PDB-8cz5: N11 P domain 2D9 Fab P complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cz5

タイトル

N11 P domain 2D9 Fab P complex

要素

Fab 2D9 Heavy Chain
Fab 2D9 Light Chain
N11 P domain

キーワード

VIRAL PROTEIN/Immune System / RHDV-Fab / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA-protein covalent cross-linking / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Lagovirus (ウイルス)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.645 Å

データ登録者

Leuthold, M. / Kilic, T. / Hansman, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for Rabbit Hemorrhagic Disease Virus Antibody Specificity.
著者: Leuthold, M.M. / Kilic, T. / Devant, J.M. / Landeta, O. / Parra, F. / Dalton, K.P. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2022年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cz5.cif.gz	298.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cz5.ent.gz	239.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cz5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cz5_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cz5_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8cz5_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	8cz5_validation.cif.gz	36 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/8cz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/8cz5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8cylC 4x1wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: N11 P domain

H: Fab 2D9 Heavy Chain

L: Fab 2D9 Light Chain

ヘテロ分子

82.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.290, 92.290, 493.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	N11 P domain / p254 分子量: 34342.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lagovirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B5CYZ3

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体	Fab 2D9 Heavy Chain 分子量: 24128.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	Fab 2D9 Light Chain 分子量: 23510.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 46分子

#4: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.48 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citric acid (pH 4) and 30 % PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.645→48.807 Å / Num. obs: 37731 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 54.54 Å² / CC_1/2: 0.763 / Net I/σ(I): 1.37
反射シェル	解像度: 2.645→48.807 Å / Mean I/σ(I) obs: 10.79 / Num. unique obs: 37731 / CC_1/2: 0.763 / % possible all: 99.88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X1W

4x1w

解像度: 2.645→48.807 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2234	1887	5 %
R_work	0.1938	-	-
obs	0.1953	37731	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.645→48.807 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5624	0	14	41	5679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5804
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.609	7970
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.791	3650
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	901
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1038

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6451-2.7166	0.3846	139	0.3109	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7166-2.7965	0.2922	141	0.2812	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7965-2.8868	0.2958	142	0.2601	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8868-2.9899	0.284	142	0.2476	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9899-3.1096	0.2457	142	0.2359	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1096-3.2511	0.2709	142	0.23	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2511-3.4225	0.2704	144	0.2176	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4225-3.6369	0.2557	144	0.2016	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6369-3.9176	0.2079	144	0.1871	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9176-4.3116	0.1794	146	0.1551	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3116-4.935	0.1631	147	0.1334	2781	X-RAY DIFFRACTION	99
4.935-6.2155	0.1585	151	0.1623	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2155-48.807	0.244	163	0.2019	3097	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3716	0.2417	-1.4186	2.5164	1.6202	2.8524	0.4743	1.1827	0.7727	-0.2043	-0.3005	0.3079	-0.1202	0.4715	0.0003	0.4964	0.0872	0.0446	0.5224	-0.0359	0.5338	14.4921	-18.0536	-16.4103
2	2.5406	-1.6584	0.3334	4.5851	0.5937	1.518	-0.1319	-0.1464	-0.1979	-0.0993	0.1112	0.0663	0.0997	-0.0131	-0.0903	0.4315	-0.003	0.0309	0.5074	-0.0826	0.4274	-2.473	-8.7636	-13.5694
3	0.635	-0.3191	-0.5417	2.2723	1.014	0.7809	0.2892	0.1158	0.0552	-0.4704	-0.208	0.2394	0.1996	-0.3569	0.0176	0.5463	0.0104	0.0203	0.6174	-0.0938	0.5817	-9.3824	0.3916	-12.8585
4	0.5268	-0.2625	-0.0267	0.2377	0.2283	0.1383	0.5562	0.0458	1.0182	-0.9219	-0.2382	-0.4727	-0.447	-0.488	-0.0024	0.6069	0.1373	-0.0376	0.6739	-0.0506	0.7843	-2.2226	-1.9467	-22.8092
5	1.2413	0.0647	1.1561	2.4416	0.9839	1.2485	-0.0632	-0.6327	-0.2261	0.2563	0.2395	-0.1829	-0.2186	-0.0855	-0.0828	0.5724	-0.0258	-0.054	0.4621	-0.0712	0.3632	56.1596	-42.5383	41.5533
6	1.252	-0.6004	0.2669	1.6761	-0.2032	1.4103	0.0649	0.1998	-0.1572	-0.0549	-0.0838	0.1167	0.1867	-0.0622	0.0397	0.4472	-0.0259	-0.0387	0.3624	-0.0894	0.3621	41.6791	-33.7268	30.1416
7	1.1769	0.0836	0.2595	1.76	0.6167	0.393	-0.049	0.371	0.2284	-0.2304	0.0052	-0.4783	-0.6244	0.1716	0.066	0.5289	0.0295	-0.0251	0.4153	0.0125	0.4709	45.5584	-31.0272	24.1578
8	0.6285	0.2715	0.6182	0.927	0.0133	1.6215	-0.0244	0.0291	-0.0081	-0.0183	-0.0962	0.1479	-0.0102	-0.1268	0.067	0.4008	-0.0104	-0.0289	0.382	-0.0597	0.3765	33.1752	-27.4838	31.9665
9	2.5747	-1.3757	-0.1038	2.0632	-0.0038	0.8542	-0.0433	-0.0637	-0.2121	0.1219	0.0269	-0.0239	0.2239	0.1939	-0.0233	0.4983	0.0341	-0.0527	0.3318	-0.0862	0.3608	49.4189	-47.627	37.8955
10	2.0849	-0.0591	0.1282	1.1312	-0.338	0.6217	0.0483	-0.0511	-0.0942	0.3702	0.0849	-0.2812	0.3828	0.3631	-0.0134	0.677	0.1423	-0.0674	0.5655	-0.0728	0.4501	54.5633	-57.5753	43.2118
11	1.9625	-1.3789	-0.1461	1.4362	-0.2807	0.0766	0.1174	0.1581	-0.1595	0.1246	-0.0859	0.1891	0.0312	-0.0039	-0.0533	0.4572	-0.013	-0.0396	0.4609	-0.1483	0.5013	11.4245	-27.9958	18.9924
12	0.4758	-0.4878	0.8625	0.1143	-0.495	1.3929	0.1367	-0.0654	-0.2113	-0.0797	0.018	0.0562	0.1427	-0.0979	-0.1342	0.3846	-0.1126	-0.0259	0.382	-0.0861	0.4429	6.9659	-24.5185	11.7338
13	0.1442	0.0673	-0.7248	1.8541	-0.5628	2.9809	-0.0408	0.1881	-0.3085	-0.841	-0.5714	0.4761	-0.4856	-0.3775	0.2703	0.6881	0.0004	-0.1014	0.6666	-0.1889	0.6948	-11.2368	-13.5999	-18.4248
14	0.3725	0.1462	-0.2437	1.4451	1.1425	3.8622	-0.2989	0.0548	0.0578	0.0103	-0.0735	0.3651	0.8196	-0.633	0.1847	0.6345	-0.0798	0.0205	0.5652	-0.1216	0.5001	-9.9318	-20.6449	-10.7092
15	4.0951	2.467	-1.9351	4.5353	0.0253	1.3891	0.3784	-0.0424	0.2914	-0.1604	0.0291	0.5315	1.1179	-0.923	0.0891	0.6081	-0.2865	-0.0975	0.6873	-0.1445	0.6335	-19.6084	-18.8982	-13.1708
16	1.1279	0.32	1.2885	1.3738	0.7637	2.8074	-0.1366	0.5279	-0.2016	-0.1606	-0.0382	-0.1338	-0.422	0.3586	0.0295	0.3693	0.0047	-0.0274	0.4282	-0.0489	0.371	27.0074	-19.3117	1.3716
17	2.2231	-0.8657	-1.8666	2.471	-0.6624	2.6857	0.2152	0.2799	-0.5133	-0.3723	-0.1271	-0.0164	0.7472	0.3029	0.0918	0.5124	0.0369	-0.0766	0.6099	-0.0985	0.3639	27.7079	-28.6472	0.5209
18	1.2313	0.2611	1.02	1.0934	0.3517	2.9235	-0.1287	0.2663	0.4231	0.1201	-0.3043	-0.0835	0.3739	0.0898	-0.0666	0.3026	0.0105	-0.0443	0.4756	0.0103	0.3968	23.3874	-23.4119	3.3468

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 102 through 113 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 114 through 174 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 175 through 197 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 198 through 213 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 237 through 260 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 261 through 319 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 320 through 339 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 340 through 431 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 432 through 536 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 537 through 569 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 1 through 76 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 77 through 133 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 134 through 154 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 155 through 211 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'H' and (resid 212 through 222 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'L' and (resid 1 through 38 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 39 through 75 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'L' and (resid 76 through 101 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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