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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d2z | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Metallo-beta-lactamase superfamily protein from Burkholderia cenocepacia | ||||||
要素 | Metallo-beta-lactamase superfamily protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / SSGCID / Burkholderia cenocepacia / metallo-beta-lactamase superfamily protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / OXAMIC ACID / Metallo-beta-lactamase superfamily protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Burkholderia cenocepacia (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal Structure of a Metallo-beta-lactamase superfamily protein from Burkholderia cenocepacia 著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8d2z.cif.gz | 312.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8d2z.ent.gz | 208.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8d2z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8d2z_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8d2z_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8d2z_validation.xml.gz | 27.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8d2z_validation.cif.gz | 41.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/8d2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/8d2z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36239.277 Da / 分子数: 2 / 断片: BuceA.12746.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: BCAM1430 / プラスミド: BuceA.12746.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EIY5 |
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-非ポリマー , 6種, 502分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MRD / ( | #6: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MolecularDimensions/Calibre Morpheus screen, condition G12: 12.5% (V/V) PEG 1000, 12.5% (w/V) PEG 3350, 12.5% (V/V) MPD: 20mM of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, ...詳細: MolecularDimensions/Calibre Morpheus screen, condition G12: 12.5% (V/V) PEG 1000, 12.5% (w/V) PEG 3350, 12.5% (V/V) MPD: 20mM of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium L-tartrate, sodium oxamate: 100mM bicine/ trizma base pH 8.5: BuceA.12746.a.B1.PS02032 at 40mg/ml: tray: 321581 g12: cryo: direct: puck kuz4-9. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月3日 / 詳細: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 54854 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.854 % / Biso Wilson estimate: 35.182 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.948 / Net I/σ(I): 20.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AlphaFold2 model obtained from the Moonbear server 解像度: 1.85→35.44 Å / SU ML: 0.1676 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.2498 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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