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- PDB-8d3b: Hexameric HIV-1 (M-group) Q50Y/R120 mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d3b
タイトルHexameric HIV-1 (M-group) Q50Y/R120 mutant
要素Capsid protein p24
キーワードVIRAL PROTEIN / Capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal ...Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Jacques, D.A. / Govasli, M.L. / Pinotsis, N. / James, L.C.
資金援助 オーストラリア, 英国, European Union, 6件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP180101384 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1158338 オーストラリア
Wellcome Trust214344/Z/18/Z 英国
Wellcome Trust108183 英国
Wellcome Trust220863 英国
European Research Council (ERC)339223European Union
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Evasion of cGAS and TRIM5 defines pandemic HIV.
著者: Zuliani-Alvarez, L. / Govasli, M.L. / Rasaiyaah, J. / Monit, C. / Perry, S.O. / Sumner, R.P. / McAlpine-Scott, S. / Dickson, C. / Rifat Faysal, K.M. / Hilditch, L. / Miles, R.J. / Bibollet- ...著者: Zuliani-Alvarez, L. / Govasli, M.L. / Rasaiyaah, J. / Monit, C. / Perry, S.O. / Sumner, R.P. / McAlpine-Scott, S. / Dickson, C. / Rifat Faysal, K.M. / Hilditch, L. / Miles, R.J. / Bibollet-Ruche, F. / Hahn, B.H. / Boecking, T. / Pinotsis, N. / James, L.C. / Jacques, D.A. / Towers, G.J.
履歴
登録2022年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
B: Capsid protein p24
C: Capsid protein p24
D: Capsid protein p24
E: Capsid protein p24
F: Capsid protein p24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,9216
ポリマ－153,9216
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13680 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area55590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.920, 157.310, 120.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.280, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROVALVAL(chain 'A' and (resid 1 through 25 or resid 27...AA1 - 241 - 24
12VALVALPROPRO(chain 'A' and (resid 1 through 25 or resid 27...AA27 - 3427 - 34
13METMETARGARG(chain 'A' and (resid 1 through 25 or resid 27...AA39 - 8239 - 82
14METMETTRPTRP(chain 'A' and (resid 1 through 25 or resid 27...AA96 - 11796 - 117
15PROPROTHRTHR(chain 'A' and (resid 1 through 25 or resid 27...AA124 - 149124 - 149
16LEULEUGLNGLN(chain 'A' and (resid 1 through 25 or resid 27...AA152 - 156152 - 156
17LYSLYSALAALA(chain 'A' and (resid 1 through 25 or resid 27...AA159 - 175159 - 175
18THRTHRALAALA(chain 'A' and (resid 1 through 25 or resid 27...AA189 - 195189 - 195
19LYSLYSGLUGLU(chain 'A' and (resid 1 through 25 or resid 27...AA200 - 213200 - 213
110METMETCYSCYS(chain 'A' and (resid 1 through 25 or resid 27...AA216 - 219216 - 219
21PROPROVALVAL(chain 'B' and (resid 1 through 25 or resid 27...BB1 - 241 - 24
22VALVALPROPRO(chain 'B' and (resid 1 through 25 or resid 27...BB27 - 3427 - 34
23METMETARGARG(chain 'B' and (resid 1 through 25 or resid 27...BB39 - 8239 - 82
24METMETTRPTRP(chain 'B' and (resid 1 through 25 or resid 27...BB96 - 11796 - 117
25PROPROTHRTHR(chain 'B' and (resid 1 through 25 or resid 27...BB124 - 149124 - 149
26LEULEUGLNGLN(chain 'B' and (resid 1 through 25 or resid 27...BB152 - 156152 - 156
27LYSLYSALAALA(chain 'B' and (resid 1 through 25 or resid 27...BB159 - 175159 - 175
28THRTHRALAALA(chain 'B' and (resid 1 through 25 or resid 27...BB189 - 195189 - 195
29LYSLYSGLUGLU(chain 'B' and (resid 1 through 25 or resid 27...BB200 - 213200 - 213
210METMETCYSCYS(chain 'B' and (resid 1 through 25 or resid 27...BB216 - 219216 - 219
31PROPROVALVAL(chain 'C' and (resid 1 through 25 or resid 27...CC1 - 241 - 24
32VALVALPROPRO(chain 'C' and (resid 1 through 25 or resid 27...CC27 - 3427 - 34
33METMETARGARG(chain 'C' and (resid 1 through 25 or resid 27...CC39 - 8239 - 82
34METMETTRPTRP(chain 'C' and (resid 1 through 25 or resid 27...CC96 - 11796 - 117
35PROPROTHRTHR(chain 'C' and (resid 1 through 25 or resid 27...CC124 - 149124 - 149
36LEULEUGLNGLN(chain 'C' and (resid 1 through 25 or resid 27...CC152 - 156152 - 156
37LYSLYSALAALA(chain 'C' and (resid 1 through 25 or resid 27...CC159 - 175159 - 175
38THRTHRALAALA(chain 'C' and (resid 1 through 25 or resid 27...CC189 - 195189 - 195
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310METMETCYSCYS(chain 'C' and (resid 1 through 25 or resid 27...CC216 - 219216 - 219
41PROPROVALVAL(chain 'D' and (resid 1 through 25 or resid 27...DD1 - 241 - 24
42VALVALPROPRO(chain 'D' and (resid 1 through 25 or resid 27...DD27 - 3427 - 34
43METMETARGARG(chain 'D' and (resid 1 through 25 or resid 27...DD39 - 8239 - 82
44METMETTRPTRP(chain 'D' and (resid 1 through 25 or resid 27...DD96 - 11796 - 117
45PROPROTHRTHR(chain 'D' and (resid 1 through 25 or resid 27...DD124 - 149124 - 149
46LEULEUGLNGLN(chain 'D' and (resid 1 through 25 or resid 27...DD152 - 156152 - 156
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48THRTHRALAALA(chain 'D' and (resid 1 through 25 or resid 27...DD189 - 195189 - 195
49LYSLYSGLUGLU(chain 'D' and (resid 1 through 25 or resid 27...DD200 - 213200 - 213
410METMETCYSCYS(chain 'D' and (resid 1 through 25 or resid 27...DD216 - 219216 - 219
51PROPROVALVAL(chain 'E' and (resid 1 through 25 or resid 27...EE1 - 241 - 24
52VALVALPROPRO(chain 'E' and (resid 1 through 25 or resid 27...EE27 - 3427 - 34
53METMETARGARG(chain 'E' and (resid 1 through 25 or resid 27...EE39 - 8239 - 82
54METMETTRPTRP(chain 'E' and (resid 1 through 25 or resid 27...EE96 - 11796 - 117
55PROPROTHRTHR(chain 'E' and (resid 1 through 25 or resid 27...EE124 - 149124 - 149
56LEULEUGLNGLN(chain 'E' and (resid 1 through 25 or resid 27...EE152 - 156152 - 156
57LYSLYSALAALA(chain 'E' and (resid 1 through 25 or resid 27...EE159 - 175159 - 175
58THRTHRALAALA(chain 'E' and (resid 1 through 25 or resid 27...EE189 - 195189 - 195
59LYSLYSGLUGLU(chain 'E' and (resid 1 through 25 or resid 27...EE200 - 213200 - 213
510METMETCYSCYS(chain 'E' and (resid 1 through 25 or resid 27...EE216 - 219216 - 219
61PROPROVALVAL(chain 'F' and (resid 1 through 25 or resid 27...FF1 - 241 - 24
62VALVALPROPRO(chain 'F' and (resid 1 through 25 or resid 27...FF27 - 3427 - 34
63METMETARGARG(chain 'F' and (resid 1 through 25 or resid 27...FF39 - 8239 - 82
64METMETTRPTRP(chain 'F' and (resid 1 through 25 or resid 27...FF96 - 11796 - 117
65PROPROTHRTHR(chain 'F' and (resid 1 through 25 or resid 27...FF124 - 149124 - 149
66LEULEUGLNGLN(chain 'F' and (resid 1 through 25 or resid 27...FF152 - 156152 - 156
67LYSLYSALAALA(chain 'F' and (resid 1 through 25 or resid 27...FF159 - 175159 - 175
68THRTHRALAALA(chain 'F' and (resid 1 through 25 or resid 27...FF189 - 195189 - 195
69LYSLYSGLUGLU(chain 'F' and (resid 1 through 25 or resid 27...FF200 - 213200 - 213
610METMETCYSCYS(chain 'F' and (resid 1 through 25 or resid 27...FF216 - 219216 - 219

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein p24


分子量: 25653.512 Da / 分子数: 6 / 変異: Q50Y, R120(insertion), A14C, E45C, W185A, M186A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG550MME, 0.1M TRIS (pH 8.0), 0.15M KSCN, 10mM ATP, 3% EtOH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→76.01 Å / Num. obs: 24392 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.123 / Rrim(I) all: 0.229 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 80466 / Scaling rejects: 71
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.29-3.523.20.5951393143660.8130.3820.71299
9.32-76.013.30.06361811040.9780.0410.07312.499.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.58 Å76.01 Å
Translation7.58 Å76.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.7データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7T13

7t13


解像度: 3.3→64.92 Å / SU ML: 0.4288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.0989 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 1222 5.03 %
Rwork0.239 23049 -
obs0.2408 24271 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→64.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9029 0 0 0 9029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00199277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.394812612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03431441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041610
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d1.31337812
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.430.31061510.27712553X-RAY DIFFRACTION99.82
3.43-3.590.30881430.25272545X-RAY DIFFRACTION99.7
3.59-3.780.30441250.25972554X-RAY DIFFRACTION99.67
3.78-4.010.28381150.23432560X-RAY DIFFRACTION99.37
4.01-4.320.29611300.23592565X-RAY DIFFRACTION99.41
4.32-4.760.25291160.22812561X-RAY DIFFRACTION99.59
4.76-5.450.28421220.22282570X-RAY DIFFRACTION100
5.45-6.860.30311450.25212580X-RAY DIFFRACTION100
6.86-64.920.22231750.22272561X-RAY DIFFRACTION99.38

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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