PDB-8d8b: Crystal structure of hen egg white lysozyme at 275 Kelvin (Triplicate)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d8b

タイトル

Crystal structure of hen egg white lysozyme at 275 Kelvin (Triplicate)

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Ribeiro, F.S. / Lima, L.M.T.R.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: Biophys.Chem. / 年: 2023
タイトル: Linking B-factor and temperature-induced conformational transition.
著者: de Sa Ribeiro, F. / Lima, L.M.T.R.

履歴

登録	2022年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_last ..._citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8d8b.cif.gz	43 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8d8b.ent.gz	26.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8d8b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8d8b_validation.pdf.gz	427.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d8b_full_validation.pdf.gz	427.9 KB	表示
XML形式データ	8d8b_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	8d8b_validation.cif.gz	9.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/8d8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/8d8b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8d5sC 8d5tC 8d5uC 8d5wC 8d5xC 8d5zC 8d60C 8d61C 8d62C 8d69C 8d6bC 8d6iC 8d75C 8d77C 8d7aC 8d7bC 8d7cC 8d7dC 8d7jC 8d7lC 8d7qC 8d7sC 8d8aC 8d8cC 8d8dC 8d8eC 8d8fC 8d8gC 8d8hC 3a8zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.738, 79.738, 37.699
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-321- HOH
2	1	A-342- HOH
3	1	A-351- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.17 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 1.2 M NaCl and 100 mM AcONa pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 275 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2020年11月4日
放射	プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→22.59 Å / Num. obs: 20065 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.802 / Net I/σ(I): 7.62
反射シェル	解像度: 1.5→22.59 Å / Num. unique obs: 19033 / CC_1/2: 0.802

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
SAINT		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A8Z

3a8z

解像度: 1.5→22.587 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 1.21 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1902	1032	5.143 %
R_work	0.171	19033	-
all	0.172	-	-
obs	-	20065	99.776 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.981 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→22.587 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	20	51	1072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	950
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.784	1.634	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.603	1.595	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.571	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.793	20.656	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.28	15	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.247	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	280
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	889
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.04	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.46	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.265	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.514	1.411	515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.5	1.406	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.24	2.117	642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.243	2.123	643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.263	1.957	520
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.26	1.965	521
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.042	2.729	757
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.039	2.737	758
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.161	17.581	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.161	17.561	1195

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.537	0.29	66	0.268	1386	X-RAY DIFFRACTION	99.2481
1.537-1.579	0.22	69	0.238	1348	X-RAY DIFFRACTION	99.7185
1.579-1.625	0.217	72	0.207	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
1.625-1.675	0.204	57	0.185	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
1.675-1.73	0.193	82	0.184	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.217	74	0.178	1183	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.858	0.216	63	0.169	1158	X-RAY DIFFRACTION	100
1.858-1.934	0.221	64	0.159	1090	X-RAY DIFFRACTION	100
1.934-2.02	0.163	56	0.154	1082	X-RAY DIFFRACTION	99.8246
2.02-2.118	0.178	58	0.165	1033	X-RAY DIFFRACTION	99.9084
2.118-2.233	0.204	55	0.157	975	X-RAY DIFFRACTION	99.2293
2.233-2.368	0.144	51	0.161	932	X-RAY DIFFRACTION	99.797
2.368-2.531	0.193	43	0.172	882	X-RAY DIFFRACTION	99.5694
2.531-2.733	0.209	55	0.182	809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.733-2.993	0.223	40	0.191	765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.993-3.345	0.162	32	0.159	705	X-RAY DIFFRACTION	99.5946
3.345-3.861	0.197	34	0.15	624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.861-4.723	0.148	34	0.131	536	X-RAY DIFFRACTION	100
4.723-6.656	0.136	20	0.164	433	X-RAY DIFFRACTION	100
6.656-22.587	0.301	7	0.18	264	X-RAY DIFFRACTION	96.4413

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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