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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d00 | ||||||
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タイトル | Structure of the Arabidopsis thaliana SPIRAL2 TOG domain | ||||||
![]() | Microtubule-associated protein TORTIFOLIA1 | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / TOG / HEAT / Alpha-solenoid / Microtubule-binding | ||||||
機能・相同性 | cortical microtubule, transverse to long axis / circumnutation / MT-associated protein TORTIFOLIA1/SPIRAL2-like / unidimensional cell growth / Armadillo-like helical / microtubule binding / Armadillo-type fold / IODIDE ION / Microtubule-associated protein TORTIFOLIA1![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Slep, K.C. / Bolhuis, D.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A structurally divergent TOG domain stabilizes microtubule minus ends in Arabidopsis 著者: Fan, Y. / Bilkey, N. / Bolhuis, D.L. / Slep, K.C. / Dixit, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 140.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32920.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TOR1, CN, SPR2, At4g27060, T24A18.10 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-IOD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 % / 解説: rods 50 x 50 x 400 microns |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2 ul 15.7 mg/mL SPIRAL2 TOG domain (residues 33-333) protein + 2 ul of a 1 ml well solution (27.5% w/v PEG3350, 150 mM ammonium phosphate, 280 mM sodium iodide) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 9490 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 58.9 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rsym value: 0.164 / Net I/σ(I): 19.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 944 / CC1/2: 0.872 / CC star: 0.965 / Rsym value: 0.842 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: AlphaFold prediction 解像度: 2.8→38.36 Å / SU ML: 0.3475 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 26.7654 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -9.79538249122 Å / Origin y: -5.82707630509 Å / Origin z: -41.1953209771 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |