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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d3k | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human Apoptosis-Inducing Factor (AIF) complexed with 8-fluoro-2-methylquinolin-4-amine | ||||||||||||
![]() | (Apoptosis-inducing factor 1, ...) x 2 | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / mitochondrial import / oxidative phosphorylation / SAXS | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; その他が電子受容体 / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / protein import into mitochondrial intermembrane space / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / chromosome condensation / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H ...酸化還元酵素; その他が電子受容体 / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / protein import into mitochondrial intermembrane space / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / chromosome condensation / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / response to L-glutamate / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to nitric oxide / FAD binding / cellular response to estradiol stimulus / response to ischemia / mitochondrial intermembrane space / neuron differentiation / response to toxic substance / cellular response to hydrogen peroxide / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / neuron apoptotic process / mitochondrial inner membrane / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / DNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Brosey, C.A. / Tainer, J.A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Chemical screening by time-resolved X-ray scattering to discover allosteric probes. 著者: Brosey, C.A. / Link, T.M. / Shen, R. / Moiani, D. / Burnett, K. / Hura, G.L. / Jones, D.E. / Tainer, J.A. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 601.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 411.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8d3eC ![]() 8d3gC ![]() 8d3hC ![]() 8d3iC ![]() 8d3jC ![]() 8d3nC ![]() 8d3oC ![]() 4bv6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.530070383182, -0.845638696056, -0.0626145718284), (-0.847649611898, 0.530410951393, 0.0124240931509), (0.0227051606828, 0.0596608613267, -0.997960448767)ベクター: ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.530070383182, -0.845638696056, -0.0626145718284), ベクター: |
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要素
-Apoptosis-inducing factor 1, ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 59502.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素; その他が電子受容体 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 59486.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素; その他が電子受容体 |
-非ポリマー , 5種, 255分子 ![](data/chem/img/QC6.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.36 M Li2SO4, 25-26% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→124.12 Å / Num. obs: 58766 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 42.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 21.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4468 / CC1/2: 0.939 / Rpim(I) all: 0.199 / Rrim(I) all: 0.735 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4BV6 解像度: 2.3→71.55 Å / SU ML: 0.2383 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4856 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→71.55 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.888377043016 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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