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- PDB-8d3z: Crystal structure of GalS1 in complex with Manganese from Populus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d3z
タイトルCrystal structure of GalS1 in complex with Manganese from Populus trichocarpas
要素Galactan synthase
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase galactan synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosylation / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase family 92 / Glycosyltransferase family 92
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glycosyltransferase family 92 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Pereira, J.H. / Prabhakar, P.K. / Urbanowicz, B.R. / Adams, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical insight into a modular beta-1,4-galactan synthase in plants.
著者: Prabhakar, P.K. / Pereira, J.H. / Taujale, R. / Shao, W. / Bharadwaj, V.S. / Chapla, D. / Yang, J.Y. / Bomble, Y.J. / Moremen, K.W. / Kannan, N. / Hammel, M. / Adams, P.D. / Scheller, H.V. / Urbanowicz, B.R.
履歴
登録2022年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactan synthase
B: Galactan synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,88916
ポリマ－97,6912
非ポリマー5,19914
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11760 Å2
ΔGint69 kcal/mol
Surface area36920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.982, 169.982, 73.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Galactan synthase


分子量: 48845.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2K2AMS7, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの

-
糖 , 3種, 12分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 39分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0 10 % PEG 6,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→49.07 Å / Num. obs: 79592 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 68.99 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.018 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.56→2.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Num. unique obs: 7908 / CC1/2: 0.755

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8D3T

8d3t


解像度: 2.56→49.07 Å / SU ML: 0.4108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.2787
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2639 2005 5.04 %
Rwork0.2297 37788 -
obs0.2314 39793 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 107.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→49.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6556 0 335 37 6928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00727094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01299632
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05411038
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01041212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.55442622
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.620.38491430.32262652X-RAY DIFFRACTION99.96
2.62-2.690.33691420.29172676X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.770.33551470.31972674X-RAY DIFFRACTION99.96
2.77-2.860.42781410.33732693X-RAY DIFFRACTION99.96
2.86-2.970.35361400.3112673X-RAY DIFFRACTION99.96
2.97-3.080.36211430.27022692X-RAY DIFFRACTION99.96
3.09-3.220.30061410.26852661X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.40.2941400.25342682X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.610.32151480.25612686X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.890.26781410.21452720X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.280.24941420.21492692X-RAY DIFFRACTION100
4.28-4.90.20161390.17852747X-RAY DIFFRACTION100
4.9-6.170.21981450.20782727X-RAY DIFFRACTION99.97
6.17-49.070.22921530.2152813X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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