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- PDB-8cwp: X-ray crystal structure of NTHi Protein D bound to a putative gly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cwp
タイトルX-ray crystal structure of NTHi Protein D bound to a putative glycerol moiety
要素Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / NTHi / otitis media / outer membrane protein / phosphodiesterase / lipo-glycerophosphodiesterase / sn-glycero-3-phosphocholine / choline / sn-glycerol 3-phosphate
機能・相同性Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
機能・相同性情報
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jones, S.P. / Cook, K.H. / Holmquist, M.L. / Almekinder, L. / DeLaney, A. / Labbe, N. / Perdue, J. / Jackson, N. / Charles, R. / Pichichero, M. ...Jones, S.P. / Cook, K.H. / Holmquist, M.L. / Almekinder, L. / DeLaney, A. / Labbe, N. / Perdue, J. / Jackson, N. / Charles, R. / Pichichero, M. / Kaur, R. / Michel, L. / Gleghorn, M.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)R21 AI153936-01 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: Vaccine target and carrier molecule nontypeable Haemophilus influenzae protein D dimerizes like the close Escherichia coli GlpQ homolog but unlike other known homolog dimers.
著者: Jones, S.P. / Cook, K.H. / Holmquist, M.L. / Almekinder, L.J. / Delaney, A.M. / Charles, R. / Labbe, N. / Perdue, J. / Jackson, N. / Pichichero, M.E. / Kaur, R. / Michel, L.V. / Gleghorn, M.L.
履歴
登録2022年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3943
ポリマ－41,2791
非ポリマー1152
水8,233457
1
A: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子

A: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7886
ポリマ－82,5582
非ポリマー2304
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area3180 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area26860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.090, 73.090, 162.859
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-622-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase


分子量: 41278.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: glpQ, CHBNIII1_03270 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8D4QYM6
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
解説: The crystals were approximately 3 millimeters x 120 micrometers (Visually appeared thinner in the third dimension).
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% w/v PEG3000, 0.1 M Sodium Citrate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: Cryostream (Exact temperature unknown)
Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→28 Å / Num. obs: 41845 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 37.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 2.6 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 2934 / CC1/2: 0.394 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
PHENIX1.19.2_4158モデル構築
Coot0.9.6モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YDY

1ydy


解像度: 1.8→28 Å / SU ML: 0.2342 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.878
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1875 2000 4.79 %
Rwork0.1545 39750 -
obs0.1561 41750 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2696 0 7 457 3160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01132781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05933758
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0614393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.47841032
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.840.39691360.33862678X-RAY DIFFRACTION95.49
1.84-1.890.35221400.29862786X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.950.30591410.24282800X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.010.21461390.20472793X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.080.22331420.17512813X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.170.20981410.16742804X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.270.21261410.15872817X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.390.19361420.15072810X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.530.21861430.14242844X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.730.17341430.14892837X-RAY DIFFRACTION100
2.73-30.19281440.15332861X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.440.16451460.14162889X-RAY DIFFRACTION100
3.44-4.330.13331470.12492926X-RAY DIFFRACTION100
4.33-280.20211550.15913092X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.855320487543 Å / Origin y: -10.7265812324 Å / Origin z: -22.8939257229 Å
111213212223313233
T0.245451909361 Å20.048955559186 Å20.0101852216707 Å2-0.272508633625 Å20.0324100421408 Å2--0.241732643669 Å2
L1.51846979541 °20.351530544597 °2-0.899821423267 °2-1.34557621274 °2-0.558833796386 °2--2.3954818541 °2
S-0.030296464887 Å °-0.333583344843 Å °-0.129603534708 Å °0.0849960441068 Å °-0.0695391881414 Å °-0.0325511649031 Å °0.291998608754 Å °0.356588074216 Å °0.0407975114415 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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