PDB-8cyl: Ast89 P domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cyl

タイトル

Ast89 P domain

要素

(Capsid protein VP60

カプシド) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

RHDV (兎出血病)

機能・相同性

機能・相同性情報

calicivirin / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity /

カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / host cell cytoplasm /

RNA helicase activity /

RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity /

RNA-dependent RNA polymerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Lagovirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.888 Å

データ登録者

Leuthold, M. / Kilic, T. / Hansman, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for Rabbit Hemorrhagic Disease Virus Antibody Specificity.
著者: Leuthold, M.M. / Kilic, T. / Devant, J.M. / Landeta, O. / Parra, F. / Dalton, K.P. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2022年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cyl.cif.gz	261.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cyl.ent.gz	206.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cyl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/8cyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/8cyl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cz5C 4x1wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Capsid protein VP60

B: Capsid protein VP60

69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.590, 78.410, 100.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Capsid protein VP60 / カプシド分子量: 35106.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lagovirus (ウイルス) / 株: AST89 / 遺伝子: ORF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86119
#2: タンパク質	Capsid protein VP60 / カプシド分子量: 34488.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lagovirus (ウイルス) / 株: AST89 / 遺伝子: ORF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86119
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.44 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citric acid (pH 4) and 30% PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.888→42.4255 Å / Num. obs: 47320 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 1.36 % / B_iso Wilson estimate: 19.25 Å² / CC_1/2: 0.903 / Net I/σ(I): 9.19
反射シェル	解像度: 1.888→42.4255 Å / Num. unique obs: 47320 / CC_1/2: 0.903

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X1W

4x1w

解像度: 1.888→42.415 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1949	2366	5 %
R_work	0.1628	-	-
obs	0.1644	47320	98.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.888→42.415 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4853	0	0	445	5298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5034
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.77	6939
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.582	3856
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	786
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	925

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8884-1.9269	0.232	133	0.2125	2515	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9269-1.9688	0.2589	138	0.2046	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9688-2.0146	0.2362	136	0.1874	2580	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0146-2.065	0.2333	135	0.1767	2568	X-RAY DIFFRACTION	96
2.065-2.1208	0.2144	140	0.1711	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1208-2.1832	0.2299	138	0.1695	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1832-2.2537	0.2379	139	0.1712	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2537-2.3343	0.213	139	0.1731	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3343-2.4277	0.2098	138	0.1694	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4277-2.5382	0.2049	139	0.174	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5382-2.672	0.2083	137	0.1719	2607	X-RAY DIFFRACTION	97
2.672-2.8394	0.2074	142	0.1759	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8394-3.0585	0.1945	141	0.1774	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0585-3.3662	0.1953	141	0.1713	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3662-3.853	0.1875	138	0.1511	2618	X-RAY DIFFRACTION	96
3.853-4.8533	0.1486	144	0.1253	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8533-42.415	0.1481	148	0.1414	2826	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0477	-0.1694	-0.1744	1.6456	1.7368	1.9688	-0.0023	-0.1011	0.3692	-0.0158	0.1269	0.2197	-0.2641	0.0646	-0.1025	0.2124	0.0005	0.0332	0.2338	-0.009	0.2879	-8.6975	-1.8125	26.5285
2	1.7374	0.9739	-0.8226	1.8919	-0.6122	1.336	-0.0324	-0.0395	0.0686	-0.0028	0.0495	-0.0502	-0.0297	-0.0337	-0.0222	0.147	0.0302	-0.01	0.1504	-0.0004	0.1411	4.3282	-5.1947	12.8931
3	1.0382	1.1009	0.8181	1.4363	0.5728	1.8119	0.0385	0.0391	0.1312	-0.0339	0.1131	-0.2116	-0.1595	0.129	-0.1739	0.1092	0.0023	-0.0005	0.0911	0.0408	0.2021	18.7942	0.313	-3.4458
4	0.5146	-0.3958	0.4332	1.2399	-0.7862	1.973	-0.0179	0.0695	0.0406	-0.0321	-0.0215	-0.151	0.0349	0.1069	0.0488	0.1193	-0.0068	0.0156	0.1417	-0.0016	0.1976	16.0365	-7.2985	-3.247
5	0.5547	0.2311	-0.1076	1.0738	0.0062	0.9154	-0.0208	0.0459	0.0599	-0.0714	0.0543	-0.2244	-0.0842	0.148	-0.0451	0.1296	0.0057	0.009	0.1545	0.019	0.2044	19.4878	-4.8804	-4.0622
6	1.0468	0.0306	-0.36	0.6954	-0.2728	0.8461	-0.008	-0.1357	-0.0556	0.0661	0.0145	-0.0521	-0.0237	0.0451	-0.0006	0.1431	0.0175	-0.0053	0.1503	0.0128	0.1544	7.5181	-14.3568	9.2142
7	1.7391	-0.1284	-0.2268	1.7046	0.811	1.5897	0.002	-0.2588	0.141	0.1017	0.0555	-0.1184	-0.0851	-0.0234	-0.0515	0.1475	-0.004	-0.0118	0.1982	0.0013	0.1245	-0.2425	-6.8474	17.3547
8	2.1396	0.6098	-0.4315	1.2543	-0.1294	0.469	-0.012	-0.2196	-0.0521	0.0135	-0.0892	0.1	0.0864	-0.0328	0.1315	0.2085	0.0051	-0.0169	0.2188	0.0216	0.1722	-3.6361	-14.9397	24.9149
9	3.2495	-0.9334	0.4893	3.5794	-0.2694	2.0789	-0.0358	-0.3567	-0.0297	0.208	-0.0704	0.1839	0.3763	-0.0497	0.0631	0.2317	0.0133	0.0221	0.2806	-0.0078	0.1539	-5.6436	-13.6484	31.5123
10	0.4031	0.0865	-0.0792	2.0798	0.634	1.3196	-0.0209	-0.0492	0.0497	0.0374	0.0599	-0.0139	0.0275	0.0246	-0.0177	0.1255	0.0089	-0.0062	0.133	0.0086	0.1228	-15.1001	0.4175	0.4402
11	4.3857	0.9408	-2.1551	1.2025	-0.6438	2.1426	-0.1141	0.1935	-0.162	-0.1479	0.0583	-0.025	0.1671	-0.0352	0.0657	0.1829	0.0041	-0.0151	0.1219	-0.0033	0.1194	-6.9455	-16.3454	-16.7963
12	2.0793	-0.9999	0.0524	2.2064	-0.0193	0.6361	0.0113	0.0915	-0.0008	-0.141	-0.0144	-0.062	0.0798	0.0154	0.0092	0.1651	-0.0134	0.0007	0.1499	0.0024	0.1052	-2.6226	-9.1096	-15.6159
13	0.6932	-0.2942	-0.2043	1.125	0.1584	0.4922	-0.0097	0.0713	0.0286	-0.1213	0.0245	0.0058	0.0186	-0.0067	-0.0047	0.1547	-0.0069	-0.012	0.1445	0.0135	0.1183	-9.0671	-1.0754	-13.6706
14	2.935	-0.1201	-1.1973	0.7865	0.1312	1.5781	-0.079	-0.0968	-0.011	0.0573	0.0415	0.0951	0.0628	-0.0768	0.0453	0.1309	-0.0031	-0.0211	0.1141	-0.0124	0.1328	-16.6146	3.6571	2.3778
15	1.0443	0.1129	0.0799	1.237	-0.0508	1.5433	-0.0062	-0.0924	0.1567	0.0171	-0.042	0.0744	-0.1911	-0.0339	0.0343	0.1664	0.0245	-0.0103	0.1412	-0.0067	0.2193	-21.2723	15.1752	5.2067

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 231 through 248 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 249 through 297 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 298 through 334 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 335 through 391 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 392 through 416 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 417 through 476 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 477 through 510 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 511 through 551 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 552 through 569 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 237 through 297 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 298 through 334 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 335 through 381 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 382 through 476 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 477 through 510 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 511 through 569 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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