PDB-8d5p: Mouse TCR TG6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d5p

タイトル

Mouse TCR TG6

要素

TCR-alpha
TCR-beta

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MHCI / CD8 T cell

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Wang, Y. / Dai, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: Peptide Centric V beta Specific Germline Contacts Shape a Specialist T Cell Response.
著者: Wang, Y. / Tsitsiklis, A. / Devoe, S. / Gao, W. / Chu, H.H. / Zhang, Y. / Li, W. / Wong, W.K. / Deane, C.M. / Neau, D. / Slansky, J.E. / Thomas, P.G. / Robey, E.A. / Dai, S.

履歴

登録	2022年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8d5p.cif.gz	336.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8d5p.ent.gz	269.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8d5p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8d5p_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d5p_full_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示
XML形式データ	8d5p_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	8d5p_validation.cif.gz	45.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/8d5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/8d5p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8d5nC 8d5qC 3to4S 6x2t PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TCR-alpha

B: TCR-beta

C: TCR-alpha

D: TCR-beta

102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TCR-alpha

B: TCR-beta

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
51.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: TCR-alpha

D: TCR-beta

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.160, 196.331, 63.112
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	TCR-alpha 分子量: 23161.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Variant: Transgenic mouse line TG6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	TCR-beta 分子量: 27929.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Variant: Transgenic mouse line TG6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20% w/v PEG10K, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 1M Lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.982 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.982 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→98 Å / Num. obs: 28636 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 1.2 % / R_pim(I) all: 0.01 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.75→2.91 Å / Num. unique obs: 28062 / R_pim(I) all: 0.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TO4

3to4

解像度: 2.75→45.238 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.83 / SU B: 38.234 / SU ML: 0.339 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.439 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3006	1426	5.082 %
R_work	0.2243	26636	-
all	0.228	-	-
obs	-	28062	97.917 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.662 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.258 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.759 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→45.238 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7138	0	0	14	7152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	7333
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	6374
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.011	1.648	9980
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.326	1.574	14858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.361	5	893
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.863	22.723	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.666	15	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.879	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	8339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.217	0.2	5897
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	3736
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.113	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.178	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.815	2.308	3587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.815	2.307	3586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.265	3.45	4475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.265	3.452	4476
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.548	2.428	3745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.547	2.425	3742
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.714	3.567	5505
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.715	3.566	5504
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.313	25.382	7405
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.313	25.389	7406

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.821	0.448	108	0.297	1678	X-RAY DIFFRACTION	87.207
2.821-2.898	0.374	109	0.282	1830	X-RAY DIFFRACTION	95.0024
2.898-2.982	0.391	96	0.301	1844	X-RAY DIFFRACTION	97.9303
2.982-3.073	0.463	113	0.356	1749	X-RAY DIFFRACTION	97.8455
3.073-3.173	0.336	91	0.265	1751	X-RAY DIFFRACTION	99.1922
3.173-3.284	0.287	97	0.219	1694	X-RAY DIFFRACTION	99.3896
3.284-3.408	0.296	74	0.252	1661	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.408-3.546	0.38	82	0.256	1584	X-RAY DIFFRACTION	98.9899
3.546-3.703	0.305	67	0.239	1538	X-RAY DIFFRACTION	98.9519
3.703-3.883	0.262	74	0.22	1431	X-RAY DIFFRACTION	99.0132
3.883-4.091	0.315	80	0.206	1403	X-RAY DIFFRACTION	98.8008
4.091-4.338	0.244	67	0.169	1315	X-RAY DIFFRACTION	99.6395
4.338-4.634	0.229	64	0.162	1258	X-RAY DIFFRACTION	99.6232
4.634-5.002	0.212	61	0.168	1165	X-RAY DIFFRACTION	99.5938
5.002-5.474	0.232	57	0.169	1094	X-RAY DIFFRACTION	99.8265
5.474-6.111	0.284	49	0.202	1002	X-RAY DIFFRACTION	99.9049
6.111-7.038	0.181	41	0.184	893	X-RAY DIFFRACTION	99.4675
7.038-8.576	0.336	35	0.191	758	X-RAY DIFFRACTION	99.3734
8.576-11.949	0.177	38	0.174	608	X-RAY DIFFRACTION	99.3846
11.949-45.238	0.386	23	0.311	380	X-RAY DIFFRACTION	98.2927

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2861	-0.5842	-0.5051	2.3602	0.6831	1.2114	0.0375	-0.0518	0.0284	-0.1988	-0.1243	-0.0563	0.0741	0.0506	0.0868	0.0556	-0.0214	0.0597	0.1283	-0.0546	0.1081	22.7981	23.2202	1.1538
2	0.442	-0.8318	0.0589	2.6064	0.2863	0.2152	0.0998	-0.2041	-0.1218	-0.2006	0.0283	0.2286	0.0257	-0.1419	-0.1281	0.0339	-0.0648	-0.0321	0.2049	0.0354	0.1801	10.5001	12.1144	11.5981
3	0.9763	0.5011	0.5383	0.428	0.4098	0.6127	-0.15	0.0578	-0.008	0.0039	0.1584	0.0139	0.0729	0.1002	-0.0084	0.1073	0.0111	0.0311	0.1927	-0.0716	0.0963	-19.4863	20.5779	-30.1412
4	1.8701	0.71	0.2624	0.419	0.3098	0.4812	0.0282	0.0709	0.1151	0.0392	0.0689	0.0265	-0.0697	0.0031	-0.0971	0.1281	0.0243	0.0809	0.071	-0.0009	0.1404	-31.4281	32.6637	-19.8059

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 208
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 243
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	1 - 208
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	1 - 243

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)