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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d45 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human Kidney Betaine-Homocysteine Methyltransferase | ||||||
![]() | Betaine--homocysteine S-methyltransferase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / betaine-homocysteine methyltransferase / BHSMT | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of homocysteine metabolic process / betaine-homocysteine S-methyltransferase / amino-acid betaine metabolic process / betaine-homocysteine S-methyltransferase activity / L-methionine salvage / amino-acid betaine catabolic process / Sulfur amino acid metabolism / Choline catabolism / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / protein methylation ...regulation of homocysteine metabolic process / betaine-homocysteine S-methyltransferase / amino-acid betaine metabolic process / betaine-homocysteine S-methyltransferase activity / L-methionine salvage / amino-acid betaine catabolic process / Sulfur amino acid metabolism / Choline catabolism / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / protein methylation / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å | ||||||
![]() | Lyu, M. / Yu, E.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of human Kidney Betaine-Homocysteine Methyltransferase 著者: Lyu, M. / Yu, E.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 486.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 410.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 74.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27175MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45059.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q93088, betaine-homocysteine S-methyltransferase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Betaine-Homocysteine Methyltransferase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 38.75 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 471301 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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