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- PDB-8d6e: Crystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with RP-6306 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d6e
タイトルCrystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with RP-6306
要素Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Transferase/Inhibitor / Kinase Inhibitor complex / Transferase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic nuclear division / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity ...negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic nuclear division / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity / mitotic cell cycle / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / phosphorylation / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine/threonine-protein kinase, Cdc2 inhibitor / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QGI / Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Pau, V.P.T. / Mao, D.Y.L. / Mader, P. / Orlicky, S. / Sicheri, F.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Ontario Research FundRE08-065 カナダ
Other private
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of an Orally Bioavailable and Selective PKMYT1 Inhibitor, RP-6306.
著者: Szychowski, J. / Papp, R. / Dietrich, E. / Liu, B. / Vallee, F. / Leclaire, M.E. / Fourtounis, J. / Martino, G. / Perryman, A.L. / Pau, V. / Yin, S.Y. / Mader, P. / Roulston, A. / Truchon, J. ...著者: Szychowski, J. / Papp, R. / Dietrich, E. / Liu, B. / Vallee, F. / Leclaire, M.E. / Fourtounis, J. / Martino, G. / Perryman, A.L. / Pau, V. / Yin, S.Y. / Mader, P. / Roulston, A. / Truchon, J.F. / Marshall, C.G. / Diallo, M. / Duffy, N.M. / Stocco, R. / Godbout, C. / Bonneau-Fortin, A. / Kryczka, R. / Bhaskaran, V. / Mao, D. / Orlicky, S. / Beaulieu, P. / Turcotte, P. / Kurinov, I. / Sicheri, F. / Mamane, Y. / Gallant, M. / Black, W.C.
履歴
登録2022年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
A: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,85821
ポリマ－68,9962
非ポリマー1,86219
水1,69394
1
B: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,50511
ポリマ－34,4981
非ポリマー1,00710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,35310
ポリマ－34,4981
非ポリマー8559
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.243, 112.014, 72.978
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 77 through 165 or (resid 166...
21(chain B and ((resid 77 through 78 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUGLYGLY(chain A and (resid 77 through 165 or (resid 166...AB77 - 16526 - 114
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 77 through 165 or (resid 166...AB166115
13LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 77 through 165 or (resid 166...AB77 - 36126 - 310
14LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 77 through 165 or (resid 166...AB77 - 36126 - 310
15LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 77 through 165 or (resid 166...AB77 - 36126 - 310
16LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 77 through 165 or (resid 166...AB77 - 36126 - 310
17LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 77 through 165 or (resid 166...AB77 - 36126 - 310
21LEULEUGLNGLN(chain B and ((resid 77 through 78 and (name N...BA77 - 7826 - 27
22LEULEUGLNGLN(chain B and ((resid 77 through 78 and (name N...BA77 - 36126 - 310
23LEULEUGLNGLN(chain B and ((resid 77 through 78 and (name N...BA77 - 36126 - 310
24LEULEUGLNGLN(chain B and ((resid 77 through 78 and (name N...BA77 - 36126 - 310
25LEULEUGLNGLN(chain B and ((resid 77 through 78 and (name N...BA77 - 36126 - 310

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase / Myt1 kinase


分子量: 34498.133 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKMYT1, MYT1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99640, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 113分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-QGI / (1P)-2-amino-1-(3-hydroxy-2,6-dimethylphenyl)-5,6-dimethyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine-3-carboxamide


分子量: 324.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25
詳細: 5.6 to 6.6% PEG3350, 0.2 M Na2SO4, 0.1 M Tris-HCl and 10% EG
Temp details: 277K for 1 day and then 293K for a week

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→47.82 Å / Num. obs: 40791 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 1.997 % / Biso Wilson estimate: 72.702 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.021 / Rrim(I) all: 0.029 / Χ2: 0.872 / Net I/σ(I): 16.97 / Num. measured all: 144392
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.15-2.282.0811.0320.752356313449113240.3561.40884.2
2.28-2.432.0230.4841.572214112732109460.7090.66186
2.43-2.631.9620.243.211972711765100560.9130.32885.5
2.63-2.882.0660.1127.04197591084895650.980.15488.2
2.88-3.222.0050.05114.817283983586200.9950.0787.6
3.22-3.711.8790.02330.5813903867573980.9990.03185.3
3.71-4.541.9920.01448.5913044733365480.9990.01989.3
4.54-6.391.9220.01353.019748570550730.9990.01988.9
6.39-47.821.8950.0158.145224317727570.9990.01486.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P1A

3p1a


解像度: 2.15→47.82 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 2036 4.99 %
Rwork0.19 38735 -
obs0.1915 40771 96.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 208.81 Å2 / Biso mean: 89.4569 Å2 / Biso min: 48.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→47.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4178 0 124 94 4396
Biso mean--87.49 78.69 -
残基数----559
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2462X-RAY DIFFRACTION6.229TORSIONAL
12B2462X-RAY DIFFRACTION6.229TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.20.37131260.34932431255792
2.2-2.250.36471370.33332577271497
2.25-2.310.3361360.29772605274197
2.31-2.380.30511360.27292566270297
2.38-2.460.30141330.262611274497
2.46-2.550.2821330.23852482261594
2.55-2.650.26931350.21972583271897
2.65-2.770.26381370.21232603274097
2.77-2.910.24581410.23042644278598
2.91-3.10.27371340.23912582271697
3.1-3.330.2331410.21572625276698
3.34-3.670.2441330.19872548268195
3.67-4.20.2261370.1692619275698
4.2-5.290.17991380.1622642278098
5.29-47.820.16711390.16162617275695
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.235-0.2256-0.38541.08661.58152.3109-0.33630.090.00720.2929-0.6760.4095-0.1311-1.0479-1.29980.64170.0526-0.35921.1179-0.21671.3509-11.807-17.6179-0.5879
20.2538-0.10020.45780.129-0.26140.9228-0.67580.06860.4508-1.1865-0.3221.5373-1.0533-0.3259-0.75040.97260.1392-0.54690.6276-0.15261.4742-0.145-6.15642.9604
31.73811.4620.70721.22980.35742.56-0.3227-0.17350.2653-0.2814-0.33150.5777-0.3048-0.222-0.89130.60070.0149-0.13490.6699-0.08980.8096-0.1763-18.58723.7125
40.266-0.08040.6782.85180.88271.6439-0.0975-0.2340.15220.7452-0.34280.78930.1623-0.2863-0.01060.6608-0.04090.07350.6523-0.09680.67616.9456-14.765318.6006
52.09970.04821.49280.9865-1.21162.8066-0.00680.4936-0.5980.0662-0.15030.09261.1396-0.40840.25591.0653-0.09040.02010.6477-0.07870.92128.4124-30.37311.1608
60.4612-0.28850.0620.2785-0.13080.0819-0.21910.19760.07390.60050.1082-0.28240.39150.208500.91810.0233-0.02180.69770.02030.568720.009-24.584418.6883
70.4940.0171-0.29010.4136-0.0040.16710.1204-0.15330.01560.41640.0698-1.16370.02510.6083-0.00250.88010.048-0.15020.7658-0.02780.775529.7322-19.34222.0883
80.99011.02590.13621.44870.63210.81660.0685-0.4277-0.35191.3792-0.0821-0.63580.45060.4469-0.00731.2579-0.03740.03960.7493-0.00320.554917.9739-24.991132.1132
92.10620.72232.04540.25310.71822.0016-0.79160.5631-0.4137-0.793-0.7827-0.5961.24530.9003-3.33511.44630.46570.93231.04920.33511.472435.924812.4968-4.632
102.2632-0.94080.60910.4561-0.39866.0761-0.72880.2362-0.1031-1.6116-0.5892-1.31241.2962-0.3188-4.66761.20170.22840.50050.44020.10541.047124.31354.82711.8471
110.34480.5960.52333.8641-1.52112.7879-0.4905-0.3502-0.4401-1.39040.1698-0.20851.0274-0.3005-0.28070.72730.01060.12190.73980.02520.711823.104522.0236-1.1939
121.23090.7884-2.07291.2094-0.60014.1411-0.45-0.5432-0.6425-0.8792-0.5057-1.65170.07551.43070.09590.82160.18040.30650.86150.23340.992228.102814.19836.2143
131.3012-0.79680.17822.70230.4070.94690.14780.0345-0.12050.0478-0.1617-0.06860.09-0.08310.00010.61170.0318-0.02320.64140.03960.557315.051615.380516.7832
141.75540.3581-0.1570.15230.26211.308-0.29530.12190.37630.01320.47220.2435-1.0815-0.47040.15880.85920.1077-0.04630.74070.01490.6155.043928.23712.2747
150.4297-0.4204-0.25360.46360.34480.37970.24050.2226-0.15450.0828-0.08260.3610.2427-0.2553-0.00040.6210.07450.06120.79710.06770.6160.811519.940718.2396
160.7756-1.47840.22824.3032-1.83361.3716-0.1878-0.2458-0.36611.44510.6090.8670.0783-0.6870.19781.0968-0.04660.24420.96640.1650.7550.298316.647229.399
171.0166-0.3940.38841.6756-1.14331.0248-0.0994-0.58780.49111.5732-0.27320.3027-0.4653-0.036-0.05641.0197-0.002-0.02160.80490.04090.519611.22325.432729.0817
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 77 through 104 )B77 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 105 through 129 )B105 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 130 through 164 )B130 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 165 through 249 )B165 - 249
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 250 through 269 )B250 - 269
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 270 through 301 )B270 - 301
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 302 through 329 )B302 - 329
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 330 through 361 )B330 - 361
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 77 through 109 )A77 - 109
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 110 through 140 )A110 - 140
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 141 through 164 )A141 - 164
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 165 through 188 )A165 - 188
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 189 through 270 )A189 - 270
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 271 through 284 )A271 - 284
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 285 through 321 )A285 - 321
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 322 through 339 )A322 - 339
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 340 through 361 )A340 - 361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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