PDB-8cxa: Crystal Structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cxa

タイトル

Crystal Structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase from Mycobacterium smegmatis with bound NAD

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / reductase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase with bound NAD
著者: Bolejack, M.J. / deBouver, N.D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cxa.cif.gz	399.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cxa.ent.gz	325.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cxa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cxa_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cxa_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8cxa_validation.xml.gz	44.4 KB	表示
CIF形式データ	8cxa_validation.cif.gz	64.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cxa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ew8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.860, 128.780, 60.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.030, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase 分子量: 29268.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: HS11286 / 遺伝子: KPHS_35560 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.33 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein at 28.58 mg/mL was mixed 1:1 (0.4 uL protein and 0.4 uL precipitant) with 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 0.03M magnesium chloride, 0.03M calcium chloride, and 0. ...詳細: Protein at 28.58 mg/mL was mixed 1:1 (0.4 uL protein and 0.4 uL precipitant) with 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 0.03M magnesium chloride, 0.03M calcium chloride, and 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5 (Morpheus A8). Tray: 320494. Cryo: Direct. Puck: ndu6-9

結晶

マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.33 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein at 28.58 mg/mL was mixed 1:1 (0.4 uL protein and 0.4 uL precipitant) with 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 0.03M magnesium chloride, 0.03M calcium chloride, and 0. ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月8日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→45.25 Å / Num. obs: 110664 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.11 % / B_iso Wilson estimate: 21.6 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_rim(I) all: 0.047 / Χ²: 0.956 / Net I/σ(I): 15.41 / Num. measured all: 344196 / Scaling rejects: 5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.69	2.693	0.413	2.18	21635	8308	8034	0.858	0.515	96.7
1.69-1.74	3.084	0.345	2.92	24725	8050	8017	0.903	0.419	99.6
1.74-1.79	3.145	0.269	3.78	24410	7769	7761	0.933	0.325	99.9
1.79-1.84	3.146	0.211	4.79	23918	7606	7602	0.959	0.255	99.9
1.84-1.91	3.158	0.164	6.27	23138	7339	7326	0.973	0.197	99.8
1.91-1.97	3.155	0.124	8.06	22472	7127	7123	0.984	0.149	99.9
1.97-2.05	3.155	0.095	10.45	21421	6804	6790	0.99	0.114	99.8
2.05-2.13	3.16	0.075	12.75	20905	6634	6615	0.994	0.09	99.7
2.13-2.22	3.162	0.063	15.58	19910	6318	6296	0.995	0.076	99.7
2.22-2.33	3.139	0.055	17.92	19184	6138	6111	0.996	0.067	99.6
2.33-2.46	3.153	0.05	19.8	17990	5751	5706	0.997	0.06	99.2
2.46-2.61	3.15	0.042	23	16949	5419	5380	0.997	0.05	99.3
2.61-2.79	3.129	0.039	25.38	15929	5145	5091	0.997	0.046	99
2.79-3.01	3.137	0.034	28.55	14874	4796	4741	0.998	0.041	98.9
3.01-3.3	3.12	0.031	31.14	13493	4387	4324	0.998	0.037	98.6
3.3-3.69	3.095	0.028	33.79	12134	3989	3920	0.998	0.034	98.3
3.69-4.26	3.134	0.025	36.15	10861	3536	3466	0.999	0.03	98
4.26-5.22	3.171	0.023	37.49	9243	2985	2915	0.999	0.027	97.7
5.22-7.38	3.207	0.022	36.83	7226	2322	2253	0.999	0.026	97
7.38-45.25	3.168	0.022	38.92	3779	1286	1193	0.998	0.027	92.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ew8

2ew8

解像度: 1.65→45.25 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1822	2073	1.87 %
R_work	0.1574	108547	-
obs	0.1578	110620	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.3 Å² / B_iso mean: 29.3377 Å² / B_iso min: 11.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→45.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7404	0	88	778	8270
B_iso mean	-	-	32.93	34.89	-
残基数	-	-	-	-	997

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.69	0.323	156	0.2745	7022	7178	96
1.69-1.73	0.2477	140	0.2344	7218	7358	99
1.73-1.78	0.252	160	0.2016	7248	7408	100
1.78-1.83	0.1966	115	0.1841	7272	7387	100
1.83-1.89	0.2216	121	0.1806	7342	7463	100
1.89-1.96	0.2002	148	0.1791	7225	7373	100
1.96-2.03	0.1898	136	0.1804	7371	7507	100
2.03-2.13	0.1858	119	0.1602	7239	7358	100
2.13-2.24	0.1963	136	0.1532	7265	7401	100
2.24-2.38	0.1613	150	0.1597	7255	7405	99
2.38-2.56	0.1881	135	0.1581	7225	7360	99
2.56-2.82	0.1904	146	0.1618	7271	7417	99
2.82-3.23	0.1845	128	0.1548	7250	7378	99
3.23-4.07	0.1455	142	0.1402	7224	7366	98
4.07-45.25	0.1703	141	0.1334	7120	7261	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0654	-0.1573	0.8001	2.1927	0.3006	2.5525	-0.1851	0.248	0.3307	-0.484	-0.089	0.3535	-0.4603	-0.0229	0.2239	0.2674	0.0272	-0.0959	0.1873	0.0258	0.2527	20.087	5.0184	9.7664
2	2.828	0.3726	0.3732	1.5833	0.2377	0.9679	-0.0835	0.0683	0.2328	-0.0078	-0.019	0.0431	-0.1512	-0.0085	0.0943	0.1269	0.0095	0.0009	0.1077	0.0029	0.1315	31.9552	1.8273	22.9693
3	1.4283	-0.6293	-0.0021	2.1434	0.3666	1.9858	0.0633	0.2699	0.3751	-0.3241	-0.0465	-0.2656	-0.2456	0.2036	0.0053	0.1731	-0.0165	0.0326	0.168	0.0452	0.1708	37.1979	-7.9774	12.2523
4	2.559	-0.4418	0.5531	0.9037	0.6878	1.6096	0.287	-0.0719	-0.6129	-0.3983	-0.0371	0.7537	0.5226	-0.3506	-0.1605	0.3538	-0.0823	-0.1407	0.2431	0.0019	0.3605	23.7547	-34.6504	6.1351
5	0.7512	-0.3961	0.4425	1.5478	-0.5187	2.4472	0.131	0.0933	-0.1531	-0.1919	-0.0249	0.1078	0.4423	-0.0404	-0.102	0.184	0.0048	-0.0109	0.1187	-0.0154	0.144	37.6605	-33.2343	15.7334
6	1.6394	-0.2562	-0.0447	2.1004	0.1107	1.8954	-0.0302	-0.1228	-0.2357	0.1839	-0.0038	0.3333	0.3128	-0.3042	0.0014	0.1475	-0.0352	0.0292	0.1608	0.0184	0.1832	26.5487	-22.1205	21.8093
7	1.4822	0.1537	0.5088	1.649	0.1191	1.1742	-0.1063	-0.2798	0.2177	0.4144	0.0091	-0.1868	-0.1573	0.0453	0.0784	0.2627	-0.002	-0.0615	0.1775	-0.0414	0.1939	46.9817	3.4241	41.6422
8	2.9967	1.6562	-0.619	2.2521	-1.2017	1.4979	0.1169	-0.4795	0.1584	0.5631	-0.0602	0.0524	-0.1542	0.0513	-0.0714	0.2515	0.0259	-0.001	0.1944	-0.0233	0.1635	42.2129	-12.7351	43.5371
9	1.5333	0.0904	0.6332	1.6471	-0.3982	2.3647	0.0214	-0.113	-0.0517	0.3063	0.0186	-1.0393	0.0191	0.4666	0.015	0.2978	0.0913	-0.162	0.2942	-0.0179	0.475	63.9628	-32.6618	41.4665
10	0.8568	-0.3523	0.3141	1.7129	-0.0331	1.947	0.0593	-0.01	-0.0701	0.1692	-0.0144	-0.2268	0.2718	0.2381	-0.0126	0.1658	0.0386	-0.0293	0.1365	0.0106	0.1702	50.2077	-33.5085	31.499
11	2.025	0.9741	-0.6928	2.466	-0.8329	1.997	-0.0753	-0.0415	-0.0549	0.0017	-0.0316	-0.4953	0.1122	0.3655	0.1172	0.122	0.0225	-0.0166	0.1736	-0.014	0.2218	55.9703	-16.658	30.7773

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 94 )	A	15 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 95 through 192 )	A	95 - 192
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 193 through 265 )	A	193 - 265
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 15 through 79 )	B	15 - 79
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 80 through 192 )	B	80 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 193 through 265 )	B	193 - 265
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 15 through 192 )	C	15 - 192
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 193 through 265 )	C	193 - 265
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 15 through 79 )	D	15 - 79
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 80 through 192 )	D	80 - 192
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 193 through 265 )	D	193 - 265

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)