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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8d5v | |||||||||
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| Title | WhiB6 bound to the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION/Transferase / redox sensor / transcriptional factor / protein-DNA complex / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-Transferase complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationresponse to water / dinitrosyl-iron complex binding / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity ...response to water / dinitrosyl-iron complex binding / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to antibiotic / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Wan, T. / Zhang, L.M. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal structure of WhiB6 and SigA4-betaTip complex Authors: Wan, T. / Zhang, L.M. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8d5v.cif.gz | 184 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8d5v.ent.gz | 128.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8d5v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8d5v_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8d5v_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
| Data in XML | 8d5v_validation.xml.gz | 19.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 8d5v_validation.cif.gz | 25.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/8d5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/8d5v | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6onoS S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
| #1: Protein | Mass: 12807.403 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 12650.234 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria), (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv Gene: sigA, mysA, rpoD, rpoV, Rv2703, MTCY05A6.24, rpoB, Rv0667, MTCI376.08c Production host: ![]() References: UniProt: P9WGI1, UniProt: P9WGY9, DNA-directed RNA polymerase #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 1.63 Å3/Da / Density % sol: 24.7 % Description: long large rectangle crystals (0.1 mm X 0.2 mm X 0.4 mm) |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: 0.1 M Na Citrate pH 5.5, 20% PEG3000 / Temp details: 18 degree |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Under liquid nitrogen stream / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.9795 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 16, 2019 |
| Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 30736 / % possible obs: 97.44 % / Redundancy: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 37.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0672 / Rpim(I) all: 0.0198 / Rrim(I) all: 0.0702 / Net I/σ(I): 17.96 |
| Reflection shell | Resolution: 1.8→1.864 Å / Redundancy: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 3011 / CC1/2: 0.809 / CC star: 0.946 / Rpim(I) all: 0.4418 / Rrim(I) all: 1.652 / % possible all: 97.53 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SADStarting model: 6ONO Resolution: 1.8→33.27 Å / SU ML: 0.2669 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.8498 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 Details: MR-SAD was used to solve the phases.
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 54.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→33.27 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi





X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation
PDBj





