+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8d34 | ||||||
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Title | Crystal Structure of SARS CoV-2 NSP15 Endroribonuclease H250A | ||||||
Components | Uridylate-specific endoribonuclease nsp15 | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / VIRAL PROTEIN / LYASE / Uridylate / Specific / Endoribonuclease / Mutant / SARS-CoV2 | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.91 Å | ||||||
Authors | Farraj, R.A. / Edwards, R.A. / Glover, J.N.M. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of SARS CoV-2 NSP15 Endroribonuclease H250A Authors: Farraj, R.A. / Edwards, R.A. / Glover, J.N.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8d34.cif.gz | 289.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8d34.ent.gz | 235.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8d34.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8d34_validation.pdf.gz | 441.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8d34_full_validation.pdf.gz | 450.8 KB | Display | |
Data in XML | 8d34_validation.xml.gz | 24 KB | Display | |
Data in CIF | 8d34_validation.cif.gz | 32.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/8d34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/8d34 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6vwwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 0 - 347 / Label seq-ID: 26 - 373
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.871987009067, 0.488936147831, 0.0240852519866), (0.489072098703, -0.87224331654, 0.000281109569359), (0.0211456447024, 0.0115343008442, -0.999709868719)Vector: -31. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.871987009067, 0.488936147831, 0.0240852519866), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 41821.375 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: H250A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: rep, 1a-1b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P0DTD1, Lyases; Phosphorus-oxygen lyases |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.4 Å3/Da / Density % sol: 72.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M Calcium Acetate, 0.1 M Imidazole pH 8, 10% (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54178 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / Detector: PIXEL / Date: Nov 26, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.91→50 Å / Num. obs: 32039 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 15.9 % / Rmerge(I) obs: 0.262 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.27 / Χ2: 1.276 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 510947 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6VWW Resolution: 2.91→38.13 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 320.17 / Phase error: 30.71 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 266.97 Å2 / Biso mean: 71.0415 Å2 / Biso min: 15.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.91→38.13 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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