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- PDB-8d4y: C-terminal SANT-SLIDE domain of human Chromodomain-helicase-DNA-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d4y
タイトルC-terminal SANT-SLIDE domain of human Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4 (CHD4)
要素Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4
キーワードTRANSCRIPTION / chromodomain / SANT / SLIDE / NuRD
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellar granule cell to Purkinje cell synapse / terminal button organization / NuRD complex / regulation of cell fate specification / regulation of stem cell differentiation / NGF-stimulated transcription / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of synapse assembly / site of DNA damage / RNA Polymerase I Transcription Initiation ...cerebellar granule cell to Purkinje cell synapse / terminal button organization / NuRD complex / regulation of cell fate specification / regulation of stem cell differentiation / NGF-stimulated transcription / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of synapse assembly / site of DNA damage / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Regulation of PTEN gene transcription / helicase activity / transcription coregulator binding / HDACs deacetylate histones / double-strand break repair via homologous recombination / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription corepressor activity / histone binding / DNA helicase / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CHD subfamily II, SANT-like domain / Domain of unknown function DUF1087 / CHD, C-terminal 2 / CHD, N-terminal / CHD subfamily II, SANT-like domain / CHD subfamily II, DUF1087 / CHDNT (NUC034) domain / CHDCT2 (NUC038) domain / Domain of Unknown Function (DUF1086) / DUF1087 ...CHD subfamily II, SANT-like domain / Domain of unknown function DUF1087 / CHD, C-terminal 2 / CHD, N-terminal / CHD subfamily II, SANT-like domain / CHD subfamily II, DUF1087 / CHDNT (NUC034) domain / CHDCT2 (NUC038) domain / Domain of Unknown Function (DUF1086) / DUF1087 / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / : / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Chromo-like domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Helicase conserved C-terminal domain / Zinc finger, FYVE/PHD-type / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Moghaddas Sani, H. / Deshpande, C.N. / Panjikar, S. / Patel, K. / Mackay, J.P.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The role of auxiliary domains in modulating CHD4 activity suggests mechanistic commonality between enzyme families.
著者: Zhong, Y. / Moghaddas Sani, H. / Paudel, B.P. / Low, J.K.K. / Silva, A.P.G. / Mueller, S. / Deshpande, C. / Panjikar, S. / Reid, X.J. / Bedward, M.J. / van Oijen, A.M. / Mackay, J.P.
履歴
登録2022年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4
B: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5352
ポリマ－98,5352
非ポリマー00
水1086
1
A: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2681
ポリマ－49,2681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2681
ポリマ－49,2681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.432, 66.665, 99.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4 / CHD-4 / ATP-dependent helicase CHD4 / Mi-2 autoantigen 218 kDa protein / Mi2-beta


分子量: 49267.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHD4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14839, DNA helicase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.3, 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.1 M mixture of carboxylic acids*, and 20 mM spermidine *Sodium Formate; Ammonium acetate; Sodium citrate tribasic ...詳細: 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.3, 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.1 M mixture of carboxylic acids*, and 20 mM spermidine *Sodium Formate; Ammonium acetate; Sodium citrate tribasic dihydrate; Potassium sodium tartrate tetrahydrate; Sodium oxamate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.809 Å / Num. obs: 18602 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.442 % / Biso Wilson estimate: 81.59 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 0.857 / Net I/σ(I): 9.28 / Num. measured all: 82638
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.9-3.074.5690.8111.7112751304427910.7060.91691.7
3.07-3.284.7120.5233.1513409285228460.8730.59199.8
3.28-3.544.3720.2685.8811569266226460.9590.30699.4
3.54-3.884.3570.1779.5810580245524280.9790.20298.9
3.88-4.334.4970.11912.919897221522010.9870.13599.4
4.33-54.2830.09214.718412197919640.9920.10499.2
5-6.114.2670.08514.917071167616570.9910.09798.9
6.11-8.574.450.07417.345807131613050.9920.08399.2
8.57-48.8094.1130.06520.2331427787640.9920.07498.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold

解像度: 2.9→19.9 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3012 902 4.89 %
Rwork0.2632 17542 -
obs0.265 18444 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 240.66 Å2 / Biso mean: 90.0746 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3551 0 0 6 3557
Biso mean---65.96 -
残基数----427
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-3.080.34231380.33792751288993
3.08-3.320.3451640.341729433107100
3.32-3.650.31871460.30482934308099
3.65-4.170.30851310.26472956308799
4.17-5.240.27761770.24822928310599
5.24-19.90.29081460.22533030317699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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