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- PDB-8d1b: CryoEM structure of human orphan GPCR GPR179 in complex with extr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d1b
タイトルCryoEM structure of human orphan GPCR GPR179 in complex with extracellular matrix protein pikachurin
要素
  • Pikachurin
  • Probable G-protein coupled receptor 179
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR complex with ECM
機能・相同性
機能・相同性情報


interstitial matrix / photoreceptor ribbon synapse / glycosaminoglycan binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / presynaptic active zone / basement membrane / synaptic cleft / extracellular matrix organization / visual perception / cell projection ...interstitial matrix / photoreceptor ribbon synapse / glycosaminoglycan binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / presynaptic active zone / basement membrane / synaptic cleft / extracellular matrix organization / visual perception / cell projection / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic membrane / dendrite / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
G-protein coupled receptor 158/179 / : / GPR158/179 extracellular domain / Laminin G domain / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / G-protein coupled receptors family 3 profile. ...G-protein coupled receptor 158/179 / : / GPR158/179 extracellular domain / Laminin G domain / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / EGF-like domain / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Pikachurin / Probable G-protein coupled receptor 179
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Patil, D.N. / Martemyanov, K.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH) 米国
引用ジャーナル: Sci Signal / 年: 2023
タイトル: Structure of the photoreceptor synaptic assembly of the extracellular matrix protein pikachurin with the orphan receptor GPR179.
著者: Dipak N Patil / Serena Pantalone / Yan Cao / Thibaut Laboute / Scott J Novick / Shikha Singh / Simone Savino / Silvia Faravelli / Francesca Magnani / Patrick R Griffin / Appu K Singh / ...著者: Dipak N Patil / Serena Pantalone / Yan Cao / Thibaut Laboute / Scott J Novick / Shikha Singh / Simone Savino / Silvia Faravelli / Francesca Magnani / Patrick R Griffin / Appu K Singh / Federico Forneris / Kirill A Martemyanov /
要旨: Precise synapse formation is essential for normal functioning of the nervous system. Retinal photoreceptors establish selective contacts with bipolar cells, aligning the neurotransmitter release ...Precise synapse formation is essential for normal functioning of the nervous system. Retinal photoreceptors establish selective contacts with bipolar cells, aligning the neurotransmitter release apparatus with postsynaptic signaling cascades. This involves transsynaptic assembly between the dystroglycan-dystrophin complex on the photoreceptor and the orphan receptor GPR179 on the bipolar cell, which is mediated by the extracellular matrix protein pikachurin (also known as EGFLAM). This complex plays a critical role in the synaptic organization of photoreceptors and signal transmission, and mutations affecting its components cause blinding disorders in humans. Here, we investigated the structural organization and molecular mechanisms by which pikachurin orchestrates transsynaptic assembly and solved structures of the human pikachurin domains by x-ray crystallography and of the GPR179-pikachurin complex by single-particle, cryo-electron microscopy. The structures reveal molecular recognition principles of pikachurin by the Cache domains of GPR179 and show how the interaction is involved in the transsynaptic alignment of the signaling machinery. Together, these data provide a structural basis for understanding the synaptic organization of photoreceptors and ocular pathology.
履歴
登録2022年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Pikachurin
C: Pikachurin
B: Probable G-protein coupled receptor 179
A: Probable G-protein coupled receptor 179


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,8654
ポリマ－214,8654
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Pikachurin / Agrin-like protein / EGF-like / fibronectin type-III and laminin G-like domain-containing protein


分子量: 25642.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFLAM, AGRINL, AGRNL, PIKA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q63HQ2
#2: タンパク質 Probable G-protein coupled receptor 179 / Probable G-protein coupled receptor 158-like 1 / GPR158-like


分子量: 81790.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPR179, GPR158L, GPR158L1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PRD1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: complex of GPR179 with pikachurin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2, #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 217570 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0066858
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9859294
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.869958
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0521010
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0081232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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