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万見
- PDB-8d52: Parathyroid hormone 1 receptor extracellular domain complexed wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d52
タイトルParathyroid hormone 1 receptor extracellular domain complexed with a peptide ligand containing (2-naphthyl)-beta-3-homoalanine
要素
  • PTHrP[1-36]
  • Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / parathyroid hormone 1 receptor / signaling / beta-amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chondrocyte development / regulation of chondrocyte differentiation / parathyroid hormone receptor activity / cAMP metabolic process / G protein-coupled peptide receptor activity / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / osteoblast development / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / peptide hormone receptor binding ...negative regulation of chondrocyte development / regulation of chondrocyte differentiation / parathyroid hormone receptor activity / cAMP metabolic process / G protein-coupled peptide receptor activity / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / osteoblast development / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / peptide hormone receptor binding / bone mineralization / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / cell maturation / epidermis development / chondrocyte differentiation / bone resorption / skeletal system development / female pregnancy / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / intracellular calcium ion homeostasis / cell-cell signaling / regulation of gene expression / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / basolateral plasma membrane / G alpha (s) signalling events / in utero embryonic development / receptor complex / cell population proliferation / cell surface receptor signaling pathway / apical plasma membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone family / Parathyroid hormone family signature. / Parathyroid hormone / GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / : / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain ...Parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone family / Parathyroid hormone family signature. / Parathyroid hormone / GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / : / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Yu, Z. / Kreitler, D.F. / Gellman, S.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM056414 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Harnessing Aromatic-Histidine Interactions through Synergistic Backbone Extension and Side Chain Modification.
著者: Yu, Z. / Kreitler, D.F. / Chiu, Y.T.T. / Xu, R. / Bruchs, A.T. / Bingman, C.A. / Gellman, S.H.
履歴
登録2022年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
B: PTHrP[1-36]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9564
ポリマ－14,8292
非ポリマー1272
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.383, 57.383, 205.208
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

ZN

21A-317-

HOH

31B-208-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor / PTH/PTHrP type I receptor / PTH/PTHr receptor / Parathyroid hormone 1 receptor / PTH1 receptor


分子量: 11995.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTH1R, PTHR, PTHR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03431
#2: タンパク質・ペプチド PTHrP[1-36]


分子量: 2833.294 Da / 分子数: 1
Mutation: I31 substituted by (2-naphthyl)-beta-3-homoalanine
由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12272
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 28 % v/v PEG Smear Low, 0.1 M tris-HCl pH 8, 0.15 M Sodium citrate, 1% ethylene glycol, 1 mM ZnSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920105 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月6日 / 詳細: KB
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→68.403 Å / Num. obs: 7246 / % possible obs: 81.1 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 42.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.02→2.163 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1.123 / Num. unique obs: 361 / CC1/2: 0.551 / Rpim(I) all: 0.791 / % possible all: 22.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc7_3834精密化
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3h3g

3h3g


解像度: 2.02→48.3 Å / SU ML: 0.2504 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.8938
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 544 7.51 %
Rwork0.2042 6700 -
obs0.2072 7244 81.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数932 0 52 44 1028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00481015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88171383
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0717140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1949351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.220.3823500.3092611X-RAY DIFFRACTION30.17
2.22-2.540.30991530.27771895X-RAY DIFFRACTION93.56
2.55-3.210.33431670.24092062X-RAY DIFFRACTION99.91
3.21-48.30.19961740.17422132X-RAY DIFFRACTION99.05
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.538422226792.822022668293.72543314478.427066858122.495229746559.84906351368-0.9346817532330.6211669475270.803976176645-1.551564752660.590809706223-0.32948119611-1.36904024850.8086577910030.3897598591710.600199801914-0.07508974273430.06031107700350.3781838693140.08551933293670.4781461111816.9417.4776.352
23.313657577151.445702743551.881182249543.71286506890.7631251542993.60119720693-0.4202487477780.6761899654880.151615400257-0.6590490272740.589840596485-1.11552026255-0.9276514985841.34883169098-0.1339701153280.449894949631-0.1960099739730.09083041325730.515976351154-0.02125396302260.64882595816317.9520.99619.715
36.858272929210.2597678060512.798790103836.303268812840.2153324841239.997984198750.159403400751-0.2969240083260.606961051445-0.130658204209-0.085240993932-0.205860979108-0.2622203468190.0366335267709-0.07559202978770.284280823644-0.0279251997019-0.03232884227240.194095529906-0.07714375005440.353992483938.05316.58524.024
45.26252406775-2.409586286521.215929165572.008234866975.239209665712.006033697370.180462214349-0.682514999711-0.8126120926710.493599993996-0.2214200650521.550800396480.765561844065-2.056360015930.04313698938760.467779271395-0.0446507499768-0.01029935481980.714705931220.02530327117580.850443575544-3.31313.18222.308
58.971435957715.68967741483-4.935435627497.123224761213.103091457482.03287339276-0.3022967717610.4487032932890.739656078429-0.6614453660020.1668697422910.481272436877-0.831302131391-0.9109884140430.1554104284120.3378376508690.0303171479606-0.05500334876250.2903158445830.0208640050080.343200360606-2.477.3411.227
64.446892362144.000743753761.723652561193.58527078451.535613031380.6624649060740.249848705165-0.756674027241-0.02268974527980.745315898676-0.216512613836-0.7886169347280.781876676118-0.09139572899720.2476921650730.474199827215-0.0825914974707-0.2057925843780.3917294441690.02515132336370.5795787350926.3637.00422.385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 30:53 )A30 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 54:124 )A54 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 125:168 )A125 - 168
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 169:174 )A169 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 15:29 )B15 - 29
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 30:35 )B30 - 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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