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万見
- PDB-8d0a: Crystal structure of human USP30 in complex with a covalent inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d0a
タイトルCrystal structure of human USP30 in complex with a covalent inhibitor 829 and a Fab
要素
  • (mouse anti-huUSP30 Fab ...) x 2
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30
キーワードHYDROLASE / deubiquitinase / covalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


protein K6-linked deubiquitination / protein K11-linked deubiquitination / pexophagy / autophagy of mitochondrion / deubiquitinase activity / negative regulation of mitophagy / peroxisomal membrane / mitochondrial fusion / protein deubiquitination / Pexophagy ...protein K6-linked deubiquitination / protein K11-linked deubiquitination / pexophagy / autophagy of mitochondrion / deubiquitinase activity / negative regulation of mitophagy / peroxisomal membrane / mitochondrial fusion / protein deubiquitination / Pexophagy / mitochondrial outer membrane / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Ub-specific processing proteases / cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrion / proteolysis / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PKH / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Song, X. / Butler, J. / Li, C. / Zhang, K. / Zhang, D. / Hao, Y.
資金援助2件
組織認可番号国
Other privateAmgen Inc
Other privateCarmot Therapeutics Inc
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TBD
著者: Song, X. / Butler, J. / Hao, Y.
履歴
登録2022年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30
H: mouse anti-huUSP30 Fab heavy chain
L: mouse anti-huUSP30 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1295
ポリマ－87,6353
非ポリマー4942
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area36430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.229, 71.647, 148.456
Angle α, β, γ (deg.)90, 94.31, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30 / Deubiquitinating enzyme 30 / Ubiquitin thioesterase 30 / Ubiquitin-specific-processing protease 30 ...Deubiquitinating enzyme 30 / Ubiquitin thioesterase 30 / Ubiquitin-specific-processing protease 30 / Ub-specific protease 30


分子量: 40159.344 Da / 分子数: 1 / 変異: F348D,M350S,I353E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70CQ3, ubiquitinyl hydrolase 1

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 mouse anti-huUSP30 Fab heavy chain


分子量: 23822.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 mouse anti-huUSP30 Fab light chain


分子量: 23653.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 21分子

#4: 化合物 ChemComp-PKH / ~{N}-[(1~{R},2~{R},4~{S},7~{E})-7-[azanyl(sulfanyl)methylidene]-7$l^{4}-azabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]-2-chloranyl-4-(6-cyclopropylpyrazin-2-yl)benzamide


分子量: 428.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23ClN5OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 22% PEG 4000, 4% 2,2,2-Trifluoroethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→42.11 Å / Num. obs: 14848 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.19→3.43 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2656 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OHK, 4M43

5ohk

4m43


解像度: 3.19→42.11 Å / Extinction coef esd: 0.9881 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2905 709 4.78 %
Rwork0.2433 --
obs0.2459 14822 98.81 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→42.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5441 0 29 19 5489
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.19-3.430.3651390.29812796X-RAY DIFFRACTION99
3.43-3.780.32711270.26572809X-RAY DIFFRACTION98
3.78-4.320.28831340.24572806X-RAY DIFFRACTION99
4.32-5.440.26161470.21432830X-RAY DIFFRACTION99
5.44-42.110.28481620.24212876X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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