PDB-8cvq: Crystal structure of TDP1 complexed with compound XZ761

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cvq

タイトル

Crystal structure of TDP1 complexed with compound XZ761

要素

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

キーワード

HYDROLASE / phosphodiesterase / DNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Wang, W. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke, T.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Identification of multidentate tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (TDP1) inhibitors that simultaneously access the DNA, protein and catalytic-binding sites by oxime diversification.
著者: Zhao, X.Z. / Wang, W. / Lountos, G.T. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke Jr., T.R.

履歴

登録	2022年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cvq.cif.gz	390.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cvq.ent.gz	315.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cvq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cvq_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cvq_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8cvq_validation.xml.gz	41.4 KB	表示
CIF形式データ	8cvq_validation.cif.gz	62.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cvq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cw2C 6dhuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.795, 105.012, 192.897
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1 分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / 詳細 (発現宿主): pDN2454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-OYH / 4-{[(4S)-2,7-diphenylimidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]amino}benzene-1,2-dicarboxylic acid 分子量: 449.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₁₉N₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS 分子量: 209.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 793 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide and 0.03 M sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 122293 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / R_merge(I) obs: 0.724 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 6022 / CC_1/2: 0.853 / R_pim(I) all: 0.319 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DHU

6dhu

解像度: 1.65→46.115 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	6086	4.98 %
R_work	0.1666	116207	-
obs	0.168	122293	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.96 Å² / B_iso mean: 23.7898 Å² / B_iso min: 7.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→46.115 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7005	0	122	793	7920
B_iso mean	-	-	27.25	35.18	-
残基数	-	-	-	-	873

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6502-1.669	0.266	194	0.2414	3632	94
1.669-1.6886	0.2684	199	0.2294	3817	100
1.6886-1.7092	0.2542	214	0.2192	3842	100
1.7092-1.7309	0.223	210	0.2039	3822	100
1.7309-1.7536	0.2559	188	0.1907	3812	100
1.7536-1.7777	0.2284	225	0.1858	3872	100
1.7777-1.8031	0.2174	204	0.1792	3762	100
1.8031-1.83	0.2394	203	0.1796	3860	100
1.83-1.8586	0.1963	201	0.1667	3824	100
1.8586-1.889	0.1942	196	0.1656	3855	100
1.889-1.9216	0.2216	195	0.1805	3885	100
1.9216-1.9566	0.2302	208	0.1735	3806	100
1.9566-1.9942	0.2031	227	0.1706	3854	100
1.9942-2.0349	0.1712	181	0.1521	3850	100
2.0349-2.0791	0.2042	202	0.1572	3879	100
2.0791-2.1275	0.2052	178	0.1579	3865	100
2.1275-2.1807	0.1855	191	0.1534	3864	100
2.1807-2.2397	0.2036	213	0.1573	3850	100
2.2397-2.3056	0.1853	217	0.1691	3838	100
2.3056-2.38	0.1919	189	0.1598	3926	100
2.38-2.465	0.1891	186	0.1605	3877	100
2.465-2.5637	0.1801	194	0.1676	3877	100
2.5637-2.6804	0.1862	217	0.1646	3900	100
2.6804-2.8217	0.1952	209	0.1646	3892	100
2.8217-2.9985	0.2037	215	0.1722	3891	100
2.9985-3.2299	0.188	221	0.169	3899	100
3.2299-3.5548	0.1732	190	0.1596	3982	100
3.5548-4.069	0.188	223	0.154	3936	100
4.069-5.1254	0.1535	195	0.1435	4018	100
5.1254-46.1	0.1963	201	0.1837	4220	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3827	-0.1865	0.1793	0.7849	-0.1983	1.2287	-0.0557	-0.1723	0.0906	0.0617	0.035	0.0838	-0.0663	-0.1159	0.0162	0.1107	0.0242	-0.0025	0.0916	-0.0093	0.1132	1.5893	0.5143	-35.5156
2	1.1105	-0.241	0.3099	0.5536	-0.1656	1.2732	0.0255	0.094	-0.0701	-0.0713	-0.0282	0.0177	0.1167	0.0114	0.017	0.0931	-0.0191	0.0001	0.048	-0.0035	0.1135	9.9386	-9.7912	-49.3214
3	1.0382	0.0938	0.2842	0.2685	0.0817	1.1821	0.0306	-0.0506	-0.0363	0.0357	-0.0278	-0.0103	0.1266	0.111	0.0066	0.1062	0.0109	-0.0034	0.0709	0.0102	0.1345	19.3144	-13.1675	-38.6389
4	1.2902	-0.1517	0.508	0.7524	-0.1993	2.4794	-0.039	0.2414	0.1334	-0.0474	-0.1058	-0.1453	-0.1886	0.4953	0.0613	0.1168	-0.0437	-0.0001	0.2272	0.078	0.1563	13.5437	8.6178	-84.5683
5	0.982	0.0287	0.1718	0.6922	-0.0948	2.0702	0.0342	-0.1067	-0.2268	0.0031	0.0096	0.019	0.6578	-0.2707	-0.0206	0.2492	-0.0438	0.0135	0.1833	0.0251	0.1767	-2.0169	-11.0985	-84.4772
6	0.7337	0.1113	0.4025	0.3102	-0.2879	2.5428	0.0191	0.0684	-0.0455	-0.0507	-0.0133	0.0072	0.2346	-0.2694	-0.0146	0.1154	-0.0117	0.0103	0.1695	0.0082	0.128	-4.0822	-3.0306	-91.9405

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 162 through 285 )	A	162 - 285
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 286 through 452 )	A	286 - 452
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 453 through 607 )	A	453 - 607
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 162 through 359 )	B	162 - 359
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 360 through 452 )	B	360 - 452
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 453 through 607 )	B	453 - 607

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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