PDB-8d5q: TCR TG6 in complex with Ld-HF10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d5q

タイトル

TCR TG6 in complex with Ld-HF10

要素

Dense granule protein 6, HF10 peptide
H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
TCR-alpha
TCR-beta

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MHCI / CD8 T cell

機能・相同性

機能・相同性情報

antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / defense response / MHC class I protein complex / phagocytic vesicle membrane / immune response
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.501 Å

データ登録者

Wang, Y. / Dai, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: Peptide Centric V beta Specific Germline Contacts Shape a Specialist T Cell Response.
著者: Wang, Y. / Tsitsiklis, A. / Devoe, S. / Gao, W. / Chu, H.H. / Zhang, Y. / Li, W. / Wong, W.K. / Deane, C.M. / Neau, D. / Slansky, J.E. / Thomas, P.G. / Robey, E.A. / Dai, S.

履歴

登録	2022年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8d5q.cif.gz	258.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8d5q.ent.gz	202.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8d5q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8d5q_validation.pdf.gz	481.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d5q_full_validation.pdf.gz	495.2 KB	表示
XML形式データ	8d5q_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	8d5q_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/8d5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/8d5q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8d5nC 8d5pC 1ld9S 3to4S 6x2t PDB 未公開エントリ 6x30 PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

A: TCR-alpha

B: TCR-beta

C: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain

E: Dense granule protein 6, HF10 peptide

ヘテロ分子

73.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.963, 89.963, 105.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	TCR-alpha 分子量: 23161.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Variant: Transgenic mouse line TG6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	TCR-beta 分子量: 27929.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Variant: Transgenic mouse line TG6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain 分子量: 21101.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-L / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01897

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 E

#4: タンパク質・ペプチド	Dense granule protein 6, HF10 peptide 分子量: 1149.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

-
非ポリマー , 3種, 211分子

#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 11 % w/v PEG 8000, 0.1 M MES 6.0, 0.24 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→90 Å / Num. obs: 29168 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 26.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 2864 / R_pim(I) all: 0.29

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LD9, 3TO4

1ld9

3to4

解像度: 2.501→45.022 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 15.549 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.248 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	1493	5.119 %
R_work	0.1688	27675	-
all	0.172	-	-
obs	-	29168	99.839 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.211 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.251 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.251 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.501 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.501→45.022 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5108	0	22	208	5338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	5283
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4553
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.892	1.65	7181
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.372	1.576	10582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.557	5	633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.114	22.125	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.361	15	829
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.23	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	645
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6021
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	2540
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.063	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.262	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.167	5.765	2541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.166	5.765	2540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.184	8.632	3171
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.183	8.632	3172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.996	6.224	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.854	6.219	2740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.36	9.131	4010
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.359	9.134	4011
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.022	65.451	5798
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.021	65.468	5799

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.501-2.565	0.39	97	0.3	2002	X-RAY DIFFRACTION	98.6372
2.565-2.635	0.334	134	0.243	1956	X-RAY DIFFRACTION	99.809
2.635-2.712	0.271	88	0.207	1962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.712-2.795	0.287	109	0.188	1836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.795-2.886	0.29	103	0.192	1827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.886-2.987	0.214	99	0.166	1762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.987-3.099	0.249	77	0.178	1720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.099-3.225	0.232	90	0.168	1627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.225-3.368	0.191	60	0.176	1585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.368-3.531	0.232	90	0.186	1515	X-RAY DIFFRACTION	100
3.531-3.721	0.232	87	0.184	1411	X-RAY DIFFRACTION	99.8667
3.721-3.945	0.244	68	0.173	1370	X-RAY DIFFRACTION	100
3.945-4.215	0.2	59	0.145	1266	X-RAY DIFFRACTION	99.9246
4.215-4.55	0.156	58	0.132	1200	X-RAY DIFFRACTION	100
4.55-4.979	0.175	65	0.118	1085	X-RAY DIFFRACTION	99.6534
4.979-5.558	0.215	56	0.149	997	X-RAY DIFFRACTION	100
5.558-6.402	0.261	49	0.179	873	X-RAY DIFFRACTION	100
6.402-7.803	0.211	40	0.168	746	X-RAY DIFFRACTION	99.8729
7.803-10.878	0.188	39	0.14	586	X-RAY DIFFRACTION	100
10.878-45.022	0.234	25	0.249	349	X-RAY DIFFRACTION	99.4681

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0189	-0.0845	0.7512	0.6865	-0.679	1.121	0.1985	-0.0539	-0.2344	-0.0315	-0.1539	-0.1066	0.1542	0.0805	-0.0445	0.0711	0.0028	-0.0781	0.0847	-0.0111	0.1509	28.3932	-103.3432	5.5415
2	1.7483	-0.6938	0.605	0.7174	-0.3493	0.2397	0.0473	-0.2015	0.0104	0.0157	-0.0393	0.0163	0.0041	-0.0192	-0.0079	0.014	-0.0292	0.0013	0.1876	-0.0643	0.0319	36.1728	-88.086	15.2565
3	1.1624	-0.4501	0.1453	0.7912	0.1377	0.3564	0.1044	0.0448	0.1106	-0.0687	-0.0136	-0.0945	-0.0533	-0.0273	-0.0908	0.0646	-0.0171	0.0642	0.0252	-0.0062	0.0723	8.2427	-68.7207	-17.4619
4	3.7884	-0.405	0.7996	0.1961	0.3325	1.3231	0.1907	-0.1532	0.1586	-0.0264	-0.0231	-0.0921	-0.0083	-0.1319	-0.1675	0.0895	-0.055	-0.0005	0.0513	0.0101	0.1051	13.3186	-71.9171	-12.2034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	0 - 204
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	0 - 243
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	1 - 176
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	E	1 - 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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