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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d19 | ||||||
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タイトル | Human LanCL1 bound to GSH | ||||||
![]() | Glutathione S-transferase LANCL1 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / LanCL1 / lanthibiotic cyclase | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptide modification / glutathione binding / cellular detoxification / low-density lipoprotein particle receptor binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / G protein-coupled receptor activity / SH3 domain binding / carbohydrate metabolic process / G protein-coupled receptor signaling pathway ...peptide modification / glutathione binding / cellular detoxification / low-density lipoprotein particle receptor binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / G protein-coupled receptor activity / SH3 domain binding / carbohydrate metabolic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ongpipattanakul, C. / Nair, S.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The mechanism of thia-Michael addition catalyzed by LanC enzymes. 著者: Ongpipattanakul, C. / Liu, S. / Luo, Y. / Nair, S.K. / van der Donk, W.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 194 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47504.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: LanCL1 used for crystallization including expression tags. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 % |
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結晶化 | 温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.7-0.75 M succinic acid pH 7.0, 0.1 M bis-tris propane pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年1月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.512→92.401 Å / Num. obs: 150903 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.512→1.517 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 1.088 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1476 / CC1/2: 0.813 / Rpim(I) all: 0.341 / Rrim(I) all: 1.142 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3E6U 解像度: 1.52→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.245 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.52→25 Å
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拘束条件 |
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