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- PDB-8d89: Crystal structure of a novel GH5 enzyme retrieved from capybara g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d89
タイトルCrystal structure of a novel GH5 enzyme retrieved from capybara gut metagenome
要素Glycoside Hydrolase Family 5 Endo-mannanase
キーワードHYDROLASE / CAZyme / TIM-barrel
機能・相同性Chem-1PG / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Martins, M.P. / Morais, M.A.B. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/26982-0 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)306135/2016-7 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)142332/2017-8 ブラジル
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Glycoside hydrolase subfamily GH5_57 features a highly redesigned catalytic interface to process complex hetero-beta-mannans.
著者: Martins, M.P. / Morais, M.A.B. / Persinoti, G.F. / Galinari, R.H. / Yu, L. / Yoshimi, Y. / Passos Nunes, F.B. / Lima, T.B. / Barbieri, S.F. / Silveira, J.L.M. / Lombard, V. / Terrapon, N. / ...著者: Martins, M.P. / Morais, M.A.B. / Persinoti, G.F. / Galinari, R.H. / Yu, L. / Yoshimi, Y. / Passos Nunes, F.B. / Lima, T.B. / Barbieri, S.F. / Silveira, J.L.M. / Lombard, V. / Terrapon, N. / Dupree, P. / Henrissat, B. / Murakami, M.T.
履歴
登録2022年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside Hydrolase Family 5 Endo-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1455
ポリマ－45,7751
非ポリマー3704
水7,476415
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.600, 58.860, 60.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glycoside Hydrolase Family 5 Endo-mannanase / GH5 Endo-mannanase


分子量: 45775.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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非ポリマー , 5種, 419分子

#2: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 19% (w/v) PEG 600, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, and 0.2 M of magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRUS / ビームライン: MANACA / 波長: 1.45864 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→42.765 Å / Num. obs: 54691 / % possible obs: 94.67 % / 冗長度: 12.61 % / Biso Wilson estimate: 18.55 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.12
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Num. unique obs: 5045 / CC1/2: 0.51

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→42.765 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1941 2735 5 %
Rwork0.1708 51956 -
obs0.172 54691 94.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.02 Å2 / Biso mean: 23.3586 Å2 / Biso min: 9.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→42.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3049 0 23 415 3487
Biso mean--38.83 31.89 -
残基数----382
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6-1.62760.37251250.3418236588
1.6276-1.65720.31351270.2954242990
1.6572-1.68910.2681300.2636246991
1.6891-1.72360.27261300.2503247492
1.7236-1.7610.31151310.2285248992
1.761-1.8020.24861330.2136252393
1.802-1.84710.21481340.1986254793
1.8471-1.8970.23551340.1875254394
1.897-1.95280.20691350.1872256694
1.9528-2.01590.2221370.1764259195
2.0159-2.08790.21231340.1609256395
2.0879-2.17150.20221380.1585262295
2.1715-2.27030.1871380.1529261096
2.2703-2.390.16971380.1569263197
2.39-2.53980.21791410.1623266896
2.5398-2.73580.18261420.1655269398
2.7358-3.01110.18391420.1674270598
3.0111-3.44660.18891430.1593272998
3.4466-4.34170.16351480.1412279699
4.3417-42.7650.15141550.1612943100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19-0.554-0.73891.70390.44391.46-0.03490.14640.0449-0.04580.0587-0.1666-0.05070.1546-0.04090.1577-0.0258-0.02250.155-0.01370.120329.468919.130115.2716
24.8852-0.092.20321.6407-0.34821.7719-0.06750.0330.1928-0.0108-0.0060.1574-0.1594-0.08840.07960.13140.02450.02230.1196-0.02550.097614.52723.527813.5102
32.61741.84272.05362.10311.29572.28380.02960.09420.10850.0101-0.02260.21540.0183-0.0818-0.01270.13140.0269-0.01480.1002-0.01010.14219.83711.3096.4034
46.40874.35893.02434.57012.05341.841-0.11830.13190.2699-0.19330.05190.2159-0.184-0.00170.07530.14680.02510.01590.17060.01050.095216.90418.43613.1194
52.14532.32182.14156.32632.07862.15290.1329-0.1182-0.11210.1684-0.15090.38580.1302-0.24140.01290.0982-0.00630.00860.1874-0.01750.18769.526-1.18819.723
67.39375.6299-1.68817.6485-1.59221.503-0.19530.31710.0409-0.56270.18250.16540.05950.0515-0.02050.14940.0155-0.02340.136-0.00470.078117.90438.065-0.9064
71.3421.9344-0.83766.7086-2.08451.56710.00230.073-0.0502-0.0654-0.01460.10430.084-0.01470.0110.10730.02-0.02580.1299-0.01260.087219.6994-2.47018.4043
82.3684-0.61441.19284.0173-0.36462.71170.05790.0981-0.0779-0.1345-0.0447-0.22750.04570.1189-0.01380.07920.0070.0180.1246-0.01010.111424.1686-1.77157.4409
91.1533-0.14170.09151.9951.42742.86420.0335-0.0937-0.18820.12960.0140.02230.1043-0.0897-0.04450.12270.0053-0.02150.1303-0.00160.131125.7475-2.239119.8463
103.32-1.1791-1.05942.27190.70761.59190.0304-0.0706-0.09570.1353-0.05620.064-0.0569-0.01250.01530.1154-0.022-0.0310.08060.00950.071324.59979.258827.1891
118.2132-2.9834-5.47464.08284.08478.67130.0954-0.1404-0.00340.0470.1104-0.3094-0.22360.5289-0.22470.169-0.0144-0.04680.14390.01190.124232.925812.311628.8673
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 107 )A32 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 108 through 149 )A108 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 150 through 180 )A150 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 181 through 207 )A181 - 207
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 208 through 225 )A208 - 225
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 226 through 243 )A226 - 243
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 244 through 274 )A244 - 274
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 275 through 297 )A275 - 297
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 298 through 344 )A298 - 344
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 345 through 382 )A345 - 382
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 383 through 404 )A383 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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