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- PDB-8d5h: Crystal structure of dihydropteroate synthase (folP-SMZ_B27) from... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8d5h | ||||||
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Title | Crystal structure of dihydropteroate synthase (folP-SMZ_B27) from soil uncultured bacterium in complex with 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin | ||||||
![]() | folP-SMZ_B27 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / DIHYDROPTEROATE SYNTHASE / HYDROLASE / OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | 6-HYDROXYMETHYLPTERIN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Osipiuk, J. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of dihydropteroate synthase (folP-SMZ_B27) from soil uncultured bacterium in complex with 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 267.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 190.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5visS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 29639.682 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: folP-SMZ_B27 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 723 molecules ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HHR.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HHR.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-PEG / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 25% (w/v) PEG 5K MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 1 mM 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 18, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.72→25 Å / Num. obs: 68078 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 30.5 % / Biso Wilson estimate: 22.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 28 |
Reflection shell | Resolution: 1.72→1.75 Å / Redundancy: 27.8 % / Rmerge(I) obs: 1.398 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3352 / CC1/2: 0.81 / Rpim(I) all: 0.267 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5VIS Resolution: 1.72→24.85 Å / SU ML: 0.1817 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.1482 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.72→24.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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