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- PDB-8cw2: Crystal structure of TDP1 complexed with compound XZ760 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cw2
タイトルCrystal structure of TDP1 complexed with compound XZ760
要素Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
キーワードHYDROLASE / phosphodiesterase / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair ...3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase I / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OYR / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.811 Å
データ登録者Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Wang, W. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke, T.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Identification of multidentate tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (TDP1) inhibitors that simultaneously access the DNA, protein and catalytic-binding sites by oxime diversification.
著者: Zhao, X.Z. / Wang, W. / Lountos, G.T. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke Jr., T.R.
履歴
登録2022年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,17211
ポリマ－104,2532
非ポリマー1,9199
水12,592699
1
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3238
ポリマ－52,1261
非ポリマー1,1967
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8493
ポリマ－52,1261
非ポリマー7232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.728, 104.758, 193.213
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1


分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 708分子

#2: 化合物 ChemComp-OYR / 4-({(4R)-7-phenyl-2-[4-(2-{[4-(pyridin-2-yl)phenyl]methoxy}ethyl)phenyl]imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl}amino)benzene-1,2-dicarboxylic acid


分子量: 660.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H32N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 699 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide and 0.03 M sodium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 89034 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.81→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4242 / CC1/2: 0.961 / Rpim(I) all: 0.28

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DHU

6dhu


解像度: 1.811→40.636 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1914 4399 4.95 %
Rwork0.1561 84544 -
obs0.1579 88943 95.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.78 Å2 / Biso mean: 30.196 Å2 / Biso min: 10.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.811→40.636 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7009 0 122 699 7830
Biso mean--38.57 40.31 -
残基数----875
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.811-1.83150.26281310.2291259188
1.8315-1.8530.24431160.2101267092
1.853-1.87560.25261400.1989266291
1.8756-1.89940.24271370.1915270193
1.8994-1.92430.2371330.1821267493
1.9243-1.95070.2221530.1875264892
1.9507-1.97860.23061240.1757274893
1.9786-2.00810.21931270.1738268292
2.0081-2.03950.21531610.1741267493
2.0395-2.07290.19471410.1615276493
2.0729-2.10870.18161310.1482266993
2.1087-2.1470.20081420.1526276094
2.147-2.18830.1861500.1481271894
2.1883-2.2330.1671300.1472275295
2.233-2.28150.20721370.1551277395
2.2815-2.33460.17841420.1494278295
2.3346-2.3930.2011530.1546284897
2.393-2.45760.19911750.1592280497
2.4576-2.530.22471520.1571285498
2.53-2.61160.16521590.162288298
2.6116-2.70490.20491610.1629287999
2.7049-2.81320.22061450.1648293699
2.8132-2.94120.20861510.16042955100
2.9412-3.09620.21321540.16252947100
3.0962-3.29010.19241620.15792959100
3.2901-3.5440.18741750.14792952100
3.544-3.90040.18231430.14112992100
3.9004-4.46420.14521470.12513022100
4.4642-5.62210.15351670.13743040100
5.6221-40.60.19711600.17753206100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1055-0.37970.08081.0447-0.46811.5448-0.0771-0.10690.46120.0523-0.0376-0.1495-0.26420.03960.09470.18930.0065-0.02480.0893-0.00030.184411.28236.2786-36.9689
21.97490.0921-0.01061.7835-0.3252.0906-0.0737-0.2637-0.00090.10730.11150.22910.0164-0.2894-0.02280.12220.023-0.00190.16850.01940.1477-3.4719-3.1576-35.2745
31.63330.030.44260.6419-0.09892.5907-0.04720.0620.0969-0.05570.03810.1288-0.1-0.24960.00320.1160.0133-0.01780.08680.01280.14970.8312-0.3375-48.3656
41.8403-0.5235-0.14791.1605-0.57742.06710.02020.2484-0.1973-0.23770.01540.07270.3093-0.1087-0.04730.1755-0.0336-0.03780.1398-0.00470.14346.2226-11.9271-55.8092
53.12030.6995-0.30483.2576-1.30861.6743-0.03310.3869-0.3317-0.4118-0.0242-0.15110.53730.26020.04380.22860.040.0060.1753-0.03510.224420.9675-20.3605-51.5075
61.0027-0.04660.4090.29020.01031.23610.0366-0.0764-0.16180.0336-0.0221-0.00410.23250.0598-0.00520.1475-0.0001-0.00480.09090.01670.150117.9298-15.2497-40.242
73.0267-0.08060.37341.27740.02386.70670.1119-0.00810.44930.1766-0.0037-0.157-0.84830.9870.17220.2286-0.0722-0.00690.27880.06440.270226.43551.3183-48.8838
81.53550.01250.53371.26810.23964.16220.0945-0.3031-0.25370.2174-0.0894-0.06160.4689-0.07730.00560.187-0.0073-0.01490.18380.06220.19422.7427-17.159-25.512
92.40570.17650.37641.1749-0.26742.7501-0.01240.34240.2109-0.1025-0.1083-0.1841-0.27230.43220.05340.1997-0.05210.00190.26770.09530.183213.771211.3423-89.5295
101.6521-0.31040.74231.1147-0.56022.365-0.05220.03710.06410.0755-0.0872-0.196-0.05990.40830.140.1395-0.01470.00080.25460.06020.169914.58645.9655-78.2308
111.36410.24910.74331.22970.0142.80790.1605-0.1437-0.34120.0471-0.050.01220.6395-0.1652-0.08660.2543-0.00350.00750.21110.06750.23272.3901-10.2029-80.3848
122.1161-0.00070.2761.6642-0.07783.3764-0.0304-0.0911-0.2579-0.10440.03880.0030.6203-0.6283-0.12130.1715-0.05650.0020.31120.01390.204-8.108-4.8957-92.1057
131.27080.06830.27870.4353-0.19862.67460.02480.0656-0.2085-0.0779-0.0119-0.03380.3949-0.1242-0.0130.2007-0.00640.00810.2020.01990.1841-1.2966-5.5057-90.0613
140.95340.236-0.51620.5843-1.22325.7067-0.00030.0086-0.0318-0.04540.01480.039-0.0119-0.4361-0.0040.12080.0063-0.00340.32050.00690.1984-8.30172.0528-96.2605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 162 through 202 )A162 - 202
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 203 through 280 )A203 - 280
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 281 through 344 )A281 - 344
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 345 through 382 )A345 - 382
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 383 through 436 )A383 - 436
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 437 through 548 )A437 - 548
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 549 through 572 )A549 - 572
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 573 through 607 )A573 - 607
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 162 through 280 )B162 - 280
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 281 through 344 )B281 - 344
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 345 through 421 )B345 - 421
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 422 through 452 )B422 - 452
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 453 through 548 )B453 - 548
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 549 through 608 )B549 - 608

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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