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- PDB-8d2z: Crystal Structure of a Metallo-beta-lactamase superfamily protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d2z
タイトルCrystal Structure of a Metallo-beta-lactamase superfamily protein from Burkholderia cenocepacia
要素Metallo-beta-lactamase superfamily protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SSGCID / Burkholderia cenocepacia / metallo-beta-lactamase superfamily protein / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / OXAMIC ACID / Metallo-beta-lactamase superfamily protein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Metallo-beta-lactamase superfamily protein from Burkholderia cenocepacia
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2022年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase superfamily protein
B: Metallo-beta-lactamase superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,09510
ポリマ－72,4792
非ポリマー6168
水8,899494
1
A: Metallo-beta-lactamase superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5836
ポリマ－36,2391
非ポリマー3445
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5124
ポリマ－36,2391
非ポリマー2733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.160, 89.390, 121.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase superfamily protein


分子量: 36239.277 Da / 分子数: 2 / 断片: BuceA.12746.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAM1430 / プラスミド: BuceA.12746.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EIY5

-
非ポリマー , 6種, 502分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸 / Oxamic acid


分子量: 89.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MolecularDimensions/Calibre Morpheus screen, condition G12: 12.5% (V/V) PEG 1000, 12.5% (w/V) PEG 3350, 12.5% (V/V) MPD: 20mM of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, ...詳細: MolecularDimensions/Calibre Morpheus screen, condition G12: 12.5% (V/V) PEG 1000, 12.5% (w/V) PEG 3350, 12.5% (V/V) MPD: 20mM of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium L-tartrate, sodium oxamate: 100mM bicine/ trizma base pH 8.5: BuceA.12746.a.B1.PS02032 at 40mg/ml: tray: 321581 g12: cryo: direct: puck kuz4-9.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月3日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 54854 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.854 % / Biso Wilson estimate: 35.182 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.948 / Net I/σ(I): 20.95
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.94.2820.646239880.7330.73999.3
1.9-1.955.2360.4793.1639000.8820.53499.9
1.95-2.016.6210.3854.6437820.9360.417100
2.01-2.077.3880.3046.3137020.9670.327100
2.07-2.147.3970.2398.0236030.980.257100
2.14-2.217.4030.18810.2634530.9860.202100
2.21-2.297.3840.14113.5233520.9920.151100
2.29-2.397.3790.11915.6332110.9950.128100
2.39-2.497.3680.118.3731120.9960.108100
2.49-2.627.3610.08621.0329680.9970.093100
2.62-2.767.3210.07224.9428480.9970.078100
2.76-2.937.2960.05929.5326930.9980.064100
2.93-3.137.2650.04835.4625210.9990.052100
3.13-3.387.1680.0440.623640.9990.043100
3.38-3.77.1110.03446.4221810.9990.037100
3.7-4.147.0490.03149.7319950.9990.034100
4.14-4.787.0220.02752.5317580.9990.029100
4.78-5.856.9320.02652.54153010.028100
5.85-8.276.8150.02652.1111960.9990.028100
8.27-506.0830.02353.016970.9990.02598.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2 model obtained from the Moonbear server

解像度: 1.85→35.44 Å / SU ML: 0.1676 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.2498
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 2082 3.8 %0
Rwork0.1513 52760 --
obs0.1525 54842 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4678 0 32 494 5204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00844917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94956705
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0576758
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079864
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.96651774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.890.24251330.20823429X-RAY DIFFRACTION99.22
1.89-1.940.22151360.19343499X-RAY DIFFRACTION99.89
1.94-1.990.23141400.18913440X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.050.23051460.16773468X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.120.17091340.16043478X-RAY DIFFRACTION99.97
2.12-2.190.20781370.15393499X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.280.18991340.15373476X-RAY DIFFRACTION99.97
2.28-2.380.2111350.15923500X-RAY DIFFRACTION99.97
2.39-2.510.19181540.16143484X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.670.21661450.16893510X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.870.20551270.16323528X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.160.19361390.15953541X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.620.15821360.13613562X-RAY DIFFRACTION100
3.62-4.560.16571350.1273598X-RAY DIFFRACTION100
4.56-35.440.15131510.1453748X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.25342539475-0.6037226671-0.9713518650331.42642984159-1.148989370943.56861917326-0.04164037680970.174369705315-0.0883665800871-0.25686407884-0.0613779997141-0.03608941940680.1522187305880.07785520416750.1066576850130.223009725973-0.02906702384760.03099942502090.197382784561-0.04722784001560.21106343754438.333890931321.999143392926.8189807643
22.779524241820.934562343978-0.5684570530872.144371279780.1066132888281.86419335987-0.0938773406287-0.156630290335-0.386049193955-0.01516956131160.0021686578964-0.024086370130.1986478963020.07768271890420.09111346692310.1392742122550.007230919774990.007789823319270.1777400238230.02743917890310.17977384814733.556982999718.240255963639.727188308
34.19099918391.7179145697-0.02536425272921.59383935834-0.1053888580660.652501279889-0.09237493033930.1646111788550.17373544177-0.1405822085890.09405505590120.201804401518-0.0841055016267-0.131730717744-0.0005132376665550.215207014964-0.00240457617073-0.008466815091150.193549568512-0.01653083625230.19705044572818.05116534327.593551697129.7693114145
41.86372294763-0.3749018577-0.3544169053422.21766940701-2.107753879274.38329132779-0.0182084556579-0.125951722569-0.0817415636936-0.1116600249980.07831476982180.1840719038580.487623180112-0.119685295081-0.09453523355550.196747122149-0.053855750116-0.01815321360060.226253037659-0.02308951111230.21072890393311.578794569113.116887687935.7594440049
52.824590494470.737218400323-1.693038337852.063095731131.111231586024.34272769639-0.06293301819490.112221875939-0.0110770867975-0.381970931267-0.05298920829090.5635478792470.0751765411421-0.4919469983810.07082324543850.178881140494-0.0191730812037-0.08436778625080.223906015762-0.01379793541830.2964990279593.20212765515-11.55120436134.41522627966
61.49065481063-0.452821605416-0.1457426828263.914745808230.4663314904741.81300997098-0.0273862522337-0.02753512352740.0851802041527-0.0372489280671-0.003099930722450.412556488003-0.145518235223-0.1889238380670.01917261121610.162770056270.0249817576313-0.009135593603190.1885423722290.01624703126910.156411637868.50009176701-0.35589936817414.0387130579
70.8929990785180.305291624738-0.1536915302573.117178435030.0723272070691.0427021328-0.0555570318170.1025646234830.0350903623872-0.1896020461740.02426146414720.0185220030429-0.1061515615730.1179341106120.02803423017850.188578098947-0.0211037273454-0.01751137846130.211153563415-0.006596654668370.13952081371319.03463420560.384001774039-1.36255601639
81.27448034978-0.54948860929-0.4948088541151.401106179410.05189237518034.68916496680.05128653040940.05832225048410.284301683285-0.1650441271020.01385485551340.0793469544697-0.840987708104-0.245110041145-0.05845893668090.410377424747-0.0262100225951-0.02155833567550.241129239590.01355209544790.2640698268814.759226441919.73878949160.295338132774
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 14 through 85 )AA14 - 851 - 72
22chain 'A' and (resid 86 through 152 )AA86 - 15273 - 139
33chain 'A' and (resid 153 through 275 )AA153 - 275140 - 262
44chain 'A' and (resid 276 through 319 )AA276 - 319263 - 306
55chain 'B' and (resid 15 through 76 )BG15 - 761 - 62
66chain 'B' and (resid 77 through 152 )BG77 - 15263 - 138
77chain 'B' and (resid 153 through 255 )BG153 - 255139 - 241
88chain 'B' and (resid 256 through 318 )BG256 - 318242 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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