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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d52 | |||||||||
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タイトル | Parathyroid hormone 1 receptor extracellular domain complexed with a peptide ligand containing (2-naphthyl)-beta-3-homoalanine | |||||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / parathyroid hormone 1 receptor / signaling / beta-amino acid | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of chondrocyte development / regulation of chondrocyte differentiation / parathyroid hormone receptor activity / cAMP metabolic process / G protein-coupled peptide receptor activity / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / osteoblast development / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / peptide hormone receptor binding ...negative regulation of chondrocyte development / regulation of chondrocyte differentiation / parathyroid hormone receptor activity / cAMP metabolic process / G protein-coupled peptide receptor activity / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / osteoblast development / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / peptide hormone receptor binding / bone mineralization / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / cell maturation / epidermis development / chondrocyte differentiation / bone resorption / skeletal system development / female pregnancy / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / intracellular calcium ion homeostasis / cell-cell signaling / regulation of gene expression / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / basolateral plasma membrane / G alpha (s) signalling events / in utero embryonic development / receptor complex / cell population proliferation / cell surface receptor signaling pathway / apical plasma membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yu, Z. / Kreitler, D.F. / Gellman, S.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Harnessing Aromatic-Histidine Interactions through Synergistic Backbone Extension and Side Chain Modification. 著者: Yu, Z. / Kreitler, D.F. / Chiu, Y.T.T. / Xu, R. / Bruchs, A.T. / Bingman, C.A. / Gellman, S.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 76.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8d51C ![]() 3h3gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11995.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2833.294 Da / 分子数: 1 Mutation: I31 substituted by (2-naphthyl)-beta-3-homoalanine 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 28 % v/v PEG Smear Low, 0.1 M tris-HCl pH 8, 0.15 M Sodium citrate, 1% ethylene glycol, 1 mM ZnSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月6日 / 詳細: KB |
放射 | モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.920105 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→68.403 Å / Num. obs: 7246 / % possible obs: 81.1 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 42.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.163 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1.123 / Num. unique obs: 361 / CC1/2: 0.551 / Rpim(I) all: 0.791 / % possible all: 22.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3h3g 解像度: 2.02→48.3 Å / SU ML: 0.2504 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.8938 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→48.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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