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- PDB-8czj: A bacteria Zrt/Irt-like protein in the apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8czj
タイトルA bacteria Zrt/Irt-like protein in the apo state
要素Putative membrane protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性Zinc/iron permease / ZIP Zinc transporter / metal ion transmembrane transporter activity / zinc ion transport / plasma membrane / Chem-MPG / Zinc transporter ZIPB
機能・相同性情報
生物種Bordetella bronchiseptica RB50 (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.751 Å
データ登録者Zhang, Y. / Hu, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the elevator-type transport mechanism of a bacterial ZIP metal transporter.
著者: Zhang, Y. / Jiang, Y. / Gao, K. / Sui, D. / Yu, P. / Su, M. / Wei, G.W. / Hu, J.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative membrane protein
B: Putative membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,99619
ポリマ－62,0192
非ポリマー3,97717
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10620 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area24410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.985, 117.661, 64.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 5:54 or resseq 56:78 or (resid...
21(chain B and (resseq 5:54 or resseq 56:78 or (resid...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERVALVAL(chain A and (resseq 5:54 or resseq 56:78 or (resid...AA5 - 545 - 54
12VALVALLEULEU(chain A and (resseq 5:54 or resseq 56:78 or (resid...AA56 - 7856 - 78
13GLYGLYGLYGLY(chain A and (resseq 5:54 or resseq 56:78 or (resid...AA7979
14SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 5:54 or resseq 56:78 or (resid...AA5 - 3095 - 309
15SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 5:54 or resseq 56:78 or (resid...AA5 - 3095 - 309
21SERSERVALVAL(chain B and (resseq 5:54 or resseq 56:78 or (resid...BB5 - 545 - 54
22VALVALLEULEU(chain B and (resseq 5:54 or resseq 56:78 or (resid...BB56 - 7856 - 78
23GLYGLYGLYGLY(chain B and (resseq 5:54 or resseq 56:78 or (resid...BB7979
24SERSERGLYGLY(chain B and (resseq 5:54 or resseq 56:78 or (resid...BB5 - 3095 - 309
25SERSERGLYGLY(chain B and (resseq 5:54 or resseq 56:78 or (resid...BB5 - 3095 - 309

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要素

#1: タンパク質 Putative membrane protein


分子量: 31009.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica RB50 (気管支敗血症菌)
株: ATCC BAA-588 / NCTC 13252 / RB50 / 遺伝子: BB2405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3LM39
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5 / 詳細: 27%PEG200,0.02M NaAc 4.0,0.2M(NH4)2SO4,0.02M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月17日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.751→37.109 Å / Num. obs: 22227 / % possible obs: 97.26 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 62.63 Å2 / CC1/2: 0.772 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.194 / Χ2: 0.547 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.001→3.11 Å / Num. unique obs: 17721 / CC1/2: 0.851 / CC star: 0.959 / Rpim(I) all: 0.289

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TSB

5tsb


解像度: 2.751→37.109 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 1997 8.98 %
Rwork0.2326 20230 -
obs0.2352 22227 93.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.71 Å2 / Biso mean: 55.0739 Å2 / Biso min: 27.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.751→37.109 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4019 0 263 7 4289
Biso mean--59.88 52.28 -
残基数----591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.315865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7872498
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2392X-RAY DIFFRACTION9.15TORSIONAL
12B2392X-RAY DIFFRACTION9.15TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.751-2.81970.34711060.3303105669
2.8197-2.89590.33831270.336127183
2.8959-2.98110.33821370.3112141792
2.9811-3.07730.35141460.2832148898
3.0773-3.18720.33611560.2876151799
3.1872-3.31480.28231460.25881528100
3.3148-3.46550.28821510.2371531100
3.4655-3.64810.26091520.22491520100
3.6481-3.87640.24421470.21891556100
3.8764-4.17530.24241540.2211537100
4.1753-4.59480.29361180.2203119978
4.5948-5.25810.23521520.2207151899
5.2581-6.61850.27851470.2451541100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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