[日本語] English
万見
- PDB-8d4w: Asymmetric ene-reduction of alpha,beta-unsaturated compounds usin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d4w
タイトルAsymmetric ene-reduction of alpha,beta-unsaturated compounds using MSMEG_2850
要素Cell entry (Mce) related family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / F420 / FDOR
機能・相同性F420H(2)-dependent quinone reductase / F420H(2)-dependent quinone reductase / FMN-binding split barrel / 酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cell entry (Mce) related family protein
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Kang, S.W. / Frkic, R.L. / Jackson, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Asymmetric Ene-Reduction of alpha , beta-Unsaturated Compounds by F 420 -Dependent Oxidoreductases A Enzymes from Mycobacterium smegmatis .
著者: Kang, S.W. / Antoney, J. / Frkic, R.L. / Lupton, D.W. / Speight, R. / Scott, C. / Jackson, C.J.
履歴
登録2022年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cell entry (Mce) related family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8455
ポリマ－15,4621
非ポリマー3824
水2,378132
1
A: Cell entry (Mce) related family protein
ヘテロ分子

A: Cell entry (Mce) related family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,69010
ポリマ－30,9252
非ポリマー7658
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation37_544y+1/4,x-1/4,-z-1/41
Buried area4930 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area12530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.809, 128.809, 128.809
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-397-

HOH

21A-413-

HOH

31A-414-

HOH

41A-415-

HOH

51A-416-

HOH

61A-427-

HOH

71A-431-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cell entry (Mce) related family protein


分子量: 15462.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: ddn_5, NCTC7017_06025 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8B4R830, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.3 M potassium phosphate, 0.7 M sodium phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→45.54 Å / Num. obs: 40092 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 76.5 % / Biso Wilson estimate: 22.12 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 23.8 / Num. measured all: 3067306 / Scaling rejects: 2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.35-1.37799.9919530.351100
7.4-45.5459.70.0423060.999199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4Y9I

4y9i


解像度: 1.35→45.54 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2025 1997 4.98 %
Rwork0.1883 38072 -
obs0.1891 40069 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.84 Å2 / Biso mean: 31.1122 Å2 / Biso min: 15.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→45.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1061 0 25 132 1218
Biso mean--36.98 38.59 -
残基数----136
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.35-1.380.45971410.428326762817
1.38-1.420.35341230.341526872810
1.42-1.460.30171590.28426632822
1.46-1.510.25861480.238926682816
1.51-1.560.21971350.219126872822
1.56-1.630.24921450.205426832828
1.63-1.70.21541250.206927072832
1.7-1.790.23981290.214327102839
1.79-1.90.21991610.18826982859
1.9-2.050.19081190.175227292848
2.05-2.260.19371510.180527152866
2.26-2.580.20351570.185527352892
2.58-3.250.1831520.18627812933
3.25-45.540.18721520.170729333085
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.60862.37774.83016.41051.81839.3288-0.0869-0.41060.65680.3872-0.1163-1.0712-0.33230.9680.05760.2995-0.0423-0.04150.4648-0.02460.484924.7748-1.0787-22.1278
29.9668-6.13724.29039.7563-6.68874.6197-0.1748-0.31390.3160.2168-0.0875-0.1847-0.12890.88340.2040.32020.0479-0.01950.345-0.07010.328322.673-12.0771-21.9227
31.5693-0.1742-0.91791.3777-0.59633.97040.00770.10210.0087-0.03270.04580.0231-0.1411-0.1262-0.05530.15620.03150.01480.15750.00290.13997.0716-5.0755-16.6634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 21 )A5 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 34 )A22 - 34
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 35 through 140 )A35 - 140

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る