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万見
- PDB-8d30: Crystal structure of the human COPB2 WD-domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d30
タイトルCrystal structure of the human COPB2 WD-domains
要素Coatomer subunit beta'
キーワードTRANSPORT PROTEIN / WD-repeat / WDR / COPB2 / coatomer subunit beta / SGC / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / ER-Golgi transport
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / intracellular protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane ...COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / intracellular protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / : / COPA/B second beta-propeller / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. ...Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / : / COPA/B second beta-propeller / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zeng, H. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the human COPB2 WD-domains
著者: Zeng, H. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2022年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coatomer subunit beta'
B: Coatomer subunit beta'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,0683
ポリマ－140,0062
非ポリマー621
水1,44180
1
A: Coatomer subunit beta'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0652
ポリマ－70,0031
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Coatomer subunit beta'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0031
ポリマ－70,0031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.074, 134.062, 144.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Coatomer subunit beta' / Beta'-coat protein / Beta'-COP / p102


分子量: 70003.141 Da / 分子数: 2 / 断片: COPB2 WD-domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPB2 / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35606
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 % / Mosaicity: 0.407 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20%(w/v) PEG 3350, 0.05M Magnesium Formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 51291 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 62.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.173 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 288205
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.444.81.00524390.4960.4861.1230.92897.1
2.44-2.495.60.92225820.6040.4221.0170.94199.6
2.49-2.535.90.8425390.6950.3750.9220.937100
2.53-2.595.90.72425660.7630.3240.7950.963100
2.59-2.645.90.6125180.8290.2720.6690.989100
2.64-2.75.90.47625900.8820.2130.5231.00799.9
2.7-2.775.80.37925390.9180.1710.4171.0299.9
2.77-2.855.80.32625590.9380.1470.3591.05499.8
2.85-2.935.80.25425530.9640.1150.2791.05699.6
2.93-3.025.70.20425660.9750.0930.2251.09899.9
3.02-3.135.60.15525730.9840.0710.1711.12899.8
3.13-3.265.50.11625710.9890.0530.1281.17799.8
3.26-3.415.30.09325530.9910.0440.1041.3199.1
3.41-3.584.90.07524800.9940.0370.0851.39195.9
3.58-3.815.60.06825420.9950.0310.0751.35698
3.81-4.160.05825820.9960.0260.0641.46699.2
4.1-4.525.90.04925950.9970.0220.0541.47799
4.52-5.175.80.04426190.9970.020.0491.39399
5.17-6.515.40.04526180.9980.0210.051.38998.4
6.51-505.40.03927070.9970.0180.0431.38996.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NZR

5nzr


解像度: 2.4→49.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU R Cruickshank DPI: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.365 / SU Rfree Blow DPI: 0.238 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.243
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2516 4.91 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.221 51241 98.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 179.31 Å2 / Biso mean: 61.26 Å2 / Biso min: 22.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0258 Å20 Å20 Å2
2--1.002 Å20 Å2
3----5.0278 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→49.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8454 0 4 80 8538
Biso mean--56.74 50.44 -
残基数----1136
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2735SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1479HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8689HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1181SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9210SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8689HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11855HARMONIC21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.35
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.42 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4594 51 4.98 %
Rwork0.2627 974 -
all0.2714 1025 -
obs--83.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.78390.8993-0.29391.086-0.08140.34170.1406-0.3039-0.10740.0719-0.1693-0.0390.05230.07570.0287-0.0693-0.0092-0.0441-0.01620.0268-0.1862-31.7612-27.313825.9353
24.40573.0718-2.7212.4855-1.82762.12320.05160.32580.6175-0.11270.21370.3516-0.0426-0.0701-0.2653-0.31390.0206-0.0523-0.27880.0848-0.1206-17.34798.9479-0.3919
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 588
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 588

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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