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- PDB-8d5n: Crystal structure of Ld-HF10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d5n
タイトルCrystal structure of Ld-HF10
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Dense granule protein 6, HF10 peptide
  • H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHCI / antigen / CD8 T cell
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROPANOIC ACID / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wang, Y. / Dai, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: Peptide Centric V beta Specific Germline Contacts Shape a Specialist T Cell Response.
著者: Wang, Y. / Tsitsiklis, A. / Devoe, S. / Gao, W. / Chu, H.H. / Zhang, Y. / Li, W. / Wong, W.K. / Deane, C.M. / Neau, D. / Slansky, J.E. / Thomas, P.G. / Robey, E.A. / Dai, S.
履歴
登録2022年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
E: Dense granule protein 6, HF10 peptide
A: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
B: Dense granule protein 6, HF10 peptide
F: Beta-2-microglobulin
H: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,72512
ポリマ－91,8916
非ポリマー8356
水7,224401
1
C: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
E: Dense granule protein 6, HF10 peptide
H: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4977
ポリマ－45,9453
非ポリマー5524
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
2
A: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
B: Dense granule protein 6, HF10 peptide
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2295
ポリマ－45,9453
非ポリマー2832
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.503, 139.816, 87.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.824, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 CAFH

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain


分子量: 32402.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-L / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01897
#3: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11975.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 EB

#2: タンパク質・ペプチド Dense granule protein 6, HF10 peptide


分子量: 1567.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: GRA6, TG24 / 発現宿主: Podospora comata (菌類)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 405分子

#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% w/v PEG10K, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH5.5, and 1M Lithium sulfate monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→77 Å / Num. obs: 102152 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 31.23 Å2 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Rmerge(I) obs: 0.738 / Num. unique obs: 17831

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LD9

1ld9


解像度: 1.8→50.005 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.219 / WRfactor Rwork: 0.178 / SU B: 5.793 / SU ML: 0.084 / Average fsc free: 0.8911 / Average fsc work: 0.9049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2186 5081 5.049 %
Rwork0.1777 95555 -
all0.18 --
obs-100636 98.798 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 39.482 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.458 Å2-0 Å20.343 Å2
2---0.981 Å2-0 Å2
3---0.339 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6240 0 54 401 6695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0136509
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.081.6648843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5421.58113219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5945767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.4722.016377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.391151026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8261545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.027328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021455
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21134
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2030.25198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.23034
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0910.23023
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0380.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3020.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1590.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0473.4293080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0463.4283079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2155.1143840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2155.1143841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3753.9563429
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3753.9573430
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5645.7215002
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5645.7225003
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.34539.5457219
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.34539.557220
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.8-1.8470.3593960.36666480.36675600.6650.65993.17460.366
1.847-1.8970.3313810.31468890.31572990.7940.80799.60270.314
1.897-1.9520.3194030.28966670.29170990.8260.84299.59150.289
1.952-2.0120.2983240.24665740.24969280.8750.88599.5670.246
2.012-2.0780.2882950.22863440.23166710.8840.89899.52030.228
2.078-2.1510.2493260.20261160.20565010.9130.92799.09240.202
2.151-2.2320.2223280.18558260.18762350.930.9498.70090.185
2.232-2.3230.2193090.17557100.17760380.9320.94699.68530.175
2.323-2.4260.2212790.17454870.17657790.9380.94499.7750.174
2.426-2.5440.2142920.16252080.16555190.9430.95599.65570.162
2.544-2.6810.2032390.16449700.16652430.9480.95699.35150.164
2.681-2.8430.2322600.16846310.17149750.9260.94998.31160.168
2.843-3.0390.2132180.16744570.16946840.9420.95599.80790.167
3.039-3.2810.2171920.16941410.17143580.9440.95499.42630.169
3.281-3.5930.2022070.16737790.16940260.9530.96199.00650.167
3.593-4.0150.1721840.14734090.14836560.9650.96898.27680.147
4.015-4.6310.1591370.1330090.13131970.9670.97698.40480.13
4.631-5.6590.1841340.14725670.14927260.9720.97799.08290.147
5.659-7.9530.2281110.20119780.20221230.9420.95298.39850.201
7.953-50.0050.263640.21311280.21612150.9360.95198.1070.213
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.182-0.0630.02190.1449-0.07960.609-0.0409-0.02-0.0009-0.03240.04040.001-0.06040.02460.00040.0388-0.01650.00290.0203-0.01270.0362106.783767.610418.9321
22.22510.8655-1.65881.2326-1.7572.6213-0.0875-0.1427-0.06440.0649-0.0109-0.0832-0.06470.05180.09840.0177-0.00020.00860.0465-0.02910.0388112.531559.771737.3751
30.30670.13210.13810.35260.10320.0780.0274-0.012-0.0217-0.0256-0.0136-0.05290.0157-0.0275-0.01390.0355-0.0289-0.00220.04660.010.0092106.1027104.705218.2697
41.7979-1.1566-2.81370.89391.27866.29060.02070.125-0.0368-0.0493-0.05260.03130.0795-0.3030.03180.0253-0.0287-0.01380.05510.00870.013187.1096111.656612.6516
51.97850.0697-0.33280.42910.04890.0743-0.0211-0.01310.048-0.04720.0374-0.03020.0068-0.0164-0.01630.0154-0.0276-0.00180.06590.00180.011120.9383117.548720.7013
60.11690.049-0.22030.3595-0.0971.71790.01870.033-0.0307-0.04250.11460.0051-0.01560.002-0.13330.0295-0.0262-0.00660.0583-0.01630.0379102.157156.11754.4065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLC1 - 273
2X-RAY DIFFRACTION2ALLE1 - 15
3X-RAY DIFFRACTION3ALLA1 - 275
4X-RAY DIFFRACTION4ALLB1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5ALLF-2 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6ALLH-3 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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