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- PDB-8d1x: Crystal Structure of aminopeptidase A from Neisseria gonorrhoeae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d1x
タイトルCrystal Structure of aminopeptidase A from Neisseria gonorrhoeae
要素Probable cytosol aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / SSGCID / aminopeptidase A / Neisseria gonorrhoeae / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial leucyl aminopeptidase / leucyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, N-terminal / Cytosol aminopeptidase family, N-terminal domain / Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Macro domain-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / D(-)-TARTARIC ACID / Probable cytosol aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae NCCP11945 (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of aminopeptidase A from Neisseria gonorrhoeae
著者: Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2022年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable cytosol aminopeptidase
B: Probable cytosol aminopeptidase
C: Probable cytosol aminopeptidase
D: Probable cytosol aminopeptidase
E: Probable cytosol aminopeptidase
F: Probable cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)308,33728
ポリマ－306,6586
非ポリマー1,67922
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.610, 93.250, 179.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.324, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 2 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 5 or (resid 6...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 2 through 44 or (resid 45...
d_4ens_1(chain "D" and ((resid 2 and (name N or name...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 2 through 8 or (resid 9...
d_6ens_1(chain "F" and ((resid 2 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLULEUA2 - 468
d_12ens_1MNMNB
d_13ens_1CLCLC
d_14ens_1TARTARD
d_21ens_1GLULEUF2 - 468
d_22ens_1MNMNG
d_23ens_1CLCLH
d_24ens_1TARTARI
d_31ens_1GLULEUK1 - 467
d_32ens_1MNMNL
d_33ens_1CLCLM
d_34ens_1TARTARN
d_41ens_1GLULEUO3 - 469
d_42ens_1MNMNP
d_43ens_1CLCLQ
d_44ens_1TARTARR
d_51ens_1GLULEUS2 - 468
d_52ens_1MNMNT
d_53ens_1CLCLU
d_54ens_1TARTARV
d_61ens_1GLULEUX3 - 469
d_62ens_1MNMNY
d_63ens_1CLCLZ
d_64ens_1TARTARAA

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.319910664122, 0.681252626283, -0.658446676781), (0.681437013485, -0.648286191278, -0.339659551391), (-0.658255849677, -0.340029224304, -0.671624421076)19.0089391026, 12.2127537664, 50.5390126903
2given(-0.0687647969063, 0.599281139256, 0.797579788384), (0.599069353461, -0.614478709282, 0.513353509371), (0.797738874852, 0.513106257974, -0.316756460988)-54.3536544894, -25.9301945754, 83.0005354728
3given(-0.14652535741, -0.705471303578, -0.693426679227), (-0.568204575048, 0.633836435377, -0.52478084386), (0.809736920568, 0.317114510889, -0.493725132491)-8.14561258114, 3.56281508579, 88.5495279101
4given(-0.141306239008, -0.565757153213, 0.812373922776), (-0.701935875971, 0.63591759686, 0.320772249469), (-0.698082067412, -0.524907280949, -0.486984366858)-70.8762167707, -36.0963134246, 39.5601922
5given(-0.96651085562, -0.00170563927684, -0.256620063058), (-0.0110432425374, -0.998775173333, 0.0482306948666), (-0.256388012129, 0.049449407759, 0.965308211562)-39.428155481, -26.0823079854, -4.47583507834

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Probable cytosol aminopeptidase / Leucine aminopeptidase / LAP / Leucyl aminopeptidase


分子量: 51109.688 Da / 分子数: 6 / 断片: NegoA.00799.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae NCCP11945 (淋菌)
株: NCCP11945 / 遺伝子: pepA, NGK_0283 / プラスミド: NegoA.00799.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B4RJ22, leucyl aminopeptidase, bacterial leucyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 5種, 430分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Molecular Dimensions / Calibre Morpheus screen, condition G6: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol: 20mM of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium L- ...詳細: Molecular Dimensions / Calibre Morpheus screen, condition G6: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol: 20mM of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium L-tartrate, sodium oxamate, 100mM MOPS/HEPES-Na pH 7.5: NegoA.00799.a.B1.PW37906 at 19mg/ml + 2mM MnCl2: tray 273710 g6: cryo: direct: puck ifb3-2.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月4日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 77236 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.263 % / Biso Wilson estimate: 43.878 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rrim(I) all: 0.139 / Χ2: 0.968 / Net I/σ(I): 9.61
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.8-2.874.3020.5512.5856670.8270.63100
2.87-2.954.2930.453.1155430.870.51599.9
2.95-3.044.2930.3683.8653880.90.421100
3.04-3.134.290.3214.3652530.9230.36799.9
3.13-3.234.2960.2565.350790.9490.29399.9
3.23-3.354.2890.2166.2749110.9610.247100
3.35-3.474.2910.1687.8547500.9750.19299.9
3.47-3.614.2850.1468.9445620.9790.16799.9
3.61-3.784.2810.12210.3743510.9850.139100
3.78-3.964.2750.10311.8342110.9880.118100
3.96-4.174.260.0913.3339990.990.103100
4.17-4.434.2640.08414.5337760.990.09699.8
4.43-4.734.2570.07715.7235420.9920.08899.9
4.73-5.114.2460.07815.4933210.9930.08999.8
5.11-5.64.2480.08114.9830540.9910.09299.7
5.6-6.264.2290.08214.9127620.9910.09499.8
6.26-7.234.1940.07216.3524680.9920.08299.7
7.23-8.854.150.06119.4420800.9940.07100
8.85-12.524.0860.05621.1716220.9930.06599.7
12.52-503.7510.05520.428970.9930.06496.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3jru as per Morda

3jru


解像度: 2.8→48.17 Å / SU ML: 0.3028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.1427
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2025 2015 2.61 %0
Rwork0.1698 75202 --
obs0.1706 77217 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20666 0 88 408 21162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004221137
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.626928788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04433333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00453791
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.48847298
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.290943133448
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.346020516024
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.298851520776
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.308170258732
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.311163940848
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.28871420.24685313X-RAY DIFFRACTION99.98
2.87-2.950.28481180.23995381X-RAY DIFFRACTION99.96
2.95-3.030.27591310.23165371X-RAY DIFFRACTION99.95
3.03-3.130.28511420.23675347X-RAY DIFFRACTION99.95
3.13-3.240.29481540.23425300X-RAY DIFFRACTION99.96
3.24-3.370.26041640.21565360X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.530.23221550.19745333X-RAY DIFFRACTION99.87
3.53-3.710.23951350.18615376X-RAY DIFFRACTION99.93
3.71-3.950.191270.15615372X-RAY DIFFRACTION99.98
3.95-4.250.16591360.13635399X-RAY DIFFRACTION99.95
4.25-4.680.13711720.11935346X-RAY DIFFRACTION99.87
4.68-5.350.16941230.13155426X-RAY DIFFRACTION99.82
5.35-6.740.2121340.15485419X-RAY DIFFRACTION99.78
6.74-48.170.14481820.13415459X-RAY DIFFRACTION99.26
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.38601977718-0.2100986508741.113214293521.75011667999-0.7980906288623.678022849680.1054523211520.093970261225-0.0853407064702-0.198949068792-0.138057873348-0.0511567202603-0.2997913858090.3265986206220.02761511601950.404730499464-0.04935647471030.121512080020.285286419719-0.01644851936860.363785619825-6.23740064991-10.8385058747-6.85717191435
20.903317433302-0.1249685819880.3437146489760.817861691163-0.3621641211952.70159194693-0.002693102491890.126599141534-0.1907352953430.01467987999710.027395034534-0.261036203110.1319030198550.237715222017-0.04748800567020.290713502799-0.02004610752710.01668786117150.224303254707-0.04473316128220.4704932629912.44726108331-25.805559429218.1051357862
30.341237519248-0.3596202723890.4183903018460.9498797201860.44825192792.30244630540.0338249365197-0.0446069034314-0.144179743159-0.02362207668390.0394204773777-0.000518004704145-0.1007997201020.172461067131-0.08293324040430.25978446506-0.1066333514630.01089868603490.2796098103190.04219209517260.4419543807482.92518567764-15.513468388832.3519178567
40.856522956529-0.1974784366330.7181810719310.92465335168-0.2349653528431.79624678401-0.0863773824936-0.09413429246070.2894368873590.0920883289425-0.11914255307-0.306263392144-0.3666334722070.4131559795180.2464204150580.472136347076-0.150851032905-0.04071108757460.38920487094-0.0009879789184730.4710460603275.4092232286720.512690280257.214214389
51.2877142651-0.01563144654360.7897351232590.6773855401090.709381078751.33531998325-0.0342837922199-0.1552509184030.104790306262-0.0521230367161-0.057414315523-0.0239060212658-0.238052287243-0.06643009278070.0793270810040.403128018254-0.0834828840930.03484010197230.213850412540.03085712755930.325047335258-13.58151805315.156332025132.1421538711
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 98 )AA1 - 981 - 98
22chain 'A' and (resid 99 through 227 )AA99 - 22799 - 227
33chain 'A' and (resid 228 through 468 )AA228 - 468228 - 468
44chain 'B' and (resid 1 through 189 )BF1 - 1891 - 189
55chain 'B' and (resid 190 through 468 )BF190 - 468190 - 468
66chain 'C' and (resid 2 through 167 )CK2 - 1671 - 166
77chain 'C' and (resid 168 through 468 )CK168 - 468167 - 467
88chain 'D' and (resid 0 through 189 )DO0 - 1891 - 190
99chain 'D' and (resid 190 through 468 )DO190 - 468191 - 469
1010chain 'E' and (resid 1 through 167 )ES1 - 1671 - 167
1111chain 'E' and (resid 168 through 468 )ES168 - 468168 - 468
1212chain 'F' and (resid 0 through 98 )FX0 - 981 - 99
1313chain 'F' and (resid 99 through 167 )FX99 - 167100 - 168
1414chain 'F' and (resid 168 through 247 )FX168 - 247169 - 248
1515chain 'F' and (resid 248 through 468 )FX248 - 468249 - 469

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る