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- PDB-8d5k: The complex of Pre-mRNA-Processing Factor 19 (Prpf19) peptide KYL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d5k
タイトルThe complex of Pre-mRNA-Processing Factor 19 (Prpf19) peptide KYLQVASHV Presented by H2-Kd
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
  • Pre-mRNA-processing factor 19
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / mRNA Splicing - Major Pathway / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA replication factor A complex / positive regulation of astrocyte differentiation / Prp19 complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / Endosomal/Vacuolar pathway ...Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / mRNA Splicing - Major Pathway / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA replication factor A complex / positive regulation of astrocyte differentiation / Prp19 complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / lipid biosynthetic process / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / spliceosomal complex assembly / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / protein K63-linked ubiquitination / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / proteasomal protein catabolic process / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / positive regulation of neuron differentiation / Neutrophil degranulation / catalytic step 2 spliceosome / lipid droplet / peptide binding / DNA damage checkpoint signaling / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / spliceosomal complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / RING-type E3 ubiquitin transferase / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / mRNA splicing, via spliceosome / MHC class II protein complex / spindle / double-strand break repair via nonhomologous end joining / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / protein polyubiquitination / phagocytic vesicle membrane / ubiquitin-protein transferase activity / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of T cell activation / protein localization / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / site of double-strand break / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / nuclear speck / defense response to bacterium / immune response / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Prp19/Pso4-like / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : ...Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Prp19/Pso4-like / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / G-protein beta WD-40 repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain / Pre-mRNA-processing factor 19
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.066 Å
データ登録者Custodio, J.M.F. / Baker, B.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118166 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structural and physical features that distinguish tumor-controlling from inactive cancer neoepitopes.
著者: Custodio, J.M. / Ayres, C.M. / Rosales, T.J. / Brambley, C.A. / Arbuiso, A.G. / Landau, L.M. / Keller, G.L.J. / Srivastava, P.K. / Baker, B.M.
履歴
登録2022年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Pre-mRNA-processing factor 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0403
ポリマ－45,0403
非ポリマー00
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.370, 66.200, 56.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.420, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain / H-2K(D)


分子量: 32114.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K1, H2-K / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01902
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11835.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド Pre-mRNA-processing factor 19 / Nuclear matrix protein 200 / PRP19/PSO4 homolog / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19 / ...Nuclear matrix protein 200 / PRP19/PSO4 homolog / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19 / Senescence evasion factor


分子量: 1090.255 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 206-214 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q99KP6, RING-type E3 ubiquitin transferase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4348 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5142 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% w/v PEG8000, 200 mM magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→41.349 Å / Num. obs: 23784 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Num. unique obs: 8577 / CC1/2: 0.899 / Rpim(I) all: 0.278 / Rrim(I) all: 0.396 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0350精密化
REFMAC5.8.0350精密化
BUCCANEERモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1VGK

1vgk


解像度: 2.066→41.349 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 11.527 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.191 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2335 1254 5.272 %
Rwork0.2027 22530 -
all0.204 --
obs-23784 90.245 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 46.908 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.426 Å20 Å20.163 Å2
2--3.235 Å20 Å2
3----2.812 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.066→41.349 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3139 0 0 55 3194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0113236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8741.6544402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6775378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.7141028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.06710510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg17.38810173
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.22181
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.5010.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3260.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0643.6681524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1885.4741898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2483.9991712
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8055.8562504
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.0872.07113089
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.066-2.1190.322810.26411800.26819560.920.9564.46830.236
2.119-2.1770.2831040.2316260.23318820.9520.96491.92350.207
2.177-2.240.257950.22215580.22417990.9510.96791.88440.203
2.24-2.3090.28860.23215450.23418170.9430.96589.76330.211
2.309-2.3850.275650.21314270.21517080.9570.97187.35360.186
2.385-2.4680.283720.22514880.22816930.950.96992.14410.206
2.468-2.5610.257860.23714520.23815930.9590.96696.54740.22
2.561-2.6650.308830.22414020.22915520.9480.9795.6830.209
2.665-2.7830.251610.20713690.20914900.9610.97495.97320.197
2.783-2.9180.307440.23412980.23714170.9450.96594.70710.231
2.918-3.0750.289600.23912070.24113640.9490.96492.88860.24
3.075-3.260.32550.22511060.22912810.9280.96890.63230.231
3.26-3.4840.238590.2119690.21212300.9650.97483.57720.227
3.484-3.7610.237380.2049950.20611230.9650.97891.98570.221
3.761-4.1160.239490.2039260.20510390.9670.97693.84020.233
4.116-4.5970.201550.168150.1639500.9720.98691.57890.193
4.597-5.2970.162500.167290.168370.9830.98693.07050.201
5.297-6.4610.231540.1876280.1917190.9720.9894.8540.222
6.461-9.0280.169260.185030.1795590.9870.98394.63330.224
9.028-41.3490.165310.1673070.1673430.9870.98398.54230.201
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8750.18910.79860.46750.17430.8428-0.00450.1485-0.0223-0.0240.0357-0.0217-0.12510.1183-0.03120.1250.01360.01590.0314-0.00160.003120.559725.89814.5167
21.25630.75610.81292.24551.28032.15580.1423-0.05630.06130.1642-0.06430.0911-0.08330.0517-0.0780.089-0.04280.03190.0208-0.01450.020218.910628.359533.4409
32.46230.77120.56371.72061.61691.57230.04780.47540.0995-0.12910.0294-0.0752-0.1584-0.0956-0.07720.11570.0594-0.03060.25280.05380.04215.5122.00313.2152
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA181 - 274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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