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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d0q | ||||||
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タイトル | Human FUT9 bound to GDP-CF3-Fucose and H-Type 2 | ||||||
要素 | 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase 9 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / Alpha-(1 / 3)-fucosyltransferase / GT 10 / GT-B fold / Inverting mechanism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neuronal stem cell division / alpha-(1->3)-fucosyltransferase activity / Lewis x epitope biosynthetic process / regulation of leukocyte cell-cell adhesion / regulation of leukocyte tethering or rolling / Lewis blood group biosynthesis / 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase / 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase activity / fucosylation / N-glycan fucosylation ...neuronal stem cell division / alpha-(1->3)-fucosyltransferase activity / Lewis x epitope biosynthetic process / regulation of leukocyte cell-cell adhesion / regulation of leukocyte tethering or rolling / Lewis blood group biosynthesis / 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase / 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase activity / fucosylation / N-glycan fucosylation / fucosyltransferase activity / glycosphingolipid biosynthetic process / L-fucose catabolic process / oligosaccharide biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / protein O-linked glycosylation / protein N-linked glycosylation / protein glycosylation / trans-Golgi network membrane / ゴルジ体 / neuron differentiation / positive regulation of neuron projection development / carbohydrate metabolic process / ゴルジ体 / ゴルジ体 / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å | ||||||
データ登録者 | Kadirvelraj, R. / Wood, Z.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023 タイトル: Structural basis for Lewis antigen synthesis by the alpha 1,3-fucosyltransferase FUT9. 著者: Kadirvelraj, R. / Boruah, B.M. / Wang, S. / Chapla, D. / Huang, C. / Ramiah, A. / Hudson, K.L. / Prudden, A.R. / Boons, G.J. / Withers, S.G. / Wood, Z.A. / Moremen, K.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8d0q.cif.gz | 151 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8d0q.ent.gz | 115.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8d0q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/8d0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/8d0q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 37852.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FUT9 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q9Y231, 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase |
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-糖 , 3種, 3分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 4種, 306分子
#5: 化合物 | ChemComp-6CK / [( | ||
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#6: 化合物 | ChemComp-GDP / | ||
#7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 100 mM Tris pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.39→40.4 Å / Num. obs: 69390 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 26.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.39→1.43 Å / 冗長度: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 6880 / CC1/2: 0.53 / Rrim(I) all: 1.86 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8D0O 解像度: 1.39→36.9 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.9 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.39→36.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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