	100
1.791-1.871	0.214	95	0.177	5819	X-RAY DIFFRACTION	100
1.871-1.962	0.204	134	0.175	5508	X-RAY DIFFRACTION	99.9469
1.962-2.068	0.199	116	0.172	5283	X-RAY DIFFRACTION	99.9815
2.068-2.193	0.201	94	0.164	5033	X-RAY DIFFRACTION	99.9805
2.193-2.345	0.167	114	0.155	4687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.345-2.532	0.163	86	0.145	4396	X-RAY DIFFRACTION	99.9777
2.532-2.774	0.192	101	0.151	4051	X-RAY DIFFRACTION	99.9278
2.774-3.101	0.183	81	0.162	3668	X-RAY DIFFRACTION	99.9733
3.101-3.58	0.212	82	0.166	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-4.382	0.175	43	0.14	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.9648
4.382-6.188	0.156	44	0.165	2204	X-RAY DIFFRACTION	100
6.188-31.737	0.155	19	0.195	1276	X-RAY DIFFRACTION	99.0819

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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