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万見
- PDB-8d5g: Crystal structure of dihydropteroate synthase (folP-SMZ_B27) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d5g
タイトルCrystal structure of dihydropteroate synthase (folP-SMZ_B27) from soil uncultured bacterium in complex with 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphate
要素folP-SMZ_B27
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / DIHYDROPTEROATE SYNTHASE
機能・相同性6-HYDROXYMETHYLPTERIN-DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of dihydropteroate synthase (folP-SMZ_B27) from soil uncultured bacterium in complex with 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphate
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2022年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: folP-SMZ_B27
B: folP-SMZ_B27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8718
ポリマ－59,0232
非ポリマー8486
水1,946108
1
A: folP-SMZ_B27
ヘテロ分子

A: folP-SMZ_B27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,94210
ポリマ－59,0232
非ポリマー9198
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area22140 Å2
手法PISA
2
B: folP-SMZ_B27
ヘテロ分子

B: folP-SMZ_B27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8006
ポリマ－59,0232
非ポリマー7774
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area22320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.540, 101.540, 207.009
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-444-

HOH

21B-447-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 folP-SMZ_B27


分子量: 29511.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: folP-SMZ_B27 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold
#2: 化合物 ChemComp-HH2 / 6-HYDROXYMETHYLPTERIN-DIPHOSPHATE / [PTERIN-6-YL METHANYL]-PHOSPHONOPHOSPHATE


分子量: 353.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O8P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% (w/v) PEG 5K MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate dehydrate pH5.6, 1.2mM 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→25 Å / Num. obs: 16612 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.2 % / Biso Wilson estimate: 48.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.372 / Rpim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.78→2.83 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 1.245 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 808 / CC1/2: 0.576 / Rpim(I) all: 0.425 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VIS

5vis


解像度: 2.78→24.82 Å / SU ML: 0.2729 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.2422
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1457 5.04 %RANDOM
Rwork0.2064 27458 --
obs0.2084 16176 96.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→24.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4144 0 48 108 4300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00234274
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49265805
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.66071593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-2.880.2741180.31662153X-RAY DIFFRACTION75.47
2.88-2.990.33721410.29642646X-RAY DIFFRACTION92.65
2.99-3.130.3181460.2682764X-RAY DIFFRACTION97.42
3.13-3.290.31511430.24872849X-RAY DIFFRACTION99.11
3.29-3.50.27771550.23822838X-RAY DIFFRACTION99.3
3.5-3.770.22071460.1972849X-RAY DIFFRACTION99.47
3.77-4.150.23071460.18162817X-RAY DIFFRACTION99.5
4.15-4.740.21191600.16762840X-RAY DIFFRACTION99.83
4.74-5.960.25641490.18122853X-RAY DIFFRACTION99.44
5.96-24.820.19421530.17952849X-RAY DIFFRACTION99.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.35147366267-4.09904333038-2.233601151374.61673002121.884252878925.717980839080.0488743682804-0.2036372904321.17174546577-0.3972907186870.0798771659690.333527932643-0.14244330207-0.820207295796-0.1363113959740.33994305268-0.03613930125310.01832253448870.43746999725-0.1018899219030.71579428431519.812398210711.792013372317.5512873716
23.42526773461-0.28449908595-0.456926377149.42410609849-0.9618008098830.6850380771750.1316567024940.04801994246430.2189453139480.124073655086-0.06261127622990.900409467979-0.341017602981-0.381415371635-0.09095384479280.3880030146630.0748146653535-0.02027366688640.378101679502-0.01829032453370.28230802322517.356352088812.495735629819.0834013046
32.016884265540.837372612181-0.690121788011.64496480242-0.6731085457972.779928437070.0109276552162-0.223492193934-0.02203211210740.23118447476-0.031981677736-0.170895223534-0.170775055380.07886789126170.0155114066980.3369776074760.0429179939126-0.04953217362390.213378468473-0.01705615270880.26634337645933.049834168216.318502807815.0843545467
44.128494556372.11779111663-0.5487569909771.238465253420.7020471672516.24711405494-0.116781622055-0.0550064991936-0.2743822110580.09049494500020.121486384281-0.3532200062340.1363116034110.195462004737-0.01884307246390.2900630435440.011745430077-0.003310538196940.1643737389330.0207123388250.27329044103131.6420641113-1.201342615677.46674430199
54.36806247682-1.38816547174-0.9266319651898.72531205820.5328746201857.629673327480.0277266190352-0.256972654544-0.857623393894-0.4668947008640.244850250887-0.8763475554851.377708679190.707204920888-0.2051312127850.5618688470560.00419426790082-0.02249952093540.4081099960950.01029411467310.4641845605049.9496461496314.0759892394-19.6034868719
60.9359461116820.09338495733820.07777943531251.800738181340.4708076382712.41276351534-0.0990562388620.1257189302940.0136552123355-0.1571947186390.0271195982595-0.06597004940570.1032454106390.1589566037170.0718222507180.2283636058510.01484859632920.01536735007180.2596860116750.008362514789150.26237752107715.582253895530.3898022759-15.9354145532
72.162612832171.02098015683-0.1603429732956.259377138690.5190735658536.57669940941-0.0998798029650.3676866154910.5613833867250.183770204421-0.0546004384650.165965279651-0.152714147854-0.364204851370.146366897650.183517647698-0.04587407797490.04335504026810.2730579008580.01838583521510.27015178048-1.6685524649629.8111876214-7.38853586169
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 21 )AA0 - 211 - 22
22chain 'A' and (resid 22 through 59 )AA22 - 5923 - 60
33chain 'A' and (resid 60 through 229 )AA60 - 22961 - 230
44chain 'A' and (resid 230 through 272 )AA230 - 272231 - 273
55chain 'B' and (resid 1 through 38 )BB1 - 381 - 38
66chain 'B' and (resid 39 through 229 )BB39 - 22939 - 229
77chain 'B' and (resid 230 through 272 )BB230 - 272230 - 272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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