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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d5x | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of hen egg white lysozyme at 125 Kelvin (Duplicate) | |||||||||
![]() | Lysozyme C | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ribeiro, F.S. / Lima, L.M.T.R. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Linking B-factor and temperature-induced conformational transition. 著者: de Sa Ribeiro, F. / Lima, L.M.T.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8d5sC ![]() 8d5tC ![]() 8d5uC ![]() 8d5wC ![]() 8d5zC ![]() 8d60C ![]() 8d61C ![]() 8d62C ![]() 8d69C ![]() 8d6bC ![]() 8d6iC ![]() 8d75C ![]() 8d77C ![]() 8d7aC ![]() 8d7bC ![]() 8d7cC ![]() 8d7dC ![]() 8d7jC ![]() 8d7lC ![]() 8d7qC ![]() 8d7sC ![]() 8d8aC ![]() 8d8bC ![]() 8d8cC ![]() 8d8dC ![]() 8d8eC ![]() 8d8fC ![]() 8d8gC ![]() 8d8hC ![]() 3a8zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.87 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 1.2 M NaCl and 100 mM AcONa pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2020年10月7日 |
放射 | プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→22.27 Å / Num. obs: 19280 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 1.91 % / CC1/2: 0.765 / Net I/σ(I): 6.94 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→22.27 Å / Num. unique obs: 18255 / CC1/2: 0.765 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3A8Z 解像度: 1.5→22.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 1.371 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.869 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→22.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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