PDB-8d1u: E. coli beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III (FabH) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d1u

タイトル

E. coli beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III (FabH) with an acetylated cysteine and in complex with oxa(dethia)-Coenzyme A

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

キーワード

TRANSFERASE / Ketoacyl synthase / substrate analog

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.302 Å

データ登録者

Benjamin, A.B. / Stunkard, L.M. / Ling, J. / Nice, J.N. / Lohman, J.R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Structures of chloramphenicol acetyltransferase III and Escherichia coli beta-ketoacylsynthase III co-crystallized with partially hydrolysed acetyl-oxa(dethia)CoA.
著者: Benjamin, A.B. / Stunkard, L.M. / Ling, J. / Nice, J.N. / Lohman, J.R.

履歴

登録	2022年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2022年6月15日	ID: 6X7S
改定 1.0	2022年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年3月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8d1u.cif.gz	96.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8d1u.ent.gz	67.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8d1u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8d1u_validation.pdf.gz	916.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d1u_full_validation.pdf.gz	920.8 KB	表示
XML形式データ	8d1u_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	8d1u_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/8d1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/8d1u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hnjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.662, 72.662, 102.852
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-777- HOH
2	1	A-841- HOH

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III / EcFabH 分子量: 33790.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fabH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0A6R0, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 化合物	ChemComp-UT7 / oxa(dethia)-CoA / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]methyl (3R)-3-hydroxy-4-({3-[(2-hydroxyethyl)amino]-3-oxopropyl}amino)-2,2-dimethyl-4-oxobutyl dihydrogen diphosphate / 2-[N-[(2R)-4-(3′-O-ホスホノ-5′-アデニリルオキシホスホニルオキシ)-2-ヒドロキシ-3,3-ジメ(以下略) 分子量: 751.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 75 mM Magnesium Chloride, 20% PEG 6000, 3% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月29日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.302→22.992 Å / Num. obs: 68034 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.2 % / B_iso Wilson estimate: 14.742 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.019 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 113.7
反射シェル	解像度: 1.302→1.35 Å / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 4684 / CC_1/2: 0.948 / R_pim(I) all: 0.162 / R_sym value: 0.454 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT		データ抽出
PHASER		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HNJ

1hnj

解像度: 1.302→22.992 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 0.667 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1668	3446	5.071 %	Random
R_work	0.1427	64511	-	-
all	0.144	-	-	-
obs	-	67957	99.937 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.742 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.619 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.619 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.237 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.302→22.992 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2358	0	49	506	2913

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2636
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2481
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.088	1.691	3634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.55	1.603	5759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.456	5	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.389	21.901	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.639	15	425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.449	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2983
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.295	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.06	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.256	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.391	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.248	1.253	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.239	1.252	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.787	1.884	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.79	1.884	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.275	1.56	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.274	1.56	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.311	2.257	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.31	2.257	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.033	18.191	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.707	16.611	2897

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.302-1.335	0.218	248	0.206	4684	X-RAY DIFFRACTION	99.5961
1.335-1.372	0.206	255	0.184	4579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.372-1.412	0.182	242	0.17	4434	X-RAY DIFFRACTION	100
1.412-1.455	0.182	228	0.155	4357	X-RAY DIFFRACTION	100
1.455-1.503	0.163	210	0.147	4203	X-RAY DIFFRACTION	100
1.503-1.556	0.169	236	0.147	4060	X-RAY DIFFRACTION	100
1.556-1.614	0.162	193	0.138	3971	X-RAY DIFFRACTION	100
1.614-1.68	0.17	204	0.138	3786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.755	0.156	187	0.141	3635	X-RAY DIFFRACTION	99.9738
1.755-1.84	0.154	204	0.133	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.94	0.173	173	0.141	3336	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.057	0.162	155	0.137	3188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.057-2.199	0.152	149	0.132	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.199-2.375	0.16	148	0.13	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.375-2.601	0.154	152	0.137	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.601-2.908	0.175	134	0.143	2354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.908-3.356	0.183	97	0.14	2075	X-RAY DIFFRACTION	100
3.356-4.107	0.165	113	0.135	1781	X-RAY DIFFRACTION	100
4.107-5.794	0.147	69	0.133	1424	X-RAY DIFFRACTION	100
5.794-22.992	0.181	49	0.181	832	X-RAY DIFFRACTION	97.5637

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関連情報:EMDBヘッダ

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