PDB-8d5v: WhiB6 bound to the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d5v

タイトル

WhiB6 bound to the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera

要素

Probable transcriptional regulator WhiB6
RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta

キーワード

TRANSCRIPTION/Transferase / redox sensor / transcriptional factor / protein-DNA complex / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-Transferase complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to water / dinitrosyl-iron complex binding / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity ...
類似検索 - 分子機能

Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile. / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wan, T. / Zhang, L.M.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of WhiB6 and SigA4-betaTip complex
著者: Wan, T. / Zhang, L.M.

履歴

登録	2022年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2025年6月4日	Group: Refinement description / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / refine Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_initial_refinement_model.accession_code ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _refine.details / _refine.pdbx_method_to_determine_struct

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8d5v.cif.gz	184 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8d5v.ent.gz	128.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8d5v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8d5v_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d5v_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8d5v_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	8d5v_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/8d5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/8d5v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6onoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (19) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Probable transcriptional regulator WhiB6

B: RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta

C: Probable transcriptional regulator WhiB6

D: RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta

ヘテロ分子

51.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable transcriptional regulator WhiB6

B: RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: WhiB6 and SigA4-betaTip forms a heterodimer, then packed as dimer in the crystal lattice
25.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Probable transcriptional regulator WhiB6

D: RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.983, 66.540, 158.805
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-334- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain 'A' and (resid 29 through 110 or resid 201))	A	29 - 110
2	1	1	chain 'C'	C	29 - 110
1	1	2	(chain 'B' and (resid 454 through 461 or resid 463 through 547))	B	454 - 461
1	2	2	(chain 'B' and (resid 454 through 461 or resid 463 through 547))	B	463 - 547
2	1	2	(chain 'D' and (resid 454 through 461 or resid 463 through 547))	D	454 - 461
2	2	2	(chain 'D' and (resid 454 through 461 or resid 463 through 547))	D	463 - 547

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Probable transcriptional regulator WhiB6 分子量: 12807.403 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: whiB6, Rv3862c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WF37
#2: タンパク質	RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Sigma-A / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 12650.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌), (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv 遺伝子: sigA, mysA, rpoD, rpoV, Rv2703, MTCY05A6.24, rpoB, Rv0667, MTCI376.08c 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGI1, UniProt: P9WGY9, DNA-directed RNA polymerase
#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 24.7 % 解説: long large rectangle crystals (0.1 mm X 0.2 mm X 0.4 mm)
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Na Citrate pH 5.5, 20% PEG3000 / Temp details: 18 degree

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Under liquid nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月16日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 30736 / % possible obs: 97.44 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 37.35 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.0672 / R_pim(I) all: 0.0198 / R_rim(I) all: 0.0702 / Net I/σ(I): 17.96
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 1.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 3011 / CC_1/2: 0.809 / CC star: 0.946 / R_pim(I) all: 0.4418 / R_rim(I) all: 1.652 / % possible all: 97.53

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: 6ONO

6ono

解像度: 1.8→33.27 Å / SU ML: 0.2669 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.8498
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: MR-SAD was used to solve the phases.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2306	1560	5.1 %
R_work	0.2102	29004	-
obs	0.2112	30564	97.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2795	0	16	137	2948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0099	2866
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1933	3889
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0746	433
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0074	512
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.8782	1094

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.86	0.3482	128	0.3278	2623	X-RAY DIFFRACTION	97.59
1.86-1.92	0.3567	129	0.3789	2548	X-RAY DIFFRACTION	95.68
1.92-2	0.3548	164	0.3124	2562	X-RAY DIFFRACTION	96.53
2-2.09	0.3632	148	0.3174	2546	X-RAY DIFFRACTION	94.99
2.09-2.2	0.3257	137	0.2658	2609	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.2-2.34	0.3146	143	0.2574	2629	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.34-2.52	0.2696	146	0.2426	2634	X-RAY DIFFRACTION	97.78
2.52-2.78	0.284	158	0.2374	2655	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.78-3.18	0.2327	122	0.2321	2718	X-RAY DIFFRACTION	98.99
3.18-4	0.2229	116	0.1849	2713	X-RAY DIFFRACTION	97.99
4-33.27	0.1701	169	0.1645	2767	X-RAY DIFFRACTION	97.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.33908102492	0.161956375488	0.168667592235	8.31114765501	-1.1776646645	7.82143574529	-0.186185118165	0.350336664072	-0.253970286661	-0.312430773101	0.210282687259	0.692656157466	0.536028321818	-1.35597049201	-0.017490365772	0.42641946768	-0.0862388633401	-0.0147947702318	0.413621666662	-0.0885544948782	0.438379901737	9.44842593684	-2.32055651935	30.2192516252
2	3.31702381641	-0.454737607329	1.14185381239	6.16995246713	-0.708685618817	8.04190586168	-0.062531666458	0.0884168260618	-0.0960860778746	0.000483895963067	-0.0113958469448	0.21798974949	0.0137384321266	-0.334861077762	0.0439751802042	0.247965706092	-0.0322259380502	0.040235733336	0.290694355834	-0.0541352607844	0.319201662252	14.2135854664	0.767509649232	38.2868138616
3	3.32406174317	0.467496321079	-0.133154570132	7.01684532865	-1.17005106733	8.78555715398	-0.126679793117	-0.240931786118	-0.262228053128	0.849300498585	0.123360908258	-0.327353648309	0.137728851289	0.312257025416	0.0497062077957	0.351789425732	-0.0117260234789	-0.0339707297854	0.270426459904	-0.0352592925863	0.314905443718	20.3516042359	-0.459475452797	47.2056619604
4	7.50645759198	1.70393599926	-0.0356960014856	5.04734011327	-2.68765023472	5.26764967425	-0.120201289692	0.758893667237	-0.858709349334	-0.634910292335	0.512675308276	0.248004278581	0.73737421377	-0.149905285226	-0.0950951851748	0.377419198818	0.00319095392645	-0.0151850383989	0.359611712873	-0.0615271111886	0.464426952019	14.5034736153	-17.5151321867	23.5878258982
5	9.14404043658	0.677975500042	0.821548365993	4.05612327432	-0.964630166289	5.39111655029	0.0159418370527	0.912463122135	0.44552697867	-0.179641975019	-0.298207497618	-0.0508593008414	-0.37314280309	0.189531406857	0.118913159239	0.453624298768	-0.00777298319026	0.107892055226	0.440377208673	-0.0304489704611	0.466975887291	25.242548024	-9.31991703388	19.2408659376
6	5.71480755998	1.53647029353	0.528933370314	3.29290953687	-0.0763318203426	3.48315466664	-0.2525032566	1.81802951679	-1.92245373268	-0.46862853807	0.327501734785	-0.0905700842311	0.874782874644	0.664797881697	0.154977691663	0.630925543201	0.104854732902	0.185208478351	0.584221978047	-0.0935633794957	0.792623790966	31.426429107	-18.1681622689	18.4659183114
7	6.76599135853	2.88183336673	0.486113694931	2.42113292197	-0.38534401859	4.09509682439	-0.885972719416	1.49452267718	0.795751799636	-0.652733078528	0.129028199716	-1.10212332954	0.227279330895	2.03706544647	0.238547018921	0.537393329244	-0.0594650866153	0.140553962574	0.876300673082	0.112116568141	0.607420324002	35.4740784519	-6.8780862735	15.2952126189
8	7.82613856245	1.79237062006	-0.537944055825	3.34386104499	-1.42289443531	5.36838978935	0.272267471906	0.24821320633	1.56293889322	0.0771340670364	-0.011046804085	-0.104337508614	-0.449290089801	0.549019789756	0.177097068036	0.399770768373	-0.0334264770934	0.0686590450602	0.376181784464	-0.0112045718494	0.687952898013	28.946145796	-3.45077852325	25.241237128
9	6.96885603068	1.37882132891	0.689666048499	5.19242987682	-1.67250467813	4.44950236955	0.268670797341	-0.467489030163	-0.0295314092997	0.953698318215	-0.656733664782	0.641071676178	-0.417552375517	-1.02934971666	-0.086356761722	0.320621432888	-0.00798846798443	0.0300568967884	0.417239912236	-0.0913427361407	0.47855140378	14.1960265022	-8.26133328578	31.8086601126
10	9.25656752469	1.88096245294	1.25620916333	5.43869519863	-1.93425719372	5.9113600601	0.544094736344	-0.823707349275	-0.898331095796	0.342874806649	-0.354027692863	-0.267275893018	0.103779971539	-0.336795498846	-0.0428019660987	0.338001044137	-0.118270312298	0.0313429936517	0.398734885494	0.000871831947128	0.469395279415	19.9672289308	-21.5027386974	33.6664082604
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23	3.48665292022	-1.30494424739	-1.80481983683	5.13848955566	-0.372129757573	7.66103730103	0.34383298299	0.685314134087	-0.693249974863	-0.722523338429	-0.140595180132	-1.04494368156	0.898455806299	1.61485517173	-0.0213117191692	0.491238441825	0.0740157620558	0.0418523778269	0.626736484158	-0.090620704235	0.563283730122	34.8925887991	13.8719417681	13.4907018176

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 47 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 111 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 453 through 466 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 467 through 479 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 480 through 488 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 489 through 499 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 500 through 515 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 516 through 522 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 523 through 535 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 536 through 549 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 29 through 46 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 47 through 68 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 69 through 84 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 85 through 110 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 454 through 466 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 467 through 479 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 480 through 488 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 489 through 499 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 500 through 515 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 516 through 530 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 531 through 535 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 536 through 547 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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