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- PDB-8d00: Structure of the Arabidopsis thaliana SPIRAL2 TOG domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d00
タイトルStructure of the Arabidopsis thaliana SPIRAL2 TOG domain
要素Microtubule-associated protein TORTIFOLIA1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / TOG / HEAT (熱) / Alpha-solenoid / Microtubule-binding
機能・相同性cortical microtubule, transverse to long axis / circumnutation / MT-associated protein TORTIFOLIA1/SPIRAL2-like / unidimensional cell growth / Armadillo-like helical / microtubule binding / Armadillo-type fold / IODIDE ION / Microtubule-associated protein TORTIFOLIA1
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Slep, K.C. / Bolhuis, D.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
University of North Carolina Ralph W. Mosley Fund 米国
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2023
タイトル: A structurally divergent TOG domain stabilizes microtubule minus ends in Arabidopsis
著者: Fan, Y. / Bilkey, N. / Bolhuis, D.L. / Slep, K.C. / Dixit, R.
履歴
登録2022年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated protein TORTIFOLIA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0472
ポリマ－32,9201
非ポリマー1271
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer by SECMALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area14540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.843, 78.456, 131.938
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated protein TORTIFOLIA1 / Microtubule-associated protein SPIRAL2 / Protein CONVOLUTA


分子量: 32920.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TOR1, CN, SPR2, At4g27060, T24A18.10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9T041
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 % / 解説: rods 50 x 50 x 400 microns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2 ul 15.7 mg/mL SPIRAL2 TOG domain (residues 33-333) protein + 2 ul of a 1 ml well solution (27.5% w/v PEG3350, 150 mM ammonium phosphate, 280 mM sodium iodide)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月9日
放射モノクロメーター: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 9490 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 58.9 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rsym value: 0.164 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 944 / CC1/2: 0.872 / CC star: 0.965 / Rsym value: 0.842

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold prediction

解像度: 2.8→38.36 Å / SU ML: 0.3475 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 26.7654
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 917 10.01 %
Rwork0.2138 8246 -
obs0.2184 9163 95.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2256 0 1 7 2264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032288
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53543091
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0362378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.232856
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.950.34451130.27561078X-RAY DIFFRACTION89.89
2.95-3.130.4081230.27451098X-RAY DIFFRACTION89.45
3.13-3.370.28551290.2541157X-RAY DIFFRACTION95.9
3.37-3.710.25351340.22151205X-RAY DIFFRACTION97.67
3.71-4.250.26111390.20641221X-RAY DIFFRACTION98.55
4.25-5.350.22681310.19091205X-RAY DIFFRACTION96.46
5.35-38.360.22881480.19251282X-RAY DIFFRACTION97.95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.79538249122 Å / Origin y: -5.82707630509 Å / Origin z: -41.1953209771 Å
111213212223313233
T0.228642178596 Å2-0.028372723038 Å2-0.00020622167415 Å2-0.169466859148 Å20.0206098235539 Å2--0.201030932884 Å2
L1.90217913262 °2-0.637742860724 °20.546585747629 °2-0.366357534206 °2-0.19869684322 °2--0.645815103951 °2
S-0.0662388110553 Å °-0.0523822532602 Å °-0.0837625443668 Å °0.0725670527552 Å °0.0189834631742 Å °0.0776669699468 Å °0.071164876276 Å °-0.0262305231103 Å °-0.000758518155616 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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