+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cw2 | ||||||
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Title | Crystal structure of TDP1 complexed with compound XZ760 | ||||||
Components | Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / phosphodiesterase / DNA BINDING PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-diester hydrolases / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair ...3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-diester hydrolases / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.811 Å | ||||||
Authors | Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Wang, W. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke, T.R. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Rsc Chem Biol / Year: 2023 Title: Identification of multidentate tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (TDP1) inhibitors that simultaneously access the DNA, protein and catalytic-binding sites by oxime diversification. Authors: Zhao, X.Z. / Wang, W. / Lountos, G.T. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke Jr., T.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8cw2.cif.gz | 392 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8cw2.ent.gz | 316.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8cw2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8cw2_validation.pdf.gz | 989 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8cw2_full_validation.pdf.gz | 998.2 KB | Display | |
Data in XML | 8cw2_validation.xml.gz | 40.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8cw2_validation.cif.gz | 60.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/8cw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/8cw2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8cvqC 6dhuS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 52126.336 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TDP1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9NUW8, Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-diester hydrolases |
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-Non-polymers , 5 types, 708 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-DMS / | #4: Chemical | ChemComp-MPO / | #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide and 0.03 M sodium iodide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Dec 17, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.81→50 Å / Num. obs: 89034 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 21.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.81→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4242 / CC1/2: 0.961 / Rpim(I) all: 0.28 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6DHU Resolution: 1.811→40.636 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 105.78 Å2 / Biso mean: 30.196 Å2 / Biso min: 10.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.811→40.636 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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