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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d8o | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of substrate unbound PAPP-A | ||||||
要素 | Pappalysin-1パパリシン-1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Metalloprotease (金属プロテアーゼ) / Metal-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 パパリシン-1 / response to follicle-stimulating hormone / protein metabolic process / response to dexamethasone / female pregnancy / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell surface receptor signaling pathway ...パパリシン-1 / response to follicle-stimulating hormone / protein metabolic process / response to dexamethasone / female pregnancy / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell surface receptor signaling pathway / タンパク質分解 / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | ||||||
データ登録者 | Judge, R.A. / Jain, R. / Hao, Q. / Ouch, C. / Sridar, J. / Smith, C.L. / Wang, J.C.K. / Eaton, D. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structure of the PAPP-A complex reveals mechanism of substrate recognition. 著者: Russell A Judge / Janani Sridar / Kathryn Tunyasuvunakool / Rinku Jain / John C K Wang / Christna Ouch / Jun Xu / Amirhossein Mafi / Aaron H Nile / Clint Remarcik / Corey L Smith / Crystal ...著者: Russell A Judge / Janani Sridar / Kathryn Tunyasuvunakool / Rinku Jain / John C K Wang / Christna Ouch / Jun Xu / Amirhossein Mafi / Aaron H Nile / Clint Remarcik / Corey L Smith / Crystal Ghosh / Chen Xu / Vincent Stoll / John Jumper / Amoolya H Singh / Dan Eaton / Qi Hao / 要旨: Insulin-like growth factor (IGF) signaling is highly conserved and tightly regulated by proteases including Pregnancy-Associated Plasma Protein A (PAPP-A). PAPP-A and its paralog PAPP-A2 are ...Insulin-like growth factor (IGF) signaling is highly conserved and tightly regulated by proteases including Pregnancy-Associated Plasma Protein A (PAPP-A). PAPP-A and its paralog PAPP-A2 are metalloproteases that mediate IGF bioavailability through cleavage of IGF binding proteins (IGFBPs). Here, we present single-particle cryo-EM structures of the catalytically inactive mutant PAPP-A (E483A) in complex with a peptide from its substrate IGFBP5 (PAPP-A) and also in its substrate-free form, by leveraging the power of AlphaFold to generate a high quality predicted model as a starting template. We show that PAPP-A is a flexible trans-dimer that binds IGFBP5 via a 25-amino acid anchor peptide which extends into the metalloprotease active site. This unique IGFBP5 anchor peptide that mediates the specific PAPP-A-IGFBP5 interaction is not found in other PAPP-A substrates. Additionally, we illustrate the critical role of the PAPP-A central domain as it mediates both IGFBP5 recognition and trans-dimerization. We further demonstrate that PAPP-A trans-dimer formation and distal inter-domain interactions are both required for efficient proteolysis of IGFBP4, but dispensable for IGFBP5 cleavage. Together the structural and biochemical studies reveal the mechanism of PAPP-A substrate binding and selectivity. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8d8o.cif.gz | 397.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8d8o.ent.gz | 248.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8d8o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/8d8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/8d8o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 27253MC 7ufgC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 176341.703 Da / 分子数: 2 / 変異: E483A, S1144Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Recombinant / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAPPA / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13219, パパリシン-1 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PAPP-A homodimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK 293 |
緩衝液 | pH: 9.2 / 詳細: BTP (Bis-Tris-Propane) pH 9.2 |
試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 47.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2145158999 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 338320 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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