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- PDB-8d5h: Crystal structure of dihydropteroate synthase (folP-SMZ_B27) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d5h
タイトルCrystal structure of dihydropteroate synthase (folP-SMZ_B27) from soil uncultured bacterium in complex with 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin
要素folP-SMZ_B27
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / DIHYDROPTEROATE SYNTHASE / HYDROLASE (加水分解酵素) / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)
機能・相同性6-HYDROXYMETHYLPTERIN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Osipiuk, J. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of dihydropteroate synthase (folP-SMZ_B27) from soil uncultured bacterium in complex with 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2022年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: folP-SMZ_B27
B: folP-SMZ_B27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,61614
ポリマ－59,2792
非ポリマー1,33712
水12,809711
1
A: folP-SMZ_B27
ヘテロ分子

A: folP-SMZ_B27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,73716
ポリマ－59,2792
非ポリマー1,45814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area21900 Å2
手法PISA
2
B: folP-SMZ_B27
ヘテロ分子

B: folP-SMZ_B27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,49512
ポリマ－59,2792
非ポリマー1,21510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area23490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.781, 101.781, 207.212
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-306-

SO4

21A-760-

HOH

31B-421-

HOH

41B-727-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 folP-SMZ_B27


分子量: 29639.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: folP-SMZ_B27 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold

-
非ポリマー , 5種, 723分子

#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-HHR / 6-HYDROXYMETHYLPTERIN / 6-ヒドロキシメチルプテリン


分子量: 193.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 25% (w/v) PEG 5K MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 1 mM 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→25 Å / Num. obs: 68078 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 30.5 % / Biso Wilson estimate: 22.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 27.8 % / Rmerge(I) obs: 1.398 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3352 / CC1/2: 0.81 / Rpim(I) all: 0.267 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VIS

5vis


解像度: 1.72→24.85 Å / SU ML: 0.1817 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.1482
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1832 1951 2.95 %
Rwork0.1537 64245 -
obs0.1545 66196 97.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→24.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4107 0 81 711 4899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01374269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19665781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0839668
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0117751
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.07521579
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.760.30681280.27424178X-RAY DIFFRACTION90.23
1.76-1.810.24961290.22834309X-RAY DIFFRACTION93.24
1.81-1.860.20671340.18554372X-RAY DIFFRACTION94.43
1.86-1.920.20161360.16234469X-RAY DIFFRACTION95.92
1.92-1.990.20161350.16094492X-RAY DIFFRACTION96.82
1.99-2.070.20781410.16184543X-RAY DIFFRACTION97.69
2.07-2.170.17191390.15634584X-RAY DIFFRACTION98.29
2.17-2.280.18011380.14694616X-RAY DIFFRACTION98.86
2.28-2.420.19181410.14844656X-RAY DIFFRACTION98.89
2.42-2.610.20741420.15244650X-RAY DIFFRACTION99.05
2.61-2.870.19311440.15394700X-RAY DIFFRACTION99.4
2.87-3.290.19321420.15014774X-RAY DIFFRACTION99.61
3.29-4.140.14131470.12674813X-RAY DIFFRACTION99.78
4.14-24.850.16941550.15645089X-RAY DIFFRACTION99.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.072866707525.46685866991-3.44449597728.67690199769-3.896282241055.264797486340.0839731680589-0.36881121418-0.3345664900630.0884639069907-0.05564987627850.01044028777720.567005365316-0.1670891884510.04887527577390.243105000797-0.00739182953352-0.004172776437910.2222908570080.02693917412670.191261140917-6.6303115644822.207894212817.3477015037
27.380537316394.25926793953-5.441916308392.98065226564-3.5165806734.72100958416-0.8236908947420.0882956376831-0.7310967434150.2374770553320.1509515989170.5377349959191.6023060841-0.458516417490.466621608190.685204863669-0.006707834192610.190409824630.2878672075460.01879154564290.395772088652-6.0521208678710.854626846620.7784105638
31.14014166928-0.4786356677120.4309780811111.35510250201-0.9775009417932.02990685228-0.0508693930835-0.177344894377-0.04671573486460.2001341547540.0608461337160.061215392605-0.00927638569763-0.115392708529-0.01095016518610.1415630737510.004664995252790.01996972567680.13462234312-0.01458356043980.118083892647-16.402639437331.286877770518.0431391691
41.702803794050.30354778814-0.7153101553272.585564827370.9156441370333.1779980527-0.1489303310060.0502359866822-0.0774256655786-0.03608565646990.02998070019440.01286527890710.235999945417-0.03320005962030.1138636365530.1198711315030.003915328237310.0160544884810.1001743703790.01703152839370.0857129775743-4.1739170521527.56883142385.59402302391
50.655031242111-0.886385711724-1.508618734291.215988125512.086174719463.6288136373-0.992214613562-0.7150271971790.8678048604313.861186213961.11999651113-2.540824497120.951390424971.34870384044-0.1202405611581.204090642720.139627717041-0.3897096932021.27840729331-0.3144824191250.70397053447119.703802442641.06189133298.11725793089
63.427403311013.97022153874-1.420701806576.72611215801-1.44731736233.84120488375-0.04724030844180.06913995342020.28417639831-0.1219358163680.0924800363356-0.448733457794-0.4484400126070.6066777541410.04158220122330.313359613769-0.106082173201-0.01831094760490.317203793634-0.02948249652930.371878512453-21.269656848410.7392489835-17.1875075955
77.937087962525.00436652182-5.0523551463.68627545371-4.68922898569.095241097530.01217186392760.03750347060940.605437169064-0.0609698602751-0.569910854676-0.975452927624-0.7157635896211.284700311830.4866179088290.32717530207-0.07122262091680.01004276887450.5032790080820.1383550027240.499222409555-12.56312253048.00603928778-21.0378364007
81.68259863882-1.00622591153-0.06696209383920.6149162572380.2059982943251.933039748310.143000813144-0.3193718681690.4004885565170.240289153634-0.0316763636744-0.293559826597-0.4347900231380.273792494515-0.09644445337540.320164592614-0.1219573646620.03145687654170.26948921356-0.06368037820950.231739852187-23.060294845217.6633032029-16.7303117812
92.5899338453-2.07266872504-0.6946401711393.296789498991.491271175151.636083799720.2745356459430.3405976278870.210584489161-0.587033064209-0.154432321664-0.222046325073-0.3635380124140.0619842526297-0.1056323215880.386908626418-0.06218411679370.0327376274630.2979838003560.037267728340.160182036102-22.559501090415.4662250153-27.7893504526
102.05836172033-0.198316568406-0.7447171593541.118307410270.1824824394573.446567719530.005061636425840.2885127573870.161402910126-0.392720812319-0.04344957972510.171356324581-0.317303858477-0.08635143406460.03953895271860.2519840247440.000606690357272-0.0721880174390.1480424378530.02080330449250.173673176172-34.979765248121.0150681849-16.2971901656
112.13957639125-0.00351130445410.4938902559091.30821719851-0.03952955782174.50774401181-0.0804348599420.207623881267-0.0048283213734-0.219841123774-0.04574955242880.3253092751350.00774351118569-0.3802107371420.1049489721910.1433851300610.00470385605305-0.05185518917280.164448515437-0.01616238661250.208357886577-41.651425063815.4905012043-10.415240148
124.09901644760.0418679254541.857343240261.89119108908-0.2635491323413.0943296915-0.08074099101540.01932964526210.02940151677530.01830260816670.01082624175530.0321315875984-0.055556359434-0.04985333273540.08717315878010.150988201261-0.002404398981760.001375690326490.0798588079714-0.01049790959110.117866989959-29.10663722138.17570076937-4.3615006275
137.150212398282.36502082567-1.489613671914.00383589084-1.731660248474.67119615239-0.1855969134450.328215556668-0.603067758181-0.22641808580.1907954797570.09561143535510.369273291501-0.281949735231-0.09041823111270.211432781786-0.0156010699598-0.008611257406380.113898761069-0.03338908905020.166839113535-32.9941972525-7.24718526326-8.10624293661
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 22 )AA0 - 221 - 17
22chain 'A' and (resid 23 through 39 )AA23 - 3918 - 34
33chain 'A' and (resid 40 through 204 )AA40 - 20435 - 199
44chain 'A' and (resid 205 through 270 )AA205 - 270200 - 265
55chain 'A' and (resid 271 through 271 )AA271266
66chain 'B' and (resid -1 through 21 )BD-1 - 211 - 23
77chain 'B' and (resid 22 through 39 )BD22 - 3924 - 41
88chain 'B' and (resid 40 through 59 )BD40 - 5942 - 61
99chain 'B' and (resid 60 through 99 )BD60 - 9962 - 101
1010chain 'B' and (resid 100 through 148 )BD100 - 148102 - 150
1111chain 'B' and (resid 149 through 204 )BD149 - 204151 - 206
1212chain 'B' and (resid 205 through 252 )BD205 - 252207 - 254
1313chain 'B' and (resid 253 through 272 )BD253 - 272255 - 274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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