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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d0v | ||||||
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タイトル | Human LanCL1 C264A mutant bound to GSH | ||||||
![]() | Glutathione S-transferase LANCL1 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / LanCL1 / lanthibiotic cyclase | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptide modification / glutathione binding / cellular detoxification / low-density lipoprotein particle receptor binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / G protein-coupled receptor activity / SH3 domain binding / carbohydrate metabolic process / G protein-coupled receptor signaling pathway ...peptide modification / glutathione binding / cellular detoxification / low-density lipoprotein particle receptor binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / G protein-coupled receptor activity / SH3 domain binding / carbohydrate metabolic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ongpipattanakul, C. / Nair, S.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The mechanism of thia-Michael addition catalyzed by LanC enzymes. 著者: Ongpipattanakul, C. / Liu, S. / Luo, Y. / Nair, S.K. / van der Donk, W.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 140.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47472.230 Da / 分子数: 2 / 変異: C264A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.23 % |
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結晶化 | 温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.70-0.75 M succinic acid pH 7.0, 0.1 M bis-tris-propane pH 7.0. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12723 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.786→92.043 Å / Num. obs: 90992 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.786→1.792 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 1.083 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 858 / CC1/2: 0.879 / Rpim(I) all: 0.393 / Rrim(I) all: 1.158 / % possible all: 93.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3E6U 解像度: 1.79→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 3.268 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.79→25 Å
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拘束条件 |
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