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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d3y | |||||||||
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タイトル | Human alpha3 Na+/K+-ATPase in its exoplasmic side-open state | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLOCASE/TRANSPORT PROTEIN / Na/K-ATPase / a3 / b1 / FXYD6 / occluded state / TRANSPORT PROTEIN / TRANSLOCASE-TRANSPORT PROTEIN complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neuron to neuron synapse / protein transport into plasma membrane raft / positive regulation of calcium:sodium antiporter activity / positive regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / positive regulation of P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / Na+/K+-exchanging ATPase / regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / response to glycoside ...neuron to neuron synapse / protein transport into plasma membrane raft / positive regulation of calcium:sodium antiporter activity / positive regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / positive regulation of P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / Na+/K+-exchanging ATPase / regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / response to glycoside / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / photoreceptor inner segment membrane / regulation of resting membrane potential / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / steroid hormone binding / membrane repolarization / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / sodium ion export across plasma membrane / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / intracellular potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / positive regulation of ATP-dependent activity / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / relaxation of cardiac muscle / Basigin interactions / cellular response to steroid hormone stimulus / organelle membrane / sodium ion transport / neuronal cell body membrane / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic cation transmembrane transport / Ion transport by P-type ATPases / ATPase activator activity / intercalated disc / lateral plasma membrane / sperm flagellum / sodium ion transmembrane transport / sodium channel regulator activity / cardiac muscle contraction / ATP metabolic process / Ion homeostasis / T-tubule / neuron projection maintenance / photoreceptor inner segment / proton transmembrane transport / protein localization to plasma membrane / potassium ion transport / sarcolemma / intracellular calcium ion homeostasis / cellular response to amyloid-beta / extracellular vesicle / MHC class II protein complex binding / presynaptic membrane / protein-macromolecule adaptor activity / amyloid-beta binding / protein-folding chaperone binding / ATPase binding / regulation of gene expression / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / Potential therapeutics for SARS / protein stabilization / cell adhesion / protein heterodimerization activity / apical plasma membrane / axon / innate immune response / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / protein kinase binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Nguyen, P.T. / Bai, X. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis for gating mechanism of the human sodium-potassium pump. 著者: Phong T Nguyen / Christine Deisl / Michael Fine / Trevor S Tippetts / Emiko Uchikawa / Xiao-Chen Bai / Beth Levine / 要旨: P2-type ATPase sodium-potassium pumps (Na/K-ATPases) are ion-transporting enzymes that use ATP to transport Na and K on opposite sides of the lipid bilayer against their electrochemical gradients to ...P2-type ATPase sodium-potassium pumps (Na/K-ATPases) are ion-transporting enzymes that use ATP to transport Na and K on opposite sides of the lipid bilayer against their electrochemical gradients to maintain ion concentration gradients across the membranes in all animal cells. Despite the available molecular architecture of the Na/K-ATPases, a complete molecular mechanism by which the Na and K ions access into and are released from the pump remains unknown. Here we report five cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the human alpha3 Na/K-ATPase in its cytoplasmic side-open (E1), ATP-bound cytoplasmic side-open (E1•ATP), ADP-AlF trapped Na-occluded (E1•P-ADP), BeF trapped exoplasmic side-open (E2P) and MgF trapped K-occluded (E2•P) states. Our work reveals the atomically resolved structural detail of the cytoplasmic gating mechanism of the Na/K-ATPase. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8d3y.cif.gz | 230.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8d3y.ent.gz | 183.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8d3y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/8d3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/8d3y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 27168MC 8d3uC 8d3vC 8d3wC 8d3xC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 111725.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP1A3 発現宿主: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他) 参照: UniProt: P13637, Na+/K+-exchanging ATPase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 35108.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP1B1, ATP1B 発現宿主: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他) 参照: UniProt: P05026 |
#3: タンパク質 | 分子量: 10855.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FXYD6, UNQ521/PRO1056 発現宿主: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他) 参照: UniProt: Q9H0Q3 |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Na+/K+-ATPase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1600 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1559941 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84639 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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