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- PDB-8d5i: Crystal structure of dihydropteroate synthase H182G mutant (folP-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d5i
タイトルCrystal structure of dihydropteroate synthase H182G mutant (folP-SMZ_B27) from soil uncultured bacterium in complex with pteroic acid and pyrophosphate
要素folP-SMZ_B27
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / DIHYDROPTEROATE SYNTHASE / HYDROLASE / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性PYROPHOSPHATE 2- / PTEROIC ACID
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Kim, Y. / Di Leo, R. / Venkatesan, M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of dihydropteroate synthase H182G mutant (folP-SMZ_B27) from soil uncultured bacterium in complex with pteroic acid
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2022年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: folP-SMZ_B27
B: folP-SMZ_B27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5475
ポリマ－58,7472
非ポリマー8013
水10,449580
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.167, 145.614, 36.801
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-456-

HOH

21B-700-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 folP-SMZ_B27


分子量: 29373.408 Da / 分子数: 2 / 変異: H182G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold
#2: 化合物 ChemComp-PT1 / PTEROIC ACID


分子量: 312.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 1% DMSO, 0.1 M Hepes pH 7.5, 5 mM para-aminobenzoic acid, 1.2 mM 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 42814 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.867 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1703 / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.583 / % possible all: 79.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VIS

5vis


解像度: 1.82→42.41 Å / SU ML: 0.2131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2338
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2108 1995 4.68 %RANDOM
Rwork0.1647 40624 --
obs0.1669 42619 97.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→42.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4086 0 55 580 4721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94175737
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0603666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.46851550
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.860.34041140.32712315X-RAY DIFFRACTION78.76
1.86-1.910.32361380.26762789X-RAY DIFFRACTION96.06
1.91-1.960.25641410.23052870X-RAY DIFFRACTION98.46
1.96-2.030.27941440.2012904X-RAY DIFFRACTION99.32
2.03-2.10.24921440.18812917X-RAY DIFFRACTION99.58
2.1-2.180.25651420.18392901X-RAY DIFFRACTION99.15
2.18-2.280.25011450.17612963X-RAY DIFFRACTION99.78
2.28-2.40.27051420.16512902X-RAY DIFFRACTION99.67
2.4-2.550.23481450.16492973X-RAY DIFFRACTION99.9
2.55-2.750.21451450.15972926X-RAY DIFFRACTION99.35
2.75-3.030.20691450.16082995X-RAY DIFFRACTION99.78
3.03-3.470.20631460.14562971X-RAY DIFFRACTION99.33
3.47-4.360.15671480.13163024X-RAY DIFFRACTION99.56
4.37-42.410.18331560.1583174X-RAY DIFFRACTION98.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.87143492748-4.124736696193.170135501697.88726804955-1.863378360694.98719274660.1436803923910.4109318154470.185431444502-0.729709670467-0.219152429340.6155228121350.0255383499275-0.330802366756-0.1046538481360.34258488806-0.05937159779570.02098982105230.281562464422-0.01148060662190.3275023875841.4255027609427.158752301213.0224678533
23.8486893224-2.065926018250.3280980714226.47807441229-1.207750439132.59643479772-0.05174559884430.108042965559-0.07768975519140.0788291903698-0.05973991243730.5862779273560.0230415291793-0.1549744907630.09051748623560.199583650053-0.0206402131791-0.0008105544700480.224400409788-0.06447398209940.2361525425120.93403288934129.009966842617.4025942371
34.882844750292.32431270636-3.970913668825.12434650667-3.17191780498.683628331190.0816360639111-0.08553317456420.1388013313440.2922101810370.04816699536190.0248267637013-0.156276001355-0.198233749318-0.1297764678220.1966836340270.0132527393857-0.0359761051070.207225984326-0.03831322206990.2321899611069.5047920827336.993135319818.6659286538
41.57238229101-0.26558259504-0.2754214731413.731800021592.787693325514.920910474260.04550468108840.06739552628870.0732276231991-0.04433769132240.0312500208165-0.169471652074-0.06074295325120.0827298627641-0.07920583553540.209165556758-0.01961223589090.004279190099880.1749275312780.03740072309470.22120557503421.013713093334.79940664718.68880391045
52.44652067250.6832455088440.4761385225864.261466385771.165032272482.768557846970.0264875514114-0.0337262896434-0.0621251387864-0.047771274837-0.0121578447982-0.2293606717270.0416812643020.0583813389421-0.01837990722130.1562174868210.02430206411320.02105175824740.1076963276380.01905737204320.13686224919718.69325380119.63815245526.8983022919
62.27452914948-2.6324673234-1.991781393618.80814882977-0.2397088231942.8605031556-0.0625048815151-0.607336314397-0.2901993045520.390941736020.160508845329-0.283174581110.1148040084820.199823595069-0.08902741006510.3419982999960.00735664748341-0.01136869444770.2247407908790.01359214046340.16481025389419.584915185510.315477437518.365178735
79.297930581425.97082738626-4.493493600745.349531463-4.088155788896.265172676220.240034276417-0.340786664777-0.2027035749220.234851285709-0.292183563274-0.1223214202820.2985516805610.009870141063510.04149684395680.2989488315410.01116022615060.02303309916680.170169570218-0.04965691150220.20498487513511.7487421546-11.41319187963.70412801485
89.550279266756.96856233092-4.105776322935.65525706769-4.541342685836.89901115063-0.0655887281652-0.447922470964-0.187113737085-0.00733425896608-0.1002780105780.4527406259940.349227174006-0.2382223824370.1082569165330.2019092666530.00143140001167-0.01830575055870.271643150726-0.05096792556270.255980201575.56389335588-13.4312830006-1.56162955881
91.94046668167-0.3946742053470.5047996090215.11456921451-1.724219692112.360763301790.100709007943-0.0460478937722-0.167622604212-0.06962597475530.05596677744610.09451502911310.05582577139160.0962100257032-0.1606166626340.1726366808840.000942862063890.01473083336580.236049905652-0.01755029962810.25337959956915.0085939342-18.06864350362.07820381159
105.552575745581.081406720252.15344438092.26070378191.754271199015.67880086036-0.04943779195920.107796181104-0.273223988766-0.1707562372570.119989460413-0.1449620728810.0687323977170.154348893912-0.06097258610020.1542474391140.002440771090560.0289018728430.129231800387-0.006917999000830.19757622947425.9710668339-18.2448485285-0.987196853152
112.70015954091-1.13265953371-0.9337674696592.353499033280.509495083041.96896777806-0.0870123697309-0.161228493513-0.04963647135450.2381256112510.0336836103434-0.07639708999120.038898114740.141296014670.04761948730510.205591846603-0.0192391003947-0.02848469496070.1843322313740.007449631726780.21641270326129.7101829361-5.658112123312.8314592455
124.20205509792-0.8404811082620.9921015263044.878242007661.376735976262.85517823546-0.05142085093340.1072808657240.112671847554-0.1704507622620.0625265804187-0.0546946917592-0.04859875425880.146122786952-0.003586469499080.1759374302940.00350591190233-7.84435779259E-60.1520723021990.00685669376780.14444950221620.48106283895.461477899963.37612379563
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 25 )AA1 - 251 - 25
22chain 'A' and (resid 26 through 77 )AA26 - 7726 - 77
33chain 'A' and (resid 78 through 115 )AA78 - 11578 - 115
44chain 'A' and (resid 116 through 187 )AA116 - 187116 - 187
55chain 'A' and (resid 188 through 252 )AA188 - 252188 - 252
66chain 'A' and (resid 253 through 270 )AA253 - 270253 - 270
77chain 'B' and (resid 1 through 21 )BC1 - 211 - 21
88chain 'B' and (resid 22 through 38 )BC22 - 3822 - 38
99chain 'B' and (resid 39 through 77 )BC39 - 7739 - 77
1010chain 'B' and (resid 78 through 130 )BC78 - 13078 - 130
1111chain 'B' and (resid 131 through 229 )BC131 - 229131 - 229
1212chain 'B' and (resid 230 through 270 )BC230 - 270230 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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