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- PDB-8d7f: FlvF from Aspergillus flavus in complex with Bis-Tris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d7f
タイトルFlvF from Aspergillus flavus in complex with Bis-Tris
要素Terpene cyclase flvF
キーワードLYASE / fungal protein / terpene cyclase fold / C-N bond formation
機能・相同性
機能・相同性情報


small molecule metabolic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / terpenoid biosynthetic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Terpene cyclase-like protein flvF
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Tararina, M.A. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM056838 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structure of the Repurposed Fungal Terpene Cyclase FlvF Implicated in the C-N Bond-Forming Reaction of Flavunoidine Biosynthesis.
著者: Tararina, M.A. / Yee, D.A. / Tang, Y. / Christianson, D.W.
履歴
登録2022年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terpene cyclase flvF
B: Terpene cyclase flvF
C: Terpene cyclase flvF
D: Terpene cyclase flvF
E: Terpene cyclase flvF
F: Terpene cyclase flvF
G: Terpene cyclase flvF
H: Terpene cyclase flvF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,08821
ポリマ－340,3058
非ポリマー1,78313
水00
1
A: Terpene cyclase flvF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0494
ポリマ－42,5381
非ポリマー5113
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Terpene cyclase flvF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0494
ポリマ－42,5381
非ポリマー5113
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Terpene cyclase flvF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6302
ポリマ－42,5381
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Terpene cyclase flvF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8393
ポリマ－42,5381
非ポリマー3012
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Terpene cyclase flvF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6302
ポリマ－42,5381
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Terpene cyclase flvF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6302
ポリマ－42,5381
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Terpene cyclase flvF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6302
ポリマ－42,5381
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Terpene cyclase flvF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6302
ポリマ－42,5381
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.650, 194.999, 101.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Terpene cyclase flvF / Flavunoidine biosynthesis cluster protein F


分子量: 42538.148 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus flavus (strain ATCC 200026 / FGSC A1120 / IAM 13836 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167) (カビ)
株: ATCC 200026 / FGSC A1120 / IAM 13836 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167
遺伝子: flvF, AFLA_135460 / プラスミド: pET His6 GFP TEV LIC / 詳細 (発現宿主): Addgene #29663 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B8NHE1, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離
#2: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER


分子量: 209.240 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: plates approximately 0.1 x 0.1 x 0.01 mm dimension
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM magnesium chloride hexahydrate, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG 3350, 10 mM yttrium(III) chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月9日
放射モノクロメーター: MD2 diffractometer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→97.35 Å / Num. obs: 99760 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 39.39 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.62→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Num. unique obs: 9657 / CC1/2: 0.474 / Rpim(I) all: 0.096 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLM7.4.0データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER1.20.1-4487-000位相決定
Coot1.0.0モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2 model 1c37a

解像度: 2.62→97.35 Å / SU ML: 0.3636 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.4787
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 2000 2.01 %
Rwork0.2084 97691 -
obs0.2091 99691 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→97.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22160 0 118 0 22278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006522905
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.168531110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06083239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00774010
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5248281
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.62-2.690.31451350.2776578X-RAY DIFFRACTION92.85
2.69-2.760.31251440.26696993X-RAY DIFFRACTION99.39
2.76-2.840.32131420.26687015X-RAY DIFFRACTION99.35
2.84-2.930.35741430.27296970X-RAY DIFFRACTION99.21
2.93-3.040.34161430.25656972X-RAY DIFFRACTION99.15
3.04-3.160.25181440.23956985X-RAY DIFFRACTION99.11
3.16-3.30.3011400.23736909X-RAY DIFFRACTION97.73
3.3-3.480.28531460.22187065X-RAY DIFFRACTION99.85
3.48-3.70.24371430.20837016X-RAY DIFFRACTION99.9
3.7-3.980.23151440.18557075X-RAY DIFFRACTION99.72
3.98-4.380.1981440.1696999X-RAY DIFFRACTION99.15
4.38-5.020.17891420.17046959X-RAY DIFFRACTION98.43
5.02-6.320.23931450.20467080X-RAY DIFFRACTION99.85
6.32-97.350.17131450.17467075X-RAY DIFFRACTION98.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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