PDB-8d3t: Crystal structure of GalS1 from Populus trichocarpas

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d3t

タイトル

Crystal structure of GalS1 from Populus trichocarpas

要素

Galactan synthase

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase galactan synthase

機能・相同性

Glycosyltransferase family 92 / Glycosyltransferase family 92 / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / membrane / Glycosyltransferase family 92 protein

機能・相同性情報

生物種

Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / Prabhakar, P.K. / Urbanowicz, B.R. / Adams, P.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical insight into a modular beta-1,4-galactan synthase in plants.
著者: Prabhakar, P.K. / Pereira, J.H. / Taujale, R. / Shao, W. / Bharadwaj, V.S. / Chapla, D. / Yang, J.Y. / Bomble, Y.J. / Moremen, K.W. / Kannan, N. / Hammel, M. / Adams, P.D. / Scheller, H.V. / Urbanowicz, B.R.

履歴

登録	2022年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8d3t.ent.gz	816.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8d3t_validation.pdf.gz	6.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d3t_full_validation.pdf.gz	6.9 MB	表示
XML形式データ	8d3t_validation.xml.gz	64.1 KB	表示
CIF形式データ	8d3t_validation.cif.gz	88.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/8d3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/8d3t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8d3zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galactan synthase

B: Galactan synthase

C: Galactan synthase

D: Galactan synthase

ヘテロ分子

206 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Galactan synthase

B: Galactan synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
103 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Galactan synthase

D: Galactan synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.398, 83.422, 94.689
Angle α, β, γ (deg.)	76.160, 69.670, 88.570
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 582分子 ABCD

#1: タンパク質	Galactan synthase 分子量: 48845.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2K2AMS7, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
糖 , 4種, 26分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1276.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 10 % PEG 6,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→80.84 Å / Num. obs: 78131 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 36.67 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 7.18
反射シェル	解像度: 2.37→2.45 Å / R_merge(I) obs: 1.036 / Num. unique obs: 7586 / CC_1/2: 0.506

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.37→80.84 Å / SU ML: 0.3352 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 26.3172
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2521	4011	5.14 %
R_work	0.1947	74073	-
obs	0.1976	78084	98.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→80.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12933	0	699	578	14210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	14039
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5724	19063
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0535	2062
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	2396
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.2383	2205

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.37-2.4	0.3225	150	0.2995	2316	X-RAY DIFFRACTION	89.12
2.4-2.43	0.3584	115	0.3021	2566	X-RAY DIFFRACTION	97.24
2.43-2.46	0.357	135	0.283	2548	X-RAY DIFFRACTION	97.81
2.46-2.49	0.3509	138	0.282	2524	X-RAY DIFFRACTION	97.69
2.49-2.52	0.3251	135	0.2601	2565	X-RAY DIFFRACTION	97.76
2.52-2.56	0.2852	126	0.2433	2522	X-RAY DIFFRACTION	97.78
2.56-2.6	0.3235	128	0.2433	2573	X-RAY DIFFRACTION	97.58
2.6-2.64	0.2769	129	0.2351	2550	X-RAY DIFFRACTION	98.13
2.64-2.68	0.2986	149	0.2348	2575	X-RAY DIFFRACTION	98.02
2.68-2.73	0.3066	124	0.2367	2514	X-RAY DIFFRACTION	98.1
2.73-2.78	0.3126	148	0.2393	2554	X-RAY DIFFRACTION	98.15
2.78-2.83	0.3042	151	0.2385	2565	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.83-2.89	0.2756	137	0.2432	2545	X-RAY DIFFRACTION	98.31
2.89-2.95	0.2789	132	0.2399	2553	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.95-3.02	0.3274	127	0.232	2562	X-RAY DIFFRACTION	98.39
3.02-3.1	0.2777	150	0.2219	2579	X-RAY DIFFRACTION	98.52
3.1-3.18	0.2717	133	0.206	2583	X-RAY DIFFRACTION	98.58
3.18-3.27	0.2502	135	0.1898	2542	X-RAY DIFFRACTION	98.67
3.27-3.38	0.2527	142	0.192	2565	X-RAY DIFFRACTION	98.54
3.38-3.5	0.2546	143	0.1891	2574	X-RAY DIFFRACTION	98.76
3.5-3.64	0.2573	170	0.184	2543	X-RAY DIFFRACTION	98.87
3.64-3.81	0.2302	143	0.1735	2572	X-RAY DIFFRACTION	98.98
3.81-4.01	0.2403	143	0.1584	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.05
4.01-4.26	0.1881	122	0.1517	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.13
4.26-4.59	0.1901	122	0.1366	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.05
4.59-5.05	0.1865	142	0.1354	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.38
5.05-5.78	0.182	142	0.1599	2564	X-RAY DIFFRACTION	99.3
5.78-7.28	0.2523	152	0.1922	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.67
7.28-80.84	0.2568	148	0.2028	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.31

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.07701841452	-0.187930197114	-0.840392532519	0.753274724941	-0.0863166319171	2.42164276359	0.109539707092	-0.00819574923252	-0.700093508913	-0.119741040559	-0.104359856837	0.0558817504706	0.859162292827	0.0335478166268	0.0359576559676	0.484477613924	-0.0143788971705	-0.0879948707923	0.217371119838	0.000827824983455	0.575082596839	4.697	-26.505	-27.42
2	1.39463997215	-0.488539458081	0.31491825705	2.77552316773	-0.926264202952	1.29800651904	0.118403044354	0.245181671215	-0.182025596695	-0.38072551131	-0.143352243354	-0.137187852294	0.23438458535	0.216014186848	0.0319313191101	0.258091081266	0.0140358172699	-0.00495001375741	0.290791562884	-0.0275434024113	0.184381814318	4.431	-2.781	-44.778
3	3.8861553288	0.969826268212	0.753735402167	5.81503145951	2.35608308839	5.80923158406	0.0910993215874	0.239410660541	0.232677198697	-0.082967894769	-0.12881979549	-0.14981015836	-0.108221124717	0.416064051584	-0.000890155360549	0.184374752465	0.00640524151074	-0.0205313593639	0.273552402632	0.0943175514359	0.219489349208	3.145	17.36	-46.036
4	0.74540460498	-0.115000509937	-1.89356963963	0.665971961223	-0.19209371762	5.08124476388	0.0610779894656	0.0562003993647	0.145423874415	-0.057334729321	-0.00405567431944	0.0879745467413	-0.115007072202	-0.365748325982	-0.0879063648359	0.199217467093	-0.0568891121543	-0.0546561804416	0.290821656404	0.0515962914888	0.39234112009	-9.154	-13.04	-6.582
5	4.77913566223	-1.03691317633	-2.49121513237	1.49620619287	0.963046642019	3.86576733534	-0.053495424192	0.372511067557	0.487885165088	-0.212146014573	0.0573928059819	-0.106650954917	-0.171635986316	-0.3411832605	0.0423763404599	0.269816604862	-0.0746756613196	-0.0684756478873	0.265356352369	0.0847904117688	0.35186164786	-8.539	-11.817	-0.851
6	2.34896301607	-0.623477222165	0.942627858827	0.565805384863	-0.453009602316	1.63559617229	-0.0340824379056	-0.201976650769	-0.0149234160776	-0.0188073859006	0.0855795299894	0.150934597316	0.194296834257	-0.233049146485	-0.0349343118428	0.217282702706	-0.0711108462195	0.00136115645142	0.314658925584	0.0857542080693	0.29855780287	1.741	-25.827	13.827
7	3.53536368658	-1.80232119513	1.45155622539	1.80379475843	-0.0896618470623	1.16975009245	-0.116909986838	-0.0919281562738	0.495113202092	-0.0363084683883	-0.0871957518653	-0.325160778291	-0.0100429733303	0.202500063512	0.208755202608	0.287119890531	-0.0439736119935	0.0154020544452	0.400258869292	0.112059909929	0.302934299631	21.031	-22.453	21.242
8	2.00173934141	-1.22046634167	-1.02158228371	2.07200027446	0.667667429479	2.22803372384	-0.210343515407	-0.501468932266	0.0584430473572	0.525916217493	0.288694796208	-0.317643530744	0.136237819876	0.177196588216	-0.0922643345473	0.286312944741	-0.0107763643195	-0.0749960191281	0.331902069905	-0.00563083783325	0.267083513589	17.199	5.913	3.667
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12	2.27396750555	0.745561249068	-0.155104449005	3.29797614399	-1.12890030539	1.83361911702	-0.117269792482	-0.0763398422725	-0.281283260582	-0.356403656972	0.0562725937521	0.0973311344639	0.323223940778	-0.0275837317328	0.0605743889557	0.337733160845	0.0273863193567	0.0174443793225	0.185312909773	0.00554776745327	0.310118291131	33.239	-35.954	-11.033

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 26:136 )	A	26 - 136
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 137:365 )	A	137 - 365
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 366:418 )	A	366 - 418
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 25:91 )	B	25 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 92:135 )	B	92 - 135
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 136:262 )	B	136 - 262
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 263:418 )	B	263 - 418
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 25:136 )	C	25 - 136
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 137:365 )	C	137 - 365
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 366:418 )	C	366 - 418
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN D AND RESID 27:154 )	D	27 - 154
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 155:418 )	D	155 - 418

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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