PDB-8d2z: Crystal Structure of a Metallo-beta-lactamase superfamily protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d2z

タイトル

Crystal Structure of a Metallo-beta-lactamase superfamily protein from Burkholderia cenocepacia

要素

Metallo-beta-lactamase superfamily protein

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / Burkholderia cenocepacia / metallo-beta-lactamase superfamily protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Metallo-beta-lactamase superfamily protein from Burkholderia cenocepacia
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8d2z.cif.gz	312.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8d2z.ent.gz	208.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8d2z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8d2z_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d2z_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8d2z_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	8d2z_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/8d2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/8d2z	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuceA.12746.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase superfamily protein

B: Metallo-beta-lactamase superfamily protein

ヘテロ分子

73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Metallo-beta-lactamase superfamily protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Metallo-beta-lactamase superfamily protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.160, 89.390, 121.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase superfamily protein 分子量: 36239.277 Da / 分子数: 2 / 断片: BuceA.12746.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: BCAM1430 / プラスミド: BuceA.12746.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EIY5

#1: タンパク質

Metallo-beta-lactamase superfamily protein

分子量: 36239.277 Da / 分子数: 2 / 断片: BuceA.12746.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAM1430 / プラスミド: BuceA.12746.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EIY5

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非ポリマー , 6種, 502分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸分子量: 89.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃NO₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MolecularDimensions/Calibre Morpheus screen, condition G12: 12.5% (V/V) PEG 1000, 12.5% (w/V) PEG 3350, 12.5% (V/V) MPD: 20mM of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, ...詳細: MolecularDimensions/Calibre Morpheus screen, condition G12: 12.5% (V/V) PEG 1000, 12.5% (w/V) PEG 3350, 12.5% (V/V) MPD: 20mM of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium L-tartrate, sodium oxamate: 100mM bicine/ trizma base pH 8.5: BuceA.12746.a.B1.PS02032 at 40mg/ml: tray: 321581 g12: cryo: direct: puck kuz4-9.

結晶

マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.8 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MolecularDimensions/Calibre Morpheus screen, condition G12: 12.5% (V/V) PEG 1000, 12.5% (w/V) PEG 3350, 12.5% (V/V) MPD: 20mM of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月3日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 54854 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.854 % / B_iso Wilson estimate: 35.182 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.948 / Net I/σ(I): 20.95

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9	4.282	0.646	2	3988	0.733	0.739	99.3
1.9-1.95	5.236	0.479	3.16	3900	0.882	0.534	99.9
1.95-2.01	6.621	0.385	4.64	3782	0.936	0.417	100
2.01-2.07	7.388	0.304	6.31	3702	0.967	0.327	100
2.07-2.14	7.397	0.239	8.02	3603	0.98	0.257	100
2.14-2.21	7.403	0.188	10.26	3453	0.986	0.202	100
2.21-2.29	7.384	0.141	13.52	3352	0.992	0.151	100
2.29-2.39	7.379	0.119	15.63	3211	0.995	0.128	100
2.39-2.49	7.368	0.1	18.37	3112	0.996	0.108	100
2.49-2.62	7.361	0.086	21.03	2968	0.997	0.093	100
2.62-2.76	7.321	0.072	24.94	2848	0.997	0.078	100
2.76-2.93	7.296	0.059	29.53	2693	0.998	0.064	100
2.93-3.13	7.265	0.048	35.46	2521	0.999	0.052	100
3.13-3.38	7.168	0.04	40.6	2364	0.999	0.043	100
3.38-3.7	7.111	0.034	46.42	2181	0.999	0.037	100
3.7-4.14	7.049	0.031	49.73	1995	0.999	0.034	100
4.14-4.78	7.022	0.027	52.53	1758	0.999	0.029	100
4.78-5.85	6.932	0.026	52.54	1530	1	0.028	100
5.85-8.27	6.815	0.026	52.11	1196	0.999	0.028	100
8.27-50	6.083	0.023	53.01	697	0.999	0.025	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2 model obtained from the Moonbear server

解像度: 1.85→35.44 Å / SU ML: 0.1676 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.2498
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.183	2082	3.8 %	0
R_work	0.1513	52760	-	-
obs	0.1525	54842	99.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4678	0	32	494	5204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	4917
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9495	6705
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0576	758
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	864
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9665	1774

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.89	0.2425	133	0.2082	3429	X-RAY DIFFRACTION	99.22
1.89-1.94	0.2215	136	0.1934	3499	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.94-1.99	0.2314	140	0.1891	3440	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.05	0.2305	146	0.1677	3468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.12	0.1709	134	0.1604	3478	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.12-2.19	0.2078	137	0.1539	3499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.28	0.1899	134	0.1537	3476	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.28-2.38	0.211	135	0.1592	3500	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.39-2.51	0.1918	154	0.1614	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.67	0.2166	145	0.1689	3510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.87	0.2055	127	0.1632	3528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.16	0.1936	139	0.1595	3541	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.62	0.1582	136	0.1361	3562	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-4.56	0.1657	135	0.127	3598	X-RAY DIFFRACTION	100
4.56-35.44	0.1513	151	0.145	3748	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.25342539475	-0.6037226671	-0.971351865033	1.42642984159	-1.14898937094	3.56861917326	-0.0416403768097	0.174369705315	-0.0883665800871	-0.25686407884	-0.0613779997141	-0.0360894194068	0.152218730588	0.0778552041675	0.106657685013	0.223009725973	-0.0290670238476	0.0309994250209	0.197382784561	-0.0472278400156	0.211063437544	38.3338909313	21.9991433929	26.8189807643
2	2.77952424182	0.934562343978	-0.568457053087	2.14437127978	0.106613288828	1.86419335987	-0.0938773406287	-0.156630290335	-0.386049193955	-0.0151695613116	0.0021686578964	-0.02408637013	0.198647896302	0.0776827189042	0.0911134669231	0.139274212255	0.00723091977499	0.00778982331927	0.177740023823	0.0274391789031	0.179773848147	33.5569829997	18.2402559636	39.727188308
3	4.1909991839	1.7179145697	-0.0253642527292	1.59383935834	-0.105388858066	0.652501279889	-0.0923749303393	0.164611178855	0.17373544177	-0.140582208589	0.0940550559012	0.201804401518	-0.0841055016267	-0.131730717744	-0.000513237666555	0.215207014964	-0.00240457617073	-0.00846681509115	0.193549568512	-0.0165308362523	0.197050445728	18.051165343	27.5935516971	29.7693114145
4	1.86372294763	-0.3749018577	-0.354416905342	2.21766940701	-2.10775387927	4.38329132779	-0.0182084556579	-0.125951722569	-0.0817415636936	-0.111660024998	0.0783147698218	0.184071903858	0.487623180112	-0.119685295081	-0.0945352335555	0.196747122149	-0.053855750116	-0.0181532136006	0.226253037659	-0.0230895111123	0.210728903933	11.5787945691	13.1168876879	35.7594440049
5	2.82459049447	0.737218400323	-1.69303833785	2.06309573113	1.11123158602	4.34272769639	-0.0629330181949	0.112221875939	-0.0110770867975	-0.381970931267	-0.0529892082909	0.563547879247	0.0751765411421	-0.491946998381	0.0708232454385	0.178881140494	-0.0191730812037	-0.0843677862508	0.223906015762	-0.0137979354183	0.296499027959	3.20212765515	-11.5512043613	4.41522627966
6	1.49065481063	-0.452821605416	-0.145742682826	3.91474580823	0.466331490474	1.81300997098	-0.0273862522337	-0.0275351235274	0.0851802041527	-0.0372489280671	-0.00309993072245	0.412556488003	-0.145518235223	-0.188923838067	0.0191726112161	0.16277005627	0.0249817576313	-0.00913559360319	0.188542372229	0.0162470312691	0.15641163786	8.50009176701	-0.355899368174	14.0387130579
7	0.892999078518	0.305291624738	-0.153691530257	3.11717843503	0.072327207069	1.0427021328	-0.055557031817	0.102564623483	0.0350903623872	-0.189602046174	0.0242614641472	0.0185220030429	-0.106151561573	0.117934110612	0.0280342301785	0.188578098947	-0.0211037273454	-0.0175113784613	0.211153563415	-0.00659665466837	0.139520813713	19.0346342056	0.384001774039	-1.36255601639
8	1.27448034978	-0.54948860929	-0.494808854115	1.40110617941	0.0518923751803	4.6891649668	0.0512865304094	0.0583222504841	0.284301683285	-0.165044127102	0.0138548555134	0.0793469544697	-0.840987708104	-0.245110041145	-0.0584589366809	0.410377424747	-0.0262100225951	-0.0215583356755	0.24112923959	0.0135520954479	0.26406982688	14.7592264419	19.7387894916	0.295338132774

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 14 through 85 )	A	A	14 - 85	1 - 72
2	2	chain 'A' and (resid 86 through 152 )	A	A	86 - 152	73 - 139
3	3	chain 'A' and (resid 153 through 275 )	A	A	153 - 275	140 - 262
4	4	chain 'A' and (resid 276 through 319 )	A	A	276 - 319	263 - 306
5	5	chain 'B' and (resid 15 through 76 )	B	G	15 - 76	1 - 62
6	6	chain 'B' and (resid 77 through 152 )	B	G	77 - 152	63 - 138
7	7	chain 'B' and (resid 153 through 255 )	B	G	153 - 255	139 - 241
8	8	chain 'B' and (resid 256 through 318 )	B	G	256 - 318	242 - 304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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