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- PDB-8cxf: Crystal structure of an i-motif from the HRAS promoter region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cxf
タイトルCrystal structure of an i-motif from the HRAS promoter region
要素HRAS DNA
キーワードDNA / HRAS / i-Motif
機能・相同性1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Yatsunyk, L.A. / Li, K.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1R15CA253134 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of an i-Motif from the HRAS Oncogene Promoter.
著者: Li, K.S. / Jordan, D. / Lin, L.Y. / McCarthy, S.E. / Schneekloth Jr., J.S. / Yatsunyk, L.A.
履歴
登録2022年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HRAS DNA
A: HRAS DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6263
ポリマ－16,4482
非ポリマー1781
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, we performed gel on crystals and they are composed of an HRAS dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.392, 31.271, 54.279
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: RNA鎖 HRAS DNA


分子量: 8224.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 % / 解説: rectangular prism
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.05 M MES, 17% w/v PEG 4000, X M Spermine Tetrahydrochloride (ADD SPERMINE CONCENTRATION)

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データ収集

回折平均測定温度: 196 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9196 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9196 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→41.01 Å / Num. obs: 19101 / % possible obs: 95.91 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 38.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.462 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 784 / CC1/2: 0.725 / Rpim(I) all: 0.625 / Rrim(I) all: 1.596 / % possible all: 68.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.18.2_3874位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→41.01 Å / SU ML: 0.2511 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.28 / 位相誤差: 40.5211
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1763 10.04 %
Rwork0.2211 15805 -
obs0.2226 17568 88.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→41.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1044 12 73 1129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00841175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94281800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0404206
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005652
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.9012508
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.810.5453950.4858790X-RAY DIFFRACTION58.69
1.81-1.870.3949990.4446939X-RAY DIFFRACTION69.52
1.87-1.930.42281330.40211085X-RAY DIFFRACTION79.87
1.93-20.34481250.35291192X-RAY DIFFRACTION87.45
2-2.080.33681430.34671191X-RAY DIFFRACTION87.19
2.08-2.170.34141330.30121246X-RAY DIFFRACTION90.25
2.17-2.290.26871370.28231233X-RAY DIFFRACTION90.97
2.29-2.430.33561480.27021303X-RAY DIFFRACTION94.77
2.43-2.620.3091430.25131325X-RAY DIFFRACTION96.39
2.62-2.880.32451560.271346X-RAY DIFFRACTION98.04
2.88-3.290.28771470.25311328X-RAY DIFFRACTION96.47
3.3-4.150.23711440.20571390X-RAY DIFFRACTION98.21
4.15-41.010.1381600.15261437X-RAY DIFFRACTION99.07
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 58.7397517229 Å / Origin y: 12.7545310328 Å / Origin z: 14.9302910152 Å
111213212223313233
T0.511867376093 Å20.176927927317 Å20.0111738477889 Å2-0.534082072528 Å20.00187813405801 Å2--0.448883892224 Å2
L0.317393557686 °2-0.410465579177 °2-0.109094586896 °2-0.606793451947 °20.0112684460327 °2--0.254521743259 °2
S-0.613914014818 Å °-0.707467804629 Å °0.039768566303 Å °0.130915639926 Å °0.441215056995 Å °0.00859424693586 Å °-0.0225790860585 Å °0.0441830217106 Å °-0.00289965162917 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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