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- PDB-8d8p: Crystal structure of a novel fatty acid decarboxylase from Rothia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d8p
タイトルCrystal structure of a novel fatty acid decarboxylase from Rothia nasimurium
要素Decarboxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / fatty acid decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PALMITIC ACID / Cytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Rothia nasimurium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Vieira, P.S. / Murakami, M.T. / Zanphorlin, L.M.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2019/08855-1 ブラジル
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of a novel fatty acid decarboxylase from Rothia nasimurium
著者: Vieira, P.S. / Murakami, M.T. / Zanphorlin, L.M.
履歴
登録2022年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decarboxylase
B: Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,57618
ポリマ－94,6772
非ポリマー2,89916
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area32000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.545, 203.380, 316.351
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Space group name HallF22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x,y+1/2,z+1/2
#6: x,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x,y+1/2,-z+1/2
#8: -x,-y+1/2,z+1/2
#9: x+1/2,y,z+1/2
#10: x+1/2,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
#13: x+1/2,y+1/2,z
#14: x+1/2,-y+1/2,-z
#15: -x+1/2,y+1/2,-z
#16: -x+1/2,-y+1/2,z

-
要素

#1: タンパク質 Decarboxylase


分子量: 47338.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rothia nasimurium (バクテリア) / 遺伝子: A7979_11370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y1RQ53
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25 % (w/v) PEG3500, 15% (w/v) 2-Methil-2,4-pentanediol, 0.1 M Imidazole (pH 6.5) and 0.2 M lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRUS / ビームライン: MANACA / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→49.02 Å / Num. obs: 24500 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 74.46 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rrim(I) all: 0.35 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 3873 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IZO

1izo


解像度: 2.75→48.41 Å / SU ML: 0.5089 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.7749
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2692 1226 5.01 %
Rwork0.228 23268 -
obs0.2301 24494 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6514 0 182 25 6721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00486828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83119282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01341214
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4189956
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.860.42471340.38142547X-RAY DIFFRACTION99.63
2.86-2.990.40451330.3532525X-RAY DIFFRACTION99.92
2.99-3.150.40651350.34942563X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.350.32971350.31672562X-RAY DIFFRACTION99.93
3.35-3.60.35151360.26052579X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.970.26531340.22212554X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.540.23521370.18312593X-RAY DIFFRACTION99.93
4.54-5.720.25431380.19242632X-RAY DIFFRACTION99.89
5.72-48.410.18771440.17962713X-RAY DIFFRACTION99.37
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.512093296781.37741211834-1.754050190074.50075722537-0.6074525328060.432403140820.128846872403-0.1123061562470.3756112363920.5385138275680.0290220728836-0.310427860317-0.1375646178350.196263826697-0.066392474360.572593266930.0436845212082-0.06730579770030.683388014731-0.03453985678680.42616430753815.4758434383-7.65348010411-10.8442118407
21.51951254627-0.1623377309180.3343857123421.22024114030.2621150380350.5237507567540.05933987120740.226322206259-0.180565495876-0.210811446371-0.1065152298180.1286866992930.0159580572044-0.08086022460960.06400924091220.6524088310540.05173181990650.00171400026510.793380396122-0.04335983065140.400197399204-3.69543470332-24.6952032545-19.0853441829
31.422972032430.131653310782-0.1234433806732.94173824625-0.2267384473240.07992704878340.0371652510410.244950653458-0.143682212869-0.467013407272-0.1152610108540.03951834138360.270910865951-0.178005951330.05317363734680.5173537619620.05349204647640.02266080025710.682258306485-0.0883818490150.381904686313-7.88659524303-28.3339041807-18.7538663099
41.30640302592-0.5935856602790.08279698108462.18634614703-0.2747190124111.14917551731-0.003741053459670.400459237772-0.115136373216-0.436687082865-0.111231259027-0.023990532560.0747782927489-0.009050923823580.1275221957620.6035634686060.06244951885330.008573498679440.852890771053-0.02869173411610.3830253429162.7777089748-14.8413691323-25.9205789282
52.54439438609-1.17500730841.415813382824.53862721451-1.784626271385.131457868610.2703687974861.215213207670.0778254133723-1.03226405576-0.1306100192730.387797765168-0.0951471840496-0.213181955087-0.1298788780540.6882060550550.1183213405650.01036596696860.9096916493080.01339519874380.4531557976861.60019969083-41.4870076717-72.6399086065
60.6226404846370.2140758488310.8539788195371.048931006030.5606424116553.70806730769-0.146132169154-0.1083780302320.1545245623940.1708543272770.1382264218690.230480451486-0.514117798006-0.4534087829770.02764228108950.6539355459840.1510081616710.1000455486310.7254426115430.0123100096140.5098092941132.49745048163-35.1180733356-54.6745145713
71.299239040680.006216643925150.0447858319012.427378564551.32132347836.280344658190.396900378884-0.4482377598140.4080339955040.06649684166960.39607632864-0.575281546041-1.313314926551.26699106422-0.7052293451191.05058528856-0.2707147457970.004471674894020.857109956648-0.1302921910150.61238091319230.2793974294-24.2262534729-57.0961614297
82.768258950062.047855539631.330721502125.896337325233.659627590577.983347691410.0450136661770.3270876510150.1303717869050.1227523698460.306959058389-0.314807781164-0.4661667206780.985660236517-0.3518804324960.6266183022560.05536345605720.02015311691920.690045021252-0.08632324759930.54992467079427.1964983409-39.1567868321-57.4097266159
91.60647724791-0.2529247335330.958369200591.72667358536-0.6763508394675.2338014782-0.0100275955121-0.196186914860.2691776762650.4088432839880.0915816639053-0.241179052927-1.084464815560.329409467985-0.06024255697490.651572316556-0.01613912326950.0590331665220.637052831958-0.1316310467160.48893491253321.8968077562-29.3027324028-53.0395769898
102.27499788221-0.1298759150950.5532520498393.75965072883-0.6685398027273.78056515702-0.1409979259330.1361954224370.2975178333090.1924546200960.3979463184690.670512561787-0.618119990485-0.746386265324-0.2131563788210.7555509953140.2206261035070.03412566146050.7061712062380.004631659452970.492142918698-0.540238519616-30.896193201-63.3724940065
115.00675449135-0.9486128500331.031506441475.402835215881.908533594651.03929517383-0.389386401629-0.4951621020280.726171610723-0.2902283832980.0295065977494-0.402126801598-0.569606535754-0.1700744923390.2849109075180.9946181590740.195367898574-0.008015835030040.610251615798-0.03816010873120.5798212290137.27602117278-20.0796435888-57.213194075
122.25187893745-0.174144168184-0.8752582142811.678643278110.3097362760816.46821936751-0.132076155146-0.1690186267860.303009676342-0.3527601047520.0676503734636-0.366314434424-1.688769921820.9660068814380.04937221684240.884374811741-0.19028409836-0.02769549651240.603233999187-0.02719705907080.53943555889624.3822276252-26.262970474-70.2968642728
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 10 through 49 )AA10 - 491 - 40
22chain 'A' and (resid 50 through 183 )AA50 - 18341 - 174
33chain 'A' and (resid 184 through 278 )AA184 - 278175 - 269
44chain 'A' and (resid 279 through 429 )AA279 - 429270 - 420
55chain 'B' and (resid 10 through 32 )BD10 - 321 - 23
66chain 'B' and (resid 33 through 110 )BD33 - 11024 - 101
77chain 'B' and (resid 111 through 155 )BD111 - 155102 - 146
88chain 'B' and (resid 156 through 183 )BD156 - 183147 - 174
99chain 'B' and (resid 184 through 299 )BD184 - 299175 - 290
1010chain 'B' and (resid 300 through 348 )BD300 - 348291 - 339
1111chain 'B' and (resid 349 through 380 )BD349 - 380340 - 371
1212chain 'B' and (resid 381 through 429 )BD381 - 429372 - 420

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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